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Mitarbeiter Employee

Thomas Häupl

PD Dr. med. habil. Thomas Häupl

Arbeitsgruppenleiter
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    Forschungslabor - AG Häupl / AG Bioinformatik
    Gebäude: Virchowweg 11 (5. Ebene - Raum 036)
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    Research Laboratory WG Häupl / WG Bioinformatics
    Building: Virchowweg 11 (5th floor - Room 036)
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 291
  • +49(0) 30 450 7 513 291
  • thomas.haeupl@charite.de

Ausbildung

1990 - 1993

Graduiertenstipendiat an der Universität Erlangen-Nürnberg in der medizinischen Klinik für Rheumatologie und klinische Immunologie im Graduiertenkolleg "Immunologische Mechanismen der Infektion, Inflammation und Autoimmunität"

1984 - 1990

Studium der Humanmedizin an der Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg


Beruflicher Werdegang

Seit 2006

Mitgründer und Geschäftsführer der BioRetis GmbH (Nebentätigkeit)

Seit 2004

Regine von Ramin-Labor - Core-Facility für Transkriptom-Untersuchungen - Gemeinschaftliche Leitung mit Dr. A. Grützkau und Dr. B. Stuhlmüller

2000 - 2007

Beratende Tätigkeit für TransTissue Technologies GmbH als Leiter für klinische Forschung (Nebentätigkeit)

Seit 2000

Wissenschaftlicher Assistent und Forschungskoordinator an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

  • Analyse von Microarray Genexpressiondaten aus Affymetrix-basierten Untersuchungen bei rheumatischen Erkrankungen
  • Analyse von hochdimensionalen Zytometriedaten aus durchflusszytometrischen und massenspektrometrischen Zelluntersuchungen
  • Analyse von Mikrobiom-Sequenzdaten aus Typisierungssequenzierungen (Zusammenhänge zwischen RA und dem Darm-Mikrobiom)
  • Entwicklung von Software/Datenbanken zur Erhebung von Daten in klinischen Studien und DNA-Array-Analysen
  • Entwicklung von neuen Algorithmen zur Erschließung funktioneller Netzwerke
  • Management von Biobanken
  • Regulatorische Mechanisms der Gelenk-Homöostase
  • Molekulare Wirkungsmechanismen von Immunsuppressiva
  • Mesenchymale Stammzellen, Gewebedifferenzierung und regenerative Therapieansätze
  • Betreuung von Praktikanten, Bachelor- & Masterarbeiten

1995 - 2000

Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

1993 - 1995

Postdoktorand an der Columbia University, Dept. of Pediatrics, Div. of Autoimmunity and Molecular Diseases, gefördert von der Walter-Marget Vereinigung und der DFG

  • Differentielle Genexpression bei Synovitis

Wissenschaftlicher Werdegang

2013

Facharzt für Innere Medizin

2009

Habilitation: "Microarrays zur Erforschung rheumatischer Erkrankungen: Vom Einzelmarker zur systembiologischen Betrachtung"

1994

Dissertation (Dr. med.): "Veränderte Immunantwort oder Evasion: die Lyme Borreliose als Modell für chronisch-persistierende Arthritiden"


Wissenschaftliche Preise/Funktionen

1999

Avrion-Mitchison-Preis für Rheuma-Forschung

1997-1999

Forschungsförderung durch die Sandoz Stiftung für Therapeutische Forschung

1994-1995

Stipendium der Deutschen Forschungsgemeinschaft

1993-1994

Stipendium der "Walter-Marget-Vereinigung zur Förderung der Infektiologie"

1992

Bruno-Schuler-Preis der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie

1991-1993

Stipendium der Deutschen Forschungsgemeinschaft


Mitglied bei


Publikationen


Publikationen 2017

Comment on "Single cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes and progenitors." Smiljanovic B, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T. (2017) Link

Heßelbach K, Kim GJ, Flemming S, Häupl T, Bonin-Andresen M, Dornhof R, Günther S, Merfort I, Humar M. Disease relevant modifications of the methylome and transcriptome by particulate matter (PM2.5) from biomass combustion. Epigenetics (2017) PMID: 28742980

Krenn V, Perino G, Rüther W, Krenn VT, Huber M, Hügle T, Najm A, Müller S, Boettner F, Pessler F, Waldstein W, Kriegsmann J, Casadonte R, Häupl T, Wienert S, Krukemeyer MG, Sesselmann S, Sunitsch S, Tikhilov R, Morawietz L. 15 years of the histopathological synovitis score, further development and review: A diagnostic score for rheumatology and orthopaedics. Pathol Res Pract. (2017) PMID: 28687159

Stich S, Loch A, Park SJ, Häupl T, Ringe J, Sittinger M. Characterization of single cell derived cultures of periosteal progenitor cells to ensure the cell quality for clinical application. PLoS One (2017) PMID: 28562645

Krenn V, Perino G, Rüther W, Krenn VT, Huber M, Hügle T, Najm A, Müller S, Boettner F, Pessler F, Waldstein W, Kriegsmann J, Häupl T, Wienert S, Krukemeyer MG, Sesselmann S, Tikhilov R, Morawietz L. Fifteen years of the histopathological synovitis score: Review and further developments of a diagnostic score. Z Rheumatol. (2017) PMID: 28470440

Latsoudis H, Mashreghi MF, Grün JR, Chang HD, Stuhlmüller B, Repa A, Gergiannaki I, Kabouraki E, Vlachos GS, Häupl T, Radbruch A, Sidiropoulos P, Doukoumetzidis K, Kardassis D, Niewold TB, Boumpas DT, Goulielmos GN. Differential Expression of miR-4520a Associated With Pyrin Mutations in Familial Mediterranean Fever (FMF). J Cell Physiol. (2017) PMID: 27636101

Strauß R, Rose T, Flint SM, Klotsche J, Häupl T, Peck-Radosavljevic M, Yoshida T, Kyogoku C, Flechsig A, Becker AM, Dao KH, Radbruch A, Burmester GR, Lyons PA, Davis LS, Hiepe F, Grützkau A, Biesen R. Type I interferon as a biomarker in autoimmunity and viral infection: a leukocyte subset-specific analysis unveils hidden diagnostic options. J Mol Med. (2017) PMID: 28357476

Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T. Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling. Ann Rheum Dis. (2017) Link


Publikationen 2016

Duroux-Richard I, Roubert C, Ammari M, Présumey J, Grün JR, Häupl T, Grützkau A, Lecellier CH, Boitez V, Codogno P, Escoubet J, Pers YM, Jorgensen C, Apparailly F. miR-125b controls monocyte adaptation to inflammation through mitochondrial metabolism and dynamics. Blood (2016) PMID: 27702798

Latsoudis H, Mashreghi MF, Grün JR, Chang HD, Stuhlmüller B, Repa A, Gergiannaki I, Kabouraki E, Häupl T, Radbruch A, Sidiropoulos P, Kardassis D, Boumpas DT, Goulielmos GN. Differential Expression of miR-4520a Associated with Pyrin Mutations Suggesting a Role of Autophagy in Familial Mediterranean Fever (FMF). J Cell Physiol. (2016) PMID: 27636101

Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Winchester RJ, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by expression of HLA-DRB4 alleles identifies differential innate and adaptive immune transcriptional patterns - A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. Clin Immunol. (2016) PMID: 27570220

Strehl C, Schellmann S, Maurizi L, Hofmann-Amtenbrink M, Häupl T, Hofmann H, Buttgereit F, Gaber T. Effects of PVA-coated nanoparticles on human T helper cell activity. Toxicol Lett. (2016) PMID: 26774940

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus M, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum. Ann Rheum Dis. (2016) Link

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T. immunoClust based analysis of cytometric profiles reveals immunophenotypic changes in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis. Ann Rheum Dis. (2016) Link


Publikationen 2015

Stuhlmüller B, Skriner K, Häupl T. Biomarkers for prognosis of response to anti-TNF therapy of rheumatoid arthritis: Where do we stand? Z Rheumatol. (2015) PMID: 26347122

Strehl C, Gaber T, Maurizi L, Hahne M, Rauch R, Hoff P, Häupl T, Hofmann-Amtenbrink M, Poole AR, Hofmann H, Buttgereit F. Effects of PVA coated nanoparticles on human immune cells. Int J Nanomedicine. (2015) PMID: 26056442

Sörensen T, Baumgart S, Durek P, Grützkau A, Häupl T. immunoClust-An automated analysis pipeline for the identification of immunophenotypic signatures in high-dimensional cytometric datasets. Cytometry A. (2015) PMID: 25850678

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum. Ann Rheum Dis. (2015) Link


Publikationen 2014

Haftmann C, Stittrich AB, Zimmermann J, Fang Z, Hradilkova K, Bardua M, Westendorf K, Heinz GA, Riedel R, Siede J, Lehmann K, Weinberger EE, Zimmel D, Lauer U, Häupl T, Sieper J, Backhaus M, Neumann C, Hoffmann U, Porstner M, Chen W, Grün JR, Baumgrass R, Matz M, Löhning M, Scheffold A, Wittmann J, Chang HD, Rajewsky N, Jäck HM, Radbruch A, Mashreghi MF. miR-148a is upregulated by Twist1 and T-bet and promotes Th1-cell survival by regulating the proapoptotic gene Bim. Eur J Immunol. (2014) PMID: 25486906

Häupl T, Zimmermann M, Kalus U, Yürek S, Koscielny J, Hoppe B. Angiotensin converting enzyme intron 16 insertion/deletion genotype is associated with plasma C-reactive protein concentration in uteroplacental dysfunction. J Renin Angiotensin Aldosterone Syst. (2014) PMID: 25155623

Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Bhattarai S, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. Upregulation of Immunoproteasome Subunits in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8 T-Cells and IFNγ. PLoS One (2014) PMID: 25098831

Kupfer P, Huber R, Weber M, Vlaic S, Häupl T, Koczan D, Guthke R, Kinne RW. Novel application of multi-stimuli network inference to synovial fibroblasts of rheumatoid arthritis patients. BMC Med Genomics (2014) PMID: 24989895

Woetzel D, Huber R, Kupfer P, Pohlers D, Pfaff M, Driesch D, Häupl T, Koczan D, Stiehl P, Guthke R, Kinne RW. Identification of rheumatoid arthritis and osteoarthritis patients by transcriptome-based rule set generation. Arthritis Res Ther. (2014) PMID: 24690414

Stuhlmüller B, Häupl T, Burmester GR, Kinne RW. Prerequisites to Define and to Validate Therapy-Predicitive Blood Biomarkers. (2014) Link

Bonin M, Kokatjuhha J, Mans K, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. Identification of geneexpression networks in different immunological states. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Bonin M, Weidel L, Schendel P, Mans K, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoud arthritis. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Duroux-Richard I, Roubert C, Ammari M, Présumey J, Grün J, Häupl T, Grützkau A, Lecellier CH, Jorgensen C, Apparailly F. MIR-125B controls mitochondrial functions and dynamics in monocytes. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün J, Schulte-Wrede U, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A. T helper lymphocytes and monocytes as biosensors of type I interferon responses in viral infection and autoimmunity. Ann Rheum Dis. (2014) Link


Publikationen 2013

Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Biesen R, Schulte-Wrede U, Häupl T, Hiepe F, Alexander T, Radbruch A, Grützkau A. Cell-specific type I IFN signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference? PLoS One. (2013) PMID: 24391825

Ullah M, Stich S, Häupl T, Eucker J, Sittinger M, Ringe J. Reverse differentiation as a gene filtering tool in genome expression profiling of adipogenesis for fat marker gene selection and their analysis. PLoS One. (2013) PMID: 23922792

Cobb JE, Plant D, Flynn E, Tadjeddine M, Dieudé P, Cornélis F, Arlestig L, Dahlqvist SR, Goulielmos G, Boumpas DT, Sidiropoulos P, Krintel SB, Ornbjerg LM, Hetland ML, Klareskog L, Häupl T, Filer A, Buckley CD, Raza K, Witte T, Schmidt RE, Fitzgerald O, Veale D, Eyre S, Worthington J. Identification of the tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2 as a rheumatoid arthritis susceptibility locus in europeans. PLoS One. (2013) PMID: 23840476

Stuhlmüller B, Feist E, Häupl T, Burmester GR, Pipitone N. New aspects on the pathogenesis of myositis. Z Rheumatol. (2013) PMID: 23515563

Weix J, Häupl T, Raio L, Villiger PM, Förger F. The physiologic increase in expression of some type I IFN-inducible genes during pregnancy is not associated with improved disease activity in pregnant patients with rheumatoid arthritis. Transl Res. (2013) PMID: 23507374

Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T. Combined Analysis of Epigenetic and Transcriptional Profiles in Different Immune Cells Identifies Hot Spots of Gene Regulation by DNA Methylation. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative Transcriptome Analysis of Human and Mouse Synovial Fibroblast Responses to TNF. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Synovial Tissue Transcriptome and Synovial Fluid Proteome have Stronger Discriminatory Power than Serum in Dissecting Inflammation in RA. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated and Standardised Analysis for High Dimensional Cytometric Data Provides New Options for Complex Cell-Associated Biomarker Screening. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A. Cell-specific type I Interferon signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference?. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Dissecting disease-specific differences in RA and OA by transcriptome analyses of synovial tissue, blood and bone marrow monocytes. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Scherer HU, Burmester GR, Häupl T. Biomarkers and personalized medicine. Z Rheumatol. (2013) PMID: 23223890


Publikationen 2012

Hassert R, Pagel M, Ming Z, Häupl T, Abel B, Braun K, Wiessler M, Beck-Sickinger AG. Biocompatible Silicon Surfaces through Orthogonal Click Chemistries and a High Affinity Silicon Oxide Binding Peptide. Bioconjug Chem. (2012) PMID: 22989005

Smiljanovic B, Grün JR, Biesen R, Schulte-Wrede U, Baumgrass R, Stuhlmüller B, Maslinski W, Hiepe F, Burmester GR, Radbruch A, Häupl T, Grützkau A. The multifaceted balance of TNFα and type I/II interferon responses in SLE and RA: how monocytes manage the impact of cytokines. J Mol Med. (2012) PMID: 22610275

Häupl T, Appel H, Backhaus M, Burkhardt H, Grünke M, Grützkau A, Hoppe B, Listing J, Ostendorf B, Rudwaleit M, Sieper J, Skapenko A, Skriner K, Sörensen T, Stuhlmüller B, Zink A, Schulze-Koops H, Burmester GR. Biomarkers in rheumatology: Biomarkers and imaging for the diagnosis and stratification of rheumatoid arthritis and spondylarthritis in the ArthroMark network funded by the Federal Ministry of Education and Research. Z Rheumatol. (2012) PMID: 22546912

Kruger JP, Endres M, Neumann K, Stuhlmuller B, Morawietz L, Häupl T, Kaps C. Chondrogenic differentiation of human subchondral progenitor cells is affected by synovial fluid from donors with osteoarthritis or rheumatoid arthritis. J Orthop Surg Res. (2012) PMID: 22414301

Jullien N, Maudinet A, Leloutre B, Ringe J, Häupl T, Marie PJ. Downregulation of ErbB3 By Wnt3a Contributes to Wnt-induced osteoblast differentiation in mesenchymal cells. J Cell Biochem. (2012) PMID: 22274864

Hoppe B, Häupl T, Skapenko A, Ziemer S, Tauber R, Salama A, Schulze-Koops H, Burmester GR, Dörner T. Fibrinogen and factor XIII A-subunit genotypes interactively influence C-reactive protein levels during inflammation. Ann Rheum Dis. (2012) PMID: 22267327

Weix J, Förger F, Häupl T, Surbek D, Ostensen M, Villiger PM. Influence of pregnancy on the adipocytokine and PPAR pathways in peripheral blood mononuclear cells of healthy donors and RA patients. Arthritis Rheum. (2012) PMID: 22231457


Publikationen 2011

Hoppe B, Burmester GR, Häupl T. Prothrombin 20210G>A genotype and C-reactive protein level. Blood. (2011) PMID: 22021457

Biesen R, Häupl T. DNA Microarrays. Z Rheumatol. (2011) PMID: 21956826

Menssen A, Häupl T, Sittinger M, Delorme B, Charbord P, Ringe J. Differential gene expression profiling of human bone marrow-derived mesenchymal stem cells during adipogenic development. BMC Genomics (2011) PMID: 21943323

Bal G, Kamhieh-Milz J, Futschik M, Häupl T, Salama A, Moldenhauer A. Transcriptional profiling of the hematopoietic support of interleukin-stimulated human umbilical vein endothelial cells (HUVECs). Cell Transplant. (2011) PMID: 21669038

Scheel T, Gursche A, Zacher J, Häupl T, Berek C. V-region gene analysis of locally defined synovial B and plasma cells reveals selected B cell expansion and accumulation of plasma cell clones in rheumatoid arthritis. Arthritis Rheum. (2011) PMID: 20882667


Publikationen 2010

Shahab-Osterloh S, Witte F, Hoffmann A, Winkel A, Laggies S, Neumann B, Seiffart V, Lindenmaier W, Gruber AD, Ringe J, Häupl T, Thorey F, Willbold E, Corbeau P, Gross G. Mesenchymal stem cell-dependent formation of heterotopic tendon-bone insertions (osteotendinous junctions). Stem Cells. (2010) PMID: 20882636

Slansky E, Li J, Häupl T, Morawietz L, Krenn V, Pessler F. Quantitative determination of the diagnostic accuracy of the synovitis score and its components. Histopathology. (2010) PMID: 20840673

Endres M, Andreas K, Kalwitz G, Freymann U, Neumann K, Ringe J, Sittinger M, Häupl T, Kaps C. Chemokine profile of synovial fluid from normal, osteoarthritis and rheumatoid arthritis patients: CCL25, CXCL10 and XCL1 recruit human subchondral mesenchymal progenitor cells. Osteoarthritis Cartilage. (2010) PMID: 20709179

Smiljanovic B, Grün JR, Steinbrich-Zöllner M, Stuhlmüller B, Häupl T, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Baumgrass R. Defining TNFα- and LPS-induced gene signatures in monocytes to unravel the complexity of peripheral blood transcriptomes in health and disease. J Mol Med. (2010) PMID: 20640394

Kaltz N, Ringe J, Holzwarth C, Charbord P, Niemeyer M, Jacobs VR, Peschel C, Häupl T, Oostendorp RA. Novel markers of mesenchymal stem cells defined by genome-wide gene expression analysis of stromal cells from different sources. Exp Cell Res. (2010) PMID: 20599957

Hamidouche Z, Fromigué O, Ringe J, Häupl T, Marie PJ. Crosstalks between integrin alpha 5 and IGF2/IGFBP2 signalling trigger human bone marrow-derived mesenchymal stromal osteogenic differentiation. BMC Cell Biol. (2010) PMID: 20573191

Göhring AR, Lübke C, Andreas K, Kaps C, Häupl T, Pruss A, Perka C, Sittinger M, Ringe J. Tissue-engineered cartilage of porcine and human origin as in vitro test system in arthritis research. Biotechnol Prog. (2010) PMID: 20306542

Charbord P, Livne E, Gross G, Häupl T, Neves NM, Marie P, Bianco P, Jorgensen C. Human Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells: A Systematic Reappraisal Via the Genostem Experience. Stem Cell Rev. (2010) PMID: 20198518

Scherer HU, van der Woude D, Ioan-Facsinay A, El Bannoudi H, Trouw LA, Koeleman CA, Wang J, Häupl T, Burmester GR, Deelder AM, Huizinga TW, Wuhrer M, Toes RE. Glycan profiling of anti-citrullinated protein antibodies (ACPA) isolated from human serum and synovial fluid. Arthritis Rheum. (2010) PMID: 20178128

Miraoui H, Ringe J, Häupl T, Marie PJ. Increased EFG- and PDGFalpha-receptor signaling by mutant FGF-receptor 2 contributes to osteoblast dysfunction in Apert craniosynostosis. Hum Mol Genet. (2010) PMID: 20124286

Häupl T, Stuhlmüller B, Grützkau A, Radbruch A, Burmester GR. Does gene expression analysis inform us in rheumatoid arthritis? Ann Rheum Dis. (2010) PMID: 19995742

Stuhlmüller B, Häupl T, Hernandez MM, Grützkau A, Kuban RJ, Tandon N, Voss JW, Salfeld J, Kinne RW, Burmester GR. CD11c as a transcriptional biomarker to predict response to anti-TNF monotherapy with adalimumab in patients with rheumatoid arthritis. Clin Pharmacol Ther. (2010) PMID: 20032971


Publikationen 2009

Krüger JP, Endres M, Neumann K, Häupl T, Erggelet C, Kaps C. Chondrogenic differentiation of human subchondral progenitor cells is impaired by rheumatoid arthritis synovial fluid. J Orthop Res. (2009) PMID: 20041492

Feron F, Delorme B, Nivet E, Gaillard J, Häupl T, Ringe J, Deveze A, Magnan J, Sohier J, Khrestchatisky M, Roman F, Charbord P, Sensebé L, Layrolle P. The human nose harbours a niche of olfactory ecto-mesenchymal stem cells displaying neurogenic and osteogenic properties. Stem Cells Dev. (2009) PMID: 19905894

Gaber T, Häupl T, Sandig G, Tykwinska K, Fangradt M, Tschirschmann M, Hahne M, Dziurla R, Erekul K, Lautenbach M, Kolar P, Burmester GR, Buttgereit F. Adaptation of human CD4+ T cells to pathophysiological hypoxia: a transcriptome analysis. J Rheumatol. (2009) PMID: 19884271

Hamidouche Z, Fromigué O, Ringe J, Häupl T, Vaudin P, Pagès JC, Srouji S, Livne E, Marie PJ. Priming integrin alpha5 promotes human mesenchymal stromal cell osteoblast differentiation and osteogenesis. Proc Natl Acad Sci USA. (2009) PMID: 19843692

Jakobs M, Häupl T, Krenn V, Guenther R. MMP- and FAP-mediated non-inflammation-related destruction of cartilage and bone in rheumatoid arthritis. Z Rheumatol. (2009) PMID: 19593575

Delorme B, Ringe J, Pontikoglou C, Gaillard J, Langonné A, Sensebé L, Noël D, Jorgensen C, Häupl T, Charbord P. Specific lineage-priming of bone marrow mesenchymal stem cells provides the molecular framework for their plasticity. Stem Cells. (2009) PMID: 19418444

Stich S, Haag M, Häupl T, Sezer O, Notter M, Kaps C, Sittinger M, Ringe J. Gene expression profiling of human mesenchymal stem cells chemotactically induced with CXCL12. Cell Tissue Res. (2009) PMID: 19296133

Menssen A, Edinger G, Grün JR, Haase U, Baumgrass R, Grützkau A, Radbruch A, Burmester GR, Häupl T. SiPaGene: A new repository for instant online retrieval, sharing and meta-analyses of GeneChip expression data. BMC Genomics. (2009) PMID: 19265543

Mrugala D, Dossat N, Ringe J, Delorme B, Coffy A, Bony C, Charbord P, Häupl T, Daures JP, Noël D, Jorgensen C. Gene expression profile of multipotent mesenchymal stromal cells: Identification of pathways common to TGFbeta3/BMP2-induced chondrogenesis. Cloning Stem Cells. (2009) PMID: 19196040

Andreas K, Häupl T, Lübke C, Ringe J, Morawietz L, Wachtel A, Sittinger M, Kaps C. Antirheumatic drug response signatures in human chondrocytes: potential molecular targets to stimulate cartilage regeneration. Arthritis Res Ther. (2009) PMID: 19192274

Kalwitz G, Endres M, Neumann K, Skriner K, Ringe J, Sezer O, Sittinger M, Häupl T, Kaps C. Gene expression profile of adult human bone marrow-derived mesenchymal stem cells stimulated by the chemokine CXCL7. Int J Biochem Cell Biol. (2009) PMID: 18707017

Hoppe B, Häupl T, Egerer K, Gruber R, Kiesewetter H, Salama A, Burmester GR, Dörner T. Influence of peptidylarginine deiminase type 4 genotype and shared epitope on clinical characteristics and autoantibody profile of rheumatoid arthritis. Ann Rheum Dis. (2009) PMID: 18633125


Publikationen 2008

Bramlage CP, Kaps C, Ungethüm U, Bramlage P, Koziolek M, Wessels J, Krenn V, Pruss A, Müller GA, Strutz F, Burmester GR, Häupl T. Modulatory effects of inflammation and therapy on GDF-5 expression in rheumatoid arthritis synovium. Scand J Rheumatol. (2008) PMID: 18830904

Häupl T, Østensen M, Grützkau A, Radbruch A, Burmester GR, Villiger PM. Reactivation of rheumatoid arthritis after pregnancy: increased phagocyte and recurring lymphocyte gene activity. Arthritis Rheum. (2008) PMID: 18821679

Niesner U, Albrecht I, Janke M, Doebis C, Loddenkemper C, Lexberg MH, Eulenburg K, Kreher S, Koeck J, Baumgrass R, Bonhagen K, Kamradt T, Enghard P, Humrich JY, Rutz S, Schulze-Topphoff U, Aktas O, Bartfeld S, Radbruch H, Hegazy AN, Löhning M, Baumgart DC, Duchmann R, Rudwaleit M, Häupl T, Gitelman I, Krenn V, Gruen J, Sieper J, Zeitz M, Wiedenmann B, Zipp F, Hamann A, Janitz M, Scheffold A, Burmester GR, Chang HD, Radbruch A. Autoregulation of Th1-mediated inflammation by twist1. J Exp Med. (2008) PMID: 18663125

Kaltz N, Funari A, Hippauf S, Delorme B, Noël D, Riminucci M, Jacobs VR, Häupl T, Jorgensen C, Charbord P, Peschel C, Bianco P, Oostendorp RA. In vivo osteoprogenitor potency of human stromal cells from different tissues does not correlate with expression of POU5F1 or its pseudogenes. Stem Cells. (2008) PMID: 18617685

Häupl T, Østensen M, Grützkau A, Burmester GR, Villiger PM. Interaction between rheumatoid arthritis and pregnancy: correlation of molecular data with clinical disease activity measures. Rheumatology (Oxford). (2008) PMID: 18504279

Tripmacher R, Gaber T, Dziurla R, Häupl T, Erekul K, Grützkau A, Tschirschmann M, Scheffold A, Radbruch A, Burmester GR, Buttgereit F. Human CD4(+) T cells maintain specific functions even under conditions of extremely restricted ATP production. Eur J Immunol. (2008) PMID: 18493983

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Biesen R, Demir C, Barkhudarova F, Grün JR, Steinbrich-Zöllner M, Backhaus M, Häupl T, Rudwaleit M, Riemekasten G, Radbruch A, Hiepe F, Burmester GR, Grützkau A. Sialic acid-binding Ig-like lectin 1 expression in inflammatory and resident monocytes is a potential biomarker for monitoring disease activity and success of therapy in systemic lupus erythematosus. Arthritis Rheum. (2008) PMID: 18383365

Guenther R, Krenn V, Häupl T. Expression analyses for rheumatoid arthritis. Z Rheumatol. (2008) PMID: 18210133

Andreas K, Lübke C, Häupl T, Dehne T, Morawietz L, Ringe J, Kaps C, Sittinger M. Key regulatory molecules of cartilage destruction in rheumatoid arthritis: an in vitro study. Arthritis Res Ther. (2008) PMID: 18205922

Delorme B, Ringe J, Gallay N, Le Vern Y, Kerboeuf D, Jorgensen C, Rosset P, Sensebé L, Layrolle P, Häupl T, Charbord P. Specific plasma membrane protein phenotype of culture-amplified and native human bone marrow mesenchymal stem cells. Blood. (2008) PMID: 18086871

Kastrinaki MC, Sidiropoulos P, Roche S, Ringe J, Lehmann S, Kritikos H, Vlahava VM, Delorme B, Eliopoulos GD, Jorgensen C, Charbord P, Häupl T, Boumpas DT, Papadaki HA. Functional, molecular and proteomic characterisation of bone marrow mesenchymal stem cells in rheumatoid arthritis. Ann Rheum Dis. (2008) PMID: 17921184


Publikationen 2007

Grützkau A, Grün J, Häupl T, Burmester GR, Radbruch A. Gene expression in inflammatory rheumatic diseases. Dtsch Med Wochenschr. (2007) PMID: 17823881

Endres M, Neumann K, Häupl T, Erggelet C, Ringe J, Sittinger M, Kaps C. Synovial fluid recruits human mesenchymal progenitors from subchondral spongious bone marrow. J Orthop Res. (2007) PMID: 17549723

Häupl T, Burmester GR, Giannitsis E, Rohrlach T, Spanuth E, Parsch H, Brune K. N-terminal prohormone brain natriuretic peptide: a biomarker for detecting cardiovascular risks in patients with rheumatoid arthritis or osteoarthritis. Ann Rheum Dis. (2007) PMID: 17513573

Neumann K, Endres M, Ringe J, Flath B, Manz R, Häupl T, Sittinger M, Kaps C. BMP7 promotes adipogenic but not osteo-/chondrogenic differentiation of adult human bone marrow-derived stem cells in high-density micro-mass culture. J Cell Biochem. (2007) PMID: 17497692

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Ringe J, Häupl T, Sittinger M. Future of tissue engineering in rheumatic diseases. Expert Opin Biol Ther. (2007) PMID: 17309320


Publikationen 2006

Krenn V, Morawietz L, Burmester GR, Kinne RW, Mueller-Ladner U, Muller B, Häupl T. Synovitis score: discrimination between chronic low-grade and high-grade synovitis. Histopathology. (2006) PMID: 16978198

Krenn V, Morawietz L, König B, Otto M, Kriegsmann J, Köpenik A, Böhme T, Häupl T. Low-grade-/high-grade-synovitis: synovitis-score as a gold standard?. Orthopade. (2006) PMID: 16819616

Mahr S, Burmester GR, Hilke D, Göbel U, Grützkau A, Häupl T, Hauschild M, Koczan D, Krenn V, Neidel J, Perka C, Radbruch A, Thiesen HJ, Müller B. Cis- and trans-acting gene regulation is associated with osteoarthritis. Am J Hum Genet. (2006) PMID: 16642435

Kaps C, Frauenschuh S, Endres M, Ringe J, Haisch A, Lauber J, Buer J, Krenn V, Häupl T, Burmester GR, Sittinger M. Gene expression profiling of human articular cartilage grafts generated by tissue engineering. Biomaterials. (2006) PMID: 16545449

Bramlage CP, Häupl T, Kaps C, Ungethüm U, Krenn V, Pruss A, Müller GA, Strutz F, Burmester GR. Decrease in expression of bone morphogenetic proteins 4 and 5 in synovial tissue of patients with osteoarthritis and rheumatoid arthritis. Arthritis Res Ther. (2006) PMID: 16542506

Hoppe B, Häupl T, Gruber R, Kiesewetter H, Burmester GR, Salama A, Dörner T. Detailed analysis of the variability of peptidylarginine deiminase type 4 in German patients with rheumatoid arthritis: a case-control study. Arthritis Res Ther. (2006) PMID: 16469113


Publikationen 2005

Djouad F, Bony C, Häupl T, Uzé G, Lahlou N, Louis-Plence P, Apparailly F, Canovas F, Rème T, Sany J, Jorgensen C, Noël D. Transcriptional profiles discriminate bone marrow-derived and synovium-derived mesenchymal stem cells. Arthritis Res Ther. (2005) PMID: 16277684

Bramlage CP, Häupl T, Kaps C, Bramlage P, Müller GA, Strutz F. Bone morphogenetic proteins in the skeletal system. Z Rheumatol. (2005) PMID: 16184350

Krenn V, Morawietz L, Burmester GR, Häupl T. Synovialitis score: histopathological grading system for chronic rheumatic and non-rheumatic synovialitis. Z Rheumatol. (2005) PMID: 15965818

Häupl T, Grützkau A, Grün J, Bonin M, Stuhlmüller B, Rohrlach T, Kaps C, Rudwaleit M, Morawietz L, Gursche A, Zacher J, Krenn V, Burmester GR, Radbruch A. Dissection of expression profiles into functional components: a strategy to identify the pieces in the puzzle of systems biology. 19th NGFN Meeting (2005) Link

Skriner K, Konthur Z, Häupl T, Adolph K, Burguera G, Sternjak A, Förster A, Lehrach H, Hollidt JM, Burmester GR. Immunomics in inflammatory rheumatic diseases. 19th NGFN Meeting (2005) Link

Podtschaske M, Hoefer T, Lamottke B, Niesner U, Grün J, Häupl T, Burmester GR, Radbruch A, Baumgrass R. Immediate early gene expression of Il-2 producing and nonproducing cells reflects the cell fate decision of stimulated human T cells. 19th NGFN Meeting (2005) Link

Grützkau A, Grün J, Stuhlmüller B, Rudwaleit M, Sieper J, Gerstmayer B, Baumgrass R, Mahr S, Müller-Hilke B, Janitz M, Burmester GR, Häupl T, Radbruch A. The transcriptome of monocytes reveals disease-specific alterations in chronic inflammatory rheumatic diseases. 19th NGFN Meeting (2005) Link

Chakraborty T, Ruocco I, Hossain H, Adler H, Autenrieth I, Bohn E, Burmester GR, Dingel S, Ehlers S, Häupl T, Hoffmann WH, Horstmann R, Jacobsen M, Keller C, Lang R, Meyer CG, Radbruch A, Schubert U, Seeger W, Wagner H. Springende Erreger und Entzündungen ohne Infektion - Das Infektions- und Entzündungsnetzwerk im Nationalen Genomforschungsnetz (NGFN) / übertragbare Krankheiten mit dramatischen Folgen/Analyse von Entzündungsreaktionen für neue Heilungsstrategien. GenomExpress (2005) Link


Publikationen 2004

Burmester GR, Häupl T. Strategies using functional genomics in rheumatic diseases. Autoimmun Rev. (2004) PMID: 15546803

Kaps C, Hoffmann A, Zilberman Y, Pelled G, Häupl T, Sittinger M, Burmester G, Gazit D, Gross G. Distinct roles of BMP receptors Type IA and IB in osteo-/chondrogenic differentiation in mesenchymal progenitors (C3H10T1/2). Biofactors. (2004) PMID: 15322331

Krenn V, Petersen I, Häupl T, Koepenik A, Blind C, Dietel M, Konthur Z, Skriner K. Array technology and proteomics in autoimmune diseases. Pathol Res Pract. (2004) PMID: 15237918

Häupl T, Krenn V, Stuhlmüller B, Radbruch A, Burmester GR. Perspectives and limitations of gene expression profiling in rheumatology: new molecular strategies. Arthritis Res Ther. (2004) PMID: 15225356


Publikationen 2003

Ringe J, Häupl T, Sittinger M. Mesenchymal stem cells for tissue engineering of bone and cartilage. Med Klin (Munich). (2003) PMID: 14992201

Schmitt B, Ringe J, Häupl T, Notter M, Manz R, Burmester GR, Sittinger M, Kaps C. BMP2 initiates chondrogenic lineage development of adult human mesenchymal stem cells in high-density culture. Differentiation. (2003) PMID: 14686954

Häupl T, Ringe J, Erggelet C, Kaps C, Burmester GR, Sittinger M. Tissue engineering: chances and challenges for application in rheumatic diseases. Z Rheumatol. (2003) PMID: 14648092


Publikationen 2002

Häupl T, Burmester GR, Stuhlmüller B. New aspects of molecular biology diagnosis. Array technology and expression profile for characterization of rheumatic diseases. Z Rheumatol. (2002) PMID: 12426845

Kaps C, Loch A, Haisch A, Smolian H, Burmester GR, Häupl T, Sittinger M. Human platelet supernatant promotes proliferation but not differentiation of articular chondrocytes. Med Biol Eng Comput. (2002) PMID: 12227637

Krenn V, Morawietz L, Häupl T, Neidel J, Petersen I, König A. Grading of chronic synovitis--a histopathological grading system for molecular and diagnostic pathology. Pathol Res Pract. (2002) PMID: 12092767

Riemekasten G, Ziemer S, Häupl T, Melzer C, Loddenkemper K, Hauptmann S, Burmester GR, Hiepe F. Shwartzman phenomenon in a patient with active systemic lupus erythematosus preceding fatal disseminated intravascular coagulation. Lupus. (2002) PMID: 12043882

Ringe J, Kaps C, Schmitt B, Büscher K, Bartel J, Smolian H, Schultz O, Burmester GR, Häupl T, Sittinger M. Porcine mesenchymal stem cells. Induction of distinct mesenchymal cell lineages. Cell Tissue Res. (2002) PMID: 11904768

Kaps C, Bramlage C, Smolian H, Haisch A, Ungethüm U, Burmester GR, Sittinger M, Gross G, Häupl T. Bone morphogenetic proteins promote cartilage differentiation and protect engineered artificial cartilage from fibroblast invasion and destruction. Arthritis Rheum. (2002) PMID: 11817587


Publikation 2000

Rosen O, Thiel A, Massenkeil G, Hiepe F, Häupl T, Radtke H, Burmester GR, Gromnica-Ihle E, Radbruch A, Arnold R. Autologous stem-cell transplantation in refractory autoimmune diseases after in vivo immunoablation and ex vivo depletion of mononuclear cells. Arthritis Res. (2000) PMID: 11056673


Publikationen 1999

Sittinger M, Perka C, Schultz O, Häupl T, Burmester GR. Joint cartilage regeneration by tissue engineering. Z Rheumatol. (1999) PMID: 10441839

Redlich A, Perka C, Schultz O, Spitzer R, Häupl T, Burmester GR, Sittinger M. Bone engineering on the basis of periosteal cells cultured in polymer fleeces. J Mater Sci Mater Med. (1999) PMID: 15347948


Publikationen 1998

Riemekasten G, Marell J, Trebeljahr G, Klein R, Hausdorf G, Häupl T, Schneider-Mergener J, Burmester GR, Hiepe F. A novel epitope on the C-terminus of SmD1 is recognized by the majority of sera from patients with systemic lupus erythematosus. J Clin Invest. (1998) PMID: 9710444

Keyszer G, Redlich A, Häupl T, Zacher J, Sparmann M, Engethüm U, Gay S, Burmester GR. Differential expression of cathepsins B and L compared with matrix metalloproteinases and their respective inhibitors in rheumatoid arthritis and osteoarthritis: a parallel investigation by semiquantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction and immunohistochemistry. Arthritis Rheum. (1998) PMID: 9704635

Seki T, Selby J, Häupl T, Winchester R. Use of differential subtraction method to identify genes that characterize the phenotype of cultured rheumatoid arthritis synoviocytes. Arthritis Rheum. (1998) PMID: 9704633


Publikation 1997

Häupl T, Landgraf S, Netusil P, Biller N, Capiau C, Desmons P, Hauser P, Burmester GR. Activation of monocytes by three OspA vaccine candidates: lipoprotein OspA is a potent stimulator of monokines. FEMS Immunol Med Microbiol. (1997) PMID: 9322065


Publikationen 1994

Rittig MG, Häupl T, Krause A, Kressel M, Groscurth P, Burmester GR. Borrelia burgdorferi-induced ultrastructural alterations in human phagocytes: a clue to pathogenicity? J Pathol. (1994) PMID: 7931847

Rittig MG, Häupl T, Burmester GR. Coiling phagocytosis: a way for MHC class I presentation of bacterial antigens? Int Arch Allergy Immunol. (1994) PMID: 8260849


Publikation 1993

Häupl T, Hahn G, Rittig M, Krause A, Schoerner C, Schönherr U, Kalden JR, Burmester GR. Persistence of Borrelia burgdorferi in ligamentous tissue from a patient with chronic Lyme borreliosis. Arthritis Rheum. (1993) PMID: 8240439


Publikationen 1992

Rittig MG, Krause A, Häupl T, Schaible UE, Modolell M, Kramer MD, Lütjen-Drecoll E, Simon MM, Burmester GR. Coiling phagocytosis is the preferential phagocytic mechanism for Borrelia burgdorferi. Infect Immun. (1992) PMID: 1398932

Häupl T, Burmester GR. Clinical aspects, diagnosis and therapy of Lyme borreliosis. Z Arztl Fortbild (Jena). (1992) PMID: 1546489


Publikation 1989

Häupl T, Burmester GR, Hahn G, Feige U, Rordorf-Adam C, Kalden JR. Differential immunological response of patients with rheumatoid arthritis towards two different Epstein-Barr virus strains: inhibition of interleukin-1 release by the B95-8, but not the P3HR-1 virus strain. Rheumatol Int. (1989) PMID: 2558410


Abstracts/Poster Abstracts/Posters


Abstract/Poster 2017 Abstract/Poster 2017

37th European Workshop for Rheumatology Research 2017

Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T. Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2016 Abstracts/Posters 2016

31th German Conference on Bioinformatics 2016

Bonin-Andresen M, Johannes S, Schendel P, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T. BioRetis - An online tool to analyse geneexpression profiles, miRNA data, DNA methylation and NGS data. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Burmester GR, Grützkau A, Häupl T. Gene expression profiling and cytometry analysis from bone marrow monocytes, blood and synovial fluid from rheumatoid and osteoarthritis patients. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T. immunoClust - An automated pipeline to analyse cytometric profiles in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)

Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by HLA-DRB4 expression - A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


44 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2016

Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Radbruch A, Burmester GR, Maslinskim W, Grützkau A, Häupl T. Bone marrow and blood monocytes from rheumatoid arthritis patients show premature transcriptomes and reveal incremental inflammatory activation from bone marrow to blood and joint. (Abstract / Poster)

Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies differential innate and adaptive immune patterns – A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


ESCI 2016

Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Maslinski W, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Patterns of prematurity and stepwise increasing inflammation from bone marrow via blood to synovial fluid indicate enhanced production and peripheral triggering of monocytes in rheumatoid arthritis. (Abstract)


MSK Symposium 2016

Bonin-Andresen M, Heyl F, Kokatjuhha J, Stuhlmüller B, Häupl T. SP 8 & SP 6 - Biobanking & Bioinformatics and data integration. (Poster)


36th European Workshop for Rheumatology Research 2016

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T. immunoClust based analysis of cytometric profiles reveals immunophenotypic changes in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2015 Abstracts/Posters 2015

43 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2015

Häupl T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A. Neue Methoden zur Identifizierung und Analyse von Biomarkern. (Abstract)


30th Congress of the International Society for Advancement of Cytometry 2015

Sörensen T, Baumgart S, Durek P, Grützkau A, Häupl T. immunoClust - an Automated Pipeline for Population Detection in Flow Cytometry (Abstract)


35th European Workshop for Rheumatology Research 2015

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2014 Abstracts/Posters 2014

29th German Conference on Bioinformatics 2014

Bonin M, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes S, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Häupl T. Identification of co-expression networks of inflammatory response in immune cells. (Abstract / Poster)

Bonin M, Kokatjuhha J, Johannes S, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. A generic online database for clinical data collection. (Abstract / Poster)

Bonin M, Ziska I, Kokatjuhha J, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T. Comparative analysis between rheumatoid arthritis and arthritis model: study of the functional components in expression profiles of synovitis. (Abstract / Poster)

Bonin M, Schendel P, Mans K, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes J, Ziska I, Smiljanovic B, Sörensen T, B. Stuhlmüller, Häupl T. Prediction for successful treatment of methotrexate in rheumatoid arthritis with mrna and mirna microarraydata. (Abstract / Poster)

Bonin M, Johannes S, Flemming S, Grützkau A, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. Development of a database for combined analysis of dna methylation and transcriptional profiles in different immune cells. (Abstract / Poster)


42 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2014

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Grützkau A, Häupl T. Biomarker strategies based on cytometric profiling advance towards new standards of automated analysis. (Abstract / Poster)

Bonin M, Kokatjuhha J, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. HumanResearchDB - a generic online database to design individual electronic case report forms. (Abstract / Poster)

Mans K, Bonin M, Häupl T, Smiljanovic B, Tandon N, Detert J, Listing J, Naumann T, Burmester GR, Stuhlmüller B. Prediction of Response to methotrexate Treatment in RA using mRNA and miRNA biomarkers. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin M, Maslinski W, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The role of cell- and tissue-specific transcriptomes in biomarker discovery; from synovial tissue through blood up to bone marrow in revealing the systemic nature of rheumatoid arthritis. (Abstract)


EULAR 2014

Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. Upregulation of immunoproteasome subunits PSMB8 and PSMB99 in Myositis indicates active inflammation with involvement of antigen presenting cells, CD8+ T-Cells and IFN gamma. (Abstract)


34th European Workshop for Rheumatology Research 2014

Bonin M, Kokatjuhha J, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. Identification of geneexpression networks in different immunological states. (Abstract / Poster)

Bonin M, Weidel L, Schendel P, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)

Ghannam KM, Martinez Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma. (Abstract)

Duroux-Richard I, Roubert C, Ammari M, Présumey J, Grün JR, Häupl T, Grützkau A, Lecellier CH, Jorgensen C, Apparailly F. MIR-125B controls mitochondrial functions and dynamics in monocytes. (Abstract)

Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Schulte-Wrede U, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A. T helper lymphocytes and monocytes as biosensors of type I interferon responses in viral infection and autoimmunity. (Abstract)


Abstracts/Poster 2013 Abstracts/Posters 2013

41 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2013

Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T. Combined analysis of DNA-methylation and transcription profiles in different immune cells identifies hot spots of gene regulation by DNA methylation. (Abstract / Poster)

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated analysis for multiparameter flow cytometry provides new options for biomarker screenin. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood. (Abstract / Poster)


BeTheCure 2013

Bonin M, Sörensen T, Smiljanovic B, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A, Häupl T. Transcriptome comparison between human and mouse in arthritis. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated analysis of cytometric profiles of synovial fluid and peripheral blood in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


28th German Conference on Bioinformatics 2013

Bonin M, Heyl F, Ziska I, Ickler L, Sinning D, Kokatjuhha J, Häupl T. BAM - A tool for basic analysis of microarray data. (Abstract / Poster)

Bonin M, Kokatjuhha J, Flemming S, Smiljanovic B, Grützkau A, Sörensen T, Häupl T. Identification of gene co-expression networks associated with different cellular and immunological states. (Abstract / Poster)

Bonin M, Weidel L, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. Automated combined analysis of DNA methylation and transcription profiles in different immune cells. (Abstract / Poster)

Bonin M, Peter S, Mans K, Sohnrey C, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B. Prediction of Methotrexate Treatment Response in Rheumatoid Arthritis via Affymetrix miRNA Microarray Profiling. (Abstract / Poster)

Flemming S, Bohleber S, Häupl T, Günther S. Network Of Silence. (Poster)


33th European Workshop for Rheumatology Research 2013

Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T. Combined analysis of epigenetic and transcriptional profiles in different immune cells identifies hot spots of gene regulation by DNA methylation. (Abstract / Poster)

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF. (Abstract / Poster)

Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A. Cell-specific type I Interferon signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference? (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmueller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Synovial tissue transcriptome and synovial fluid proteome have stronger discriminatory power than serum in dissecting inflammation in Rheumatoid Arthritis. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Dissecting disease-specific differences in RA and OA by transcriptome analyses of synovial tissue, blood and bone marrow monocytes. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated and standardized analysis for high dimensional cytometric data provides new options for complex cell-associated biomarker screening! (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2011 Abstracts/Posters 2011

26th German Conference on Bioinformatics 2011

Haase U, Bonin M, Flemming S, Buttgereit F, Sörensen T, Häupl T. A clinical database for networking in multicenter studies. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Grützkau A, Häupl T. Automated and Standardized Clustering of Flow Cytometry Data. (Abstract / Poster)

Flemming S, Grüning BA, Häupl T, Günther S. A framework for analysis of DNA methylation data. (Abstract / Poster)


Abstract/Poster 2010 Abstract/Poster 2010

25th German Conference on Bioinformatics 2010

Bonin M, Flemming S, Haase U, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T. Identification of co-expression networks by comparison of a multitude of different functional states of genome activity. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2005 Abstracts/Posters 2005

19th NGFN Meeting 2005

Häupl T, Grützkau A, Grün JR, Bonin M, Stuhlmüller B, Rohrlach T, Kaps C, Rudwaleit M, Morawietz L, Gursche A, Zacher J, Krenn V, Burmester GR, Radbruch A. Dissection of expression profiles into functional components: a strategy to identify the pieces in the puzzle of systems biology. (Abstract)

Skriner K, Konthur Z, Häupl T, Adolph K, Burguera G, Sternjak A, Förster A, Lehrach H, Hollidt JM, Burmester GR. Immunomics in inflammatory rheumatic diseases. (Abstract)

Grützkau A, Grün JR, Stuhlmüller B, Rudwaleit M, Sieper J, Gerstmayer B, Baumgrass R, Mahr S, Müller-Hilke B, Janitz M, Burmester GR, Häupl T, Radbruch A. The transcriptome of monocytes reveals disease-specific alterations in chronic inflammatory rheumatic diseases. (Abstract)

Podtschaske M, Hoefer T, Lamottke B, Niesner U, Grün JR, Häupl T, Burmester GR, Radbruch A, Baumgrass R. Immediate early gene expression of Il-2 producing and nonproducing cells reflects the cell fate decision of stimulated human T cells. (Abstract)


Abstracts/Poster Sonstiges Abstracts/Posters Sonstiges

Sonstiges

Weidel L, Bonin M, Schrader T, Häupl T. Kombinierte Analyse von DNA-Methylierung und Transkriptions-Profilen in verschiedenen Immunzellen. (Abstract / Poster)

Flemming S, Häupl T, Günther S. Epigenetics and Cell Differentiation - From Naive to Antigen-Experienced Immune Cells. (Poster)

Mans K, Tandon N, Sohnrey C, Pade S, Bolle SL, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B. Microarray Gene Expression Profiling of Rheumatoid Arthritis Patients for Prediction of Response to Methotrexate Treatment. (Poster)

Sohnrey C, Tandon N, Mans K, Pade S, Bolle SL, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B. Prediction of Methotrexate Treatment Response in Rheumatoid Arthritis via miRNA Microarray Profiling. (Poster)

Flemming S, Grützkau A, Bonin M, Häupl T, Günther S. The Code Of Silence - Epigenetics And Development Of Immune Cells. (Poster)

Flemming S, Grüning BA, Bohleber S, Häupl T, Günther S. Rhythm of Epigenetics Dancing to the Bead of DNA Methylation (Poster)

Flemming S, Grüning BA, Grützkau A, Häupl T, Günther S. The Impact of DNA Methylation on Cellular Differentiation of Immune Cells. (Poster)

Häupl T, Menßen A, Edinger G, Grün JR, Grützkau A, Radbruch A, Burmester GR. SiPaGene: An integrative database for complex analysis and sharing of Affymetrix gene expression data. (Poster)

Bonin M, Grützkau A, Kaps C, Häupl T. Ein mathematisches Modell für Arrayanalysen zur Identifizierung von Genregulationen in Proben mit variabler zellulärer Zusammensetzung. (Abstract / Poster)

Einführung in den Unterricht am Krankenbett (UaK)

Modul M17 (MSM2) - Systemische Störungen als Krankheitsmodell - Modellstudiengang Medizin der Charité - Universitätsmedizin Berlin
(SommerSemester 2017)

Zeit

  • Montag, 24.04.2017 von 10:00 bis 13:00

Pathogenese und Klinik von Autoimmunerkrankungen

Modul M17 (MSM2) - Systemische Störungen als Krankheitsmodell - Modellstudiengang Medizin der Charité - Universitätsmedizin Berlin
(SommerSemester 2017)

Zeit

  • Mittwoch, 21.06.2017 von 12:15 bis 13:45
  • Mittwoch, 21.06.2017 von 14:15 bis 15:45

Strukturelle Veränderungen der Lunge

Modul M25 (MSM) - Erkrankungen des Thorax - Modellstudiengang Medizin der Charité - Universitätsmedizin Berlin
(SommerSemester 2017)

Zeit

  • Montag, 24.04.2017 von 08:15 bis 09:45
  • Dienstag, 25.04.2017 von 12:15 bis 13:45
  • Freitag, 19.05.2017 von 12:00 bis 13:30
  • Dienstag, 23.05.2017 von 08:15 bis 09:45

Patient/in mit übergreifender immunologischer Erkrankung

Modul M27 (MSM) - Erkrankungen der Extremitäten - Modellstudiengang Medizin der Charité - Universitätsmedizin Berlin
(SommerSemester 2017)

Zeit

  • Mittwoch, 05.07.2017 von 08:15 bis 09:45

Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen

Projektmanagement im Softwarebereich (Softwarepraktikum) - Freie Universität Berlin
(5. Semester B. Sc. Bioinformatik - SommerSemester 2017)
  • Einarbeitung in die theoretischen Grundlagen über DNA-Microarrays (Herstellung, Hybridisierung & Auswertung)
  • Einführung in das Software-Paket "R" zur Analyse von Microarraydaten (Affymetrix & Illumina)
  • Entwicklung / Optimierung eines "R"-Skripts zur automatischen Qualitätsanalyse von Microarraydaten
  • Entwicklung einer Webapplikation zur Qualitätsanalyse von Microarraydaten (PHP, JavaScript)
  • GitHub, SVN (Eclipse)

Quantitative Aufteilung

%


Praktische Programmierarbeit

PHP, R, JavaScript

%


Soft Skills

Schwierigkeitsgrad

%


Programmieren

PHP, R, JavaScript

%


Biologie/Chemie

Genexpression, Zellbiologie

%


Projektmanagement

GitHub, SVN (Eclipse)

Unbedingt erforderliche Vorkenntnisse
Kenntnisse in PHP & R

Zeit

  • 15.03.2017 bis 24.05.2017

SommerSemester 2016

Softwarepraktikum - Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)

SommerSemester 2015

Softwarepraktikum - Einführung in Analyse von Genexpressionsdaten (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)

SommerSemester 2014

Softwarepraktikum - Einführung in Analyse von Genexpressionsdaten (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)

Gutachtertätigkeiten

  • Arthritis and Rheumatism
  • Annals of the Rheumatic Diseases
  • Rheumatology
  • Arthritis Research and Therapy
  • The Journal of Rheumatology
  • Zeitschrift für Rheumatologie
  • BMC Medical Genomics
  • Osteoarthritis and Cartilage
  • PLoS Biology
  • Tissue Engineering

Patente

Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T, Burmester GR: Prädiktive mRNA Biomarker zur Vorhersage der Behandlung mit Methotrexat (MTX): submission no.: PCT/EP2015/053095, Charité AZ: CH669/2013/WO, submission date: 13.02.2015, publication date: 20.08.2015.

Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T: A composition of nucleic acid sequences, specific for in inflammatory disease, in particular rheumatoid arthritis: submission no.: EP05026588, submission date: 18.12.2005.

Inventor: Häupl T, Grün J, Radbruch A, Burmester GR, Kaps C, Grützkau A: Verfahren zur Erkennung von Signaturen in komplexen Genexpressionsprofilen: submission no.: DE102004016437A1, submission date: 04.04.2004, publication date: 20.10.2005.

Inventor: Häupl T, Grün J, Radbruch A, Burmester GR, Kaps C, Grützkau A: Methods for recoginzing signatures in complex profiling: submission no.: EP000001733050A2, submission date: 04.04.2005, publication date: 20.10.2005.

Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T, Kiesslich O, Burmester GR: Nucleic acid microarray for diagnosis of rheumatoid arthritis and prognosis of anti-TNF alpha therapy: submission no.: PCT/WO03/01822, publication date: 05.07.2005.

Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T: Nucleic acid array: submission no.: US20050037344A1, US 10/278,698, DE10155600A1, DE10155600B4, EP1310567A2, EP1310567A3 submission date: 23.10.2002, publication date: 17.02.2005.

Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T: Nucleic acid array comprising selective monocytic/macrophagic genes: submission no.: EP000001523575A1M, publication date: 20.04.2004.

Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T, Kiesslich O, Burmester GR: Nukleinsäurearray zur Diagnose der Rheumatoiden Arthritis und Prognose der anti-TNF-alpha Therapie: submission no: DE10243524, publication date: 12.02.2004.

Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T: Nucleic acid microarray for diagnosis of rheumatoid arthritis and prognosis of anti-TNF-alpha therapy: submission no. / PCT no.: (WO)PCT/DE03/01822, submission date: 21.07.2003.

Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T, Kiesslich O, Burmester GR: Nucleic acid array comprising selective monocytic macrophagic genes: submission no.: AU002003285285A1, publication date: 28.05.2003.

Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T, Kiesslich O, Burmester GR: Nukleinsäurearray zur Diagnose der Rheumatoiden Arthritis und Prognose der anti-TNF-alpha Therapie: submission no.: DE10243524, submission date: 24.07.2002.


Stem cell-dependent therapies

Gerhard Gross, Thomas Häupl (Eds.)
Mesenchymal Stem Cells in Chronic Inflammatory Disorders


With contrib. by Graca Almeida-Porada, Leo Bühler, Niels Olsen Saraiva Camara, Pierre Charbord, Yves A. DeClerck, James E. Dennis, Carmen Gonelle-Gispert, Jens Kastrup, Andreas Kurtz, Antonello Pileggi, Mauricio Rojas, Olle Ringdén, Alan Tyndall, Antonio Uccelli, Daniel Weiss, David Wraith, Jian Wu.

  • An important contribution to the exciting field of regenerative medicine
  • Unique focus on aspects of inflammation / anti-inflammation and their implication for regeneration
  • Treats bone-, tendon, cartilage and heart regeneration
  • Full color illustrations

Multipotent mesenchymal stem cells (MSCs) are a heterogeneous population of cells which reside in a variety of tissues. They differentiate into several mesodermal lineages, secrete a multitude of trophic factors and contribute to tissue homeostasis. MSCs are able to exert immunosuppressive activities by interfering with inflammatory cytokine production and with T- and B-cell proliferation. These immunomodulating properties make MSCs promising candidates for the treatment of chronic inflammatory and autoimmune dis- orders. There are, however, certain caveats involved including inappropriate migration of cells in the body, immune rejection, tumor formation, or graft versus host disease (GvHD). This book investigates the current state of the MSC-dependent therapy of chronic inflammatory disorders and autoimmune diseases. Among the covered topics are GvHD, chronic kidney, liver and lung disease, ischemic heart and inflammatory bowel disease, diabetes, osteoarthritis, various rheumatic and neurological disorders and, lastly, tumors and solid organ transplantations. This book also questions the immunoprivileged status of MSCs, discusses the therapeutic role of MSCs in experimental animal disease models and their translation to the corresponding human disorders, envisions a role for MSCs in tumor interventions and, lastly, describes a systems biology approach for stem cells and inflammation.

http://www.degruyter.com

Stem cell-dependent therapies

Shade


Till-Antoni Sörensen

Dipl. Math. Till-Antoni Sörensen

Wissenschaftlicher Mitarbeiter
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    Forschungslabor - AG Häupl / AG Bioinformatik
    Gebäude: Virchowweg 11 (5. Ebene - Raum 009)
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    Research Laboratory WG Häupl / WG Bioinformatics
    Building: Virchowweg 11 (5th floor - Room 009)
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 296
  • +49(0) 30 450 513 968
  • till-antoni.soerensen@charite.de

Ausbildung

1989 - 1992

Studium der Mathematik an der Freien Universität Berlin (Schwerpunkt: Algebra, Statistik, Physik)

1987 - 1989

Studium der Bildenden Künste an der Hochschule für Bildende Künste in Hamburg

1986 - 1989

Studium der Mathematik an der Universität Hamburg

1985 - 1986

Grafik Design Studium an der Fachhochschule für Gestaltung in Hamburg


Beruflicher Werdegang

Seit 2010

Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

  • Analyse von hochdimensionalen Zytometriedaten aus durchflusszytometrischen und massenspektrometrischen Zelluntersuchungen
  • Entwicklung von Software/Datenbanken zur Erhebung von Daten in klinischen Studien

Seit 2006

Freiberuflicher Programmierer in Berlin

  • Internet / WEB-Applikationen, Server- und Clientseitig

1995 - 2005

Programmierer / Mathematiker bei der raytest Isotopenmessgeräte GmbH

  • Entwicklung von Softwarepaketen zur Bildauswertung in der Molekularbiologie unter Windows in C/C++. Maßgebliche Mitarbeit an der Software- Architektur, Implementation und Dokumentation, sowie der Erstellung von Test-Verfahren (GLP/GMP Anforderungen in der Pharmazie)

1993 - 1995

Programmierer bei der Firma Cybertech

  • Entwicklung am Bildbearbeitungs-Programm WinCAM unter Windows in C/C++

1992 - 1993

Freiberuflicher Programmierer in Berlin

  • kleinere Windows Applikationen in Visual Basic

Wissenschaftlicher Werdegang

1992

Diplom Mathematiker: "Zahme Homotopietheorie einfacher Kan-Mengen und p-Torus-Operationen"


Publikationen


Publikation 2017

Comment on "Single cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes and progenitors." Smiljanovic B, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T. (2017) Link

Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T. Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling. Ann Rheum Dis. (2017) Link


Publikationen 2016

Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Winchester RJ, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by expression of HLA-DRB4 alleles identifies differential innate and adaptive immune transcriptional patterns - A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. Clin Immunol. (2016) PMID: 27570220

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus M, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum. Ann Rheum Dis. (2016) Link

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T. immunoClust based analysis of cytometric profiles reveals immunophenotypic changes in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis. Ann Rheum Dis. (2016) Link


Publikation 2015

Sörensen T, Baumgart S, Durek P, Grützkau A, Häupl T. immunoClust-An automated analysis pipeline for the identification of immunophenotypic signatures in high-dimensional cytometric datasets. Cytometry A. (2015) PMID: 25850678


Publikationen 2014

Bonin M, Kokatjuhha J, Mans K, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. Identification of geneexpression networks in different immunological states. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Bonin M, Weidel L, Schendel P, Mans K, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells. Ann Rheum Dis. (2014) Link


Publikationen 2013

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative Transcriptome Analysis of Human and Mouse Synovial Fibroblast Responses to TNF. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated and Standardised Analysis for High Dimensional Cytometric Data Provides New Options for Complex Cell-Associated Biomarker Screening. Ann Rheum Dis. (2013) Link


Publikation 2012

Häupl T, Appel H, Backhaus M, Burkhardt H, Grünke M, Grützkau A, Hoppe B, Listing J, Ostendorf B, Rudwaleit M, Sieper J, Skapenko A, Skriner K, Sörensen T, Stuhlmüller B, Zink A, Schulze-Koops H, Burmester GR. Biomarkers in rheumatology: Biomarkers and imaging for the diagnosis and stratification of rheumatoid arthritis and spondylarthritis in the ArthroMark network funded by the Federal Ministry of Education and Research. Z Rheumatol. (2012) PMID: 22546912


Publikation 2004

Sopov I, Sörensen T, Magbagbeolu M, Jansen L, Beer K, Kühne-Heid R, Kirchmayr R, Schneider A, Dürst M. Detection of cancer-related gene expression profiles in severe cervical neoplasia. Int J Cancer. (2004) PMID: 15305373


Abstracts/Poster Abstracts/Posters


Abstract/Poster 2017 Abstract/Poster 2017

37th European Workshop for Rheumatology Research 2017

Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T. Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2016 Abstracts/Posters 2016

31th German Conference on Bioinformatics 2016

Bonin-Andresen M, Johannes S, Schendel P, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T. BioRetis - An online tool to analyse geneexpression profiles, miRNA data, DNA methylation and NGS data. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Burmester GR, Grützkau A, Häupl T. Gene expression profiling and cytometry analysis from bone marrow monocytes, blood and synovial fluid from rheumatoid and osteoarthritis patients. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T. immunoClust - An automated pipeline to analyse cytometric profiles in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)

Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by HLA-DRB4 expression - A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


44 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2016

Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Radbruch A, Burmester GR, Maslinskim W, Grützkau A, Häupl T. Bone marrow and blood monocytes from rheumatoid arthritis patients show premature transcriptomes and reveal incremental inflammatory activation from bone marrow to blood and joint. (Abstract / Poster)

Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies differential innate and adaptive immune patterns – A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


ESCI 2016

Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Maslinski W, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Patterns of prematurity and stepwise increasing inflammation from bone marrow via blood to synovial fluid indicate enhanced production and peripheral triggering of monocytes in rheumatoid arthritis. (Abstract)


36th European Workshop for Rheumatology Research 2016

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T. immunoClust based analysis of cytometric profiles reveals immunophenotypic changes in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2015 Abstracts/Posters 2015

43 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2015

Häupl T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A. Neue Methoden zur Identifizierung und Analyse von Biomarkern. (Abstract)


30th Congress of the International Society for Advancement of Cytometry 2015

Sörensen T, Baumgart S, Durek P, Grützkau A, Häupl T. immunoClust - an Automated Pipeline for Population Detection in Flow Cytometry (Abstract)


Abstracts/Poster 2014 Abstracts/Posters 2014

29th German Conference on Bioinformatics 2014

Bonin M, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes S, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Häupl T. Identification of co-expression networks of inflammatory response in immune cells. (Abstract / Poster)

Bonin M, Kokatjuhha J, Johannes S, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. A generic online database for clinical data collection. (Abstract / Poster)

Bonin M, Ziska I, Kokatjuhha J, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T. Comparative analysis between rheumatoid arthritis and arthritis model: study of the functional components in expression profiles of synovitis. (Abstract / Poster)

Bonin M, Schendel P, Mans K, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes J, Ziska I, Smiljanovic B, Sörensen T, B. Stuhlmüller, Häupl T. Prediction for successful treatment of methotrexate in rheumatoid arthritis with mrna and mirna microarraydata. (Abstract / Poster)

Bonin M, Johannes S, Flemming S, Grützkau A, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. Development of a database for combined analysis of dna methylation and transcriptional profiles in different immune cells. (Abstract / Poster)


42 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2014

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Grützkau A, Häupl T. Biomarker strategies based on cytometric profiling advance towards new standards of automated analysis. (Abstract / Poster)

Bonin M, Kokatjuhha J, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. HumanResearchDB - a generic online database to design individual electronic case report forms. (Abstract / Poster)


34th European Workshop for Rheumatology Research 2014

Bonin M, Kokatjuhha J, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. Identification of geneexpression networks in different immunological states. (Abstract / Poster)

Bonin M, Weidel L, Schendel P, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2013 Abstracts/Posters 2013

41 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2013

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated analysis for multiparameter flow cytometry provides new options for biomarker screenin. (Abstract / Poster)


BeTheCure 2013

Bonin M, Sörensen T, Smiljanovic B, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A, Häupl T. Transcriptome comparison between human and mouse in arthritis. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated analysis of cytometric profiles of synovial fluid and peripheral blood in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


28th German Conference on Bioinformatics 2013

Bonin M, Kokatjuhha J, Flemming S, Smiljanovic B, Grützkau A, Sörensen T, Häupl T. Identification of gene co-expression networks associated with different cellular and immunological states. (Abstract / Poster)

Bonin M, Weidel L, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. Automated combined analysis of DNA methylation and transcription profiles in different immune cells. (Abstract / Poster)


33th European Workshop for Rheumatology Research 2013

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated and standardized analysis for high dimensional cytometric data provides new options for complex cell-associated biomarker screening! (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2011 Abstracts/Posters 2011

26th German Conference on Bioinformatics 2011

Haase U, Bonin M, Flemming S, Buttgereit F, Sörensen T, Häupl T. A clinical database for networking in multicenter studies. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Grützkau A, Häupl T. Automated and Standardized Clustering of Flow Cytometry Data. (Abstract / Poster)


Abstract/Poster 2010 Abstract/Poster 2010

25th German Conference on Bioinformatics 2010

Bonin M, Flemming S, Haase U, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T. Identification of co-expression networks by comparison of a multitude of different functional states of genome activity. (Abstract / Poster)

Biljana Smiljanovic

Dr. rer. nat. Biljana Smiljanovic

Wissenschaftliche Mitarbeiterin
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    Forschungslabor - AG Häupl / AG Bioinformatik
    Gebäude: Virchowweg 11 (5. Ebene - Raum 009)
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    Research Laboratory WG Häupl / WG Bioinformatics
    Building: Virchowweg 11 (5th floor - Room 009)
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 296
  • +49(0) 30 450 513 968
  • biljana.smiljanovic@charite.de

Ausbildung

1994 - 2003

Studium der Pharmazie an der Universität Belgrad


Beruflicher Werdegang

Seit 2012

Wissenschaftliche Mitarbeiterin an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

  • Analyse von Microarray Genexpressiondaten aus Affymetrix-basierten Untersuchungen bei rheumatischen Erkrankungen
2005 - 2012

Wissenschaftliche Mitarbeiterin im Ramin Labor für Molekulare Rheumatologie am Deutschen Rheuma Forschungszentrum (DRFZ)

2004 - 2005

Außendienstmitarbeiterin bei Bio-Rad in Belgrad


Wissenschaftlicher Werdegang

2012

Dissertation (Dr. rer. nat.): "Genexpressionsprofile von peripheren Blut-Monozyten bei den rheumatischen Erkrankungen SLE, RA und AS"

2003

Diplom Biochemikerin: "Biochemische und klinische Auswirkungen der ErbB/HER-Tyrosinkinase-Rezeptoren bei Brustkrebs"


Publikationen


Publikation 2017

Comment on "Single cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes and progenitors." Smiljanovic B, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T. (2017) Link

Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T. Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling. Ann Rheum Dis. (2017) Link


Publikationen 2016

Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Winchester RJ, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by expression of HLA-DRB4 alleles identifies differential innate and adaptive immune transcriptional patterns - A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. Clin Immunol. (2016) PMID: 27570220

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus M, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum. Ann Rheum Dis. (2016) Link


Publikation 2015

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum. Ann Rheum Dis. (2015) Link


Publikationen 2014

Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Bhattarai S, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. Upregulation of Immunoproteasome Subunits in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8 T-Cells and IFNγ. PLoS One (2014) PMID: 25098831

Bonin M, Kokatjuhha J, Mans K, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. Identification of geneexpression networks in different immunological states. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Bonin M, Weidel L, Schendel P, Mans K, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoud arthritis. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün J, Schulte-Wrede U, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A. T helper lymphocytes and monocytes as biosensors of type I interferon responses in viral infection and autoimmunity. Ann Rheum Dis. (2014) Link


Publikationen 2013

Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Biesen R, Schulte-Wrede U, Häupl T, Hiepe F, Alexander T, Radbruch A, Grützkau A. Cell-specific type I IFN signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference? PLoS One. (2013) PMID: 24391825

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative Transcriptome Analysis of Human and Mouse Synovial Fibroblast Responses to TNF. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Synovial Tissue Transcriptome and Synovial Fluid Proteome have Stronger Discriminatory Power than Serum in Dissecting Inflammation in RA. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A. Cell-specific type I Interferon signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference?. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Dissecting disease-specific differences in RA and OA by transcriptome analyses of synovial tissue, blood and bone marrow monocytes. Ann Rheum Dis. (2013) Link


Publikation 2012

Smiljanovic B, Grün JR, Biesen R, Schulte-Wrede U, Baumgrass R, Stuhlmüller B, Maslinski W, Hiepe F, Burmester GR, Radbruch A, Häupl T, Grützkau A. The multifaceted balance of TNFα and type I/II interferon responses in SLE and RA: how monocytes manage the impact of cytokines. J Mol Med. (2012) PMID: 22610275


Publikation 2010

Smiljanovic B, Grün JR, Steinbrich-Zöllner M, Stuhlmüller B, Häupl T, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Baumgrass R. Defining TNFα- and LPS-induced gene signatures in monocytes to unravel the complexity of peripheral blood transcriptomes in health and disease. J Mol Med. (2010) PMID: 20640394


Abstracts/Posters


Abstract/Poster 2017 Abstract/Poster 2017

37th European Workshop for Rheumatology Research 2017

Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T. Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2016 Abstracts/Posters 2016

31th German Conference on Bioinformatics 2016

Bonin-Andresen M, Johannes S, Schendel P, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T. BioRetis - An online tool to analyse geneexpression profiles, miRNA data, DNA methylation and NGS data. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Burmester GR, Grützkau A, Häupl T. Gene expression profiling and cytometry analysis from bone marrow monocytes, blood and synovial fluid from rheumatoid and osteoarthritis patients. (Abstract / Poster)

Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by HLA-DRB4 expression - A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


44 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2016

Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Radbruch A, Burmester GR, Maslinskim W, Grützkau A, Häupl T. Bone marrow and blood monocytes from rheumatoid arthritis patients show premature transcriptomes and reveal incremental inflammatory activation from bone marrow to blood and joint. (Abstract / Poster)

Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies differential innate and adaptive immune patterns – A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


ESCI 2016

Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Maslinski W, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Patterns of prematurity and stepwise increasing inflammation from bone marrow via blood to synovial fluid indicate enhanced production and peripheral triggering of monocytes in rheumatoid arthritis. (Abstract)


36th European Workshop for Rheumatology Research 2016

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2015 Abstracts/Posters 2015

43 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2015

Häupl T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A. Neue Methoden zur Identifizierung und Analyse von Biomarkern. (Abstract)


35th European Workshop for Rheumatology Research 2015

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2014 Abstracts/Posters 2014

29th German Conference on Bioinformatics 2014

Bonin M, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes S, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Häupl T. Identification of co-expression networks of inflammatory response in immune cells. (Abstract / Poster)

Bonin M, Kokatjuhha J, Johannes S, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. A generic online database for clinical data collection. (Abstract / Poster)

Bonin M, Ziska I, Kokatjuhha J, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T. Comparative analysis between rheumatoid arthritis and arthritis model: study of the functional components in expression profiles of synovitis. (Abstract / Poster)

Bonin M, Schendel P, Mans K, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes J, Ziska I, Smiljanovic B, Sörensen T, B. Stuhlmüller, Häupl T. Prediction for successful treatment of methotrexate in rheumatoid arthritis with mrna and mirna microarraydata. (Abstract / Poster)

Bonin M, Johannes S, Flemming S, Grützkau A, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. Development of a database for combined analysis of dna methylation and transcriptional profiles in different immune cells. (Abstract / Poster)


42 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2014

Bonin M, Kokatjuhha J, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. HumanResearchDB - a generic online database to design individual electronic case report forms. (Abstract / Poster)

Mans K, Bonin M, Häupl T, Smiljanovic B, Tandon N, Detert J, Listing J, Naumann T, Burmester GR, Stuhlmüller B. Prediction of Response to methotrexate Treatment in RA using mRNA and miRNA biomarkers. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin M, Maslinski W, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The role of cell- and tissue-specific transcriptomes in biomarker discovery; from synovial tissue through blood up to bone marrow in revealing the systemic nature of rheumatoid arthritis. (Abstract)


EULAR 2014

Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. Upregulation of immunoproteasome subunits PSMB8 and PSMB99 in Myositis indicates active inflammation with involvement of antigen presenting cells, CD8+ T-Cells and IFN gamma. (Abstract)


34th European Workshop for Rheumatology Research 2014

Bonin M, Kokatjuhha J, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. Identification of geneexpression networks in different immunological states. (Abstract / Poster)

Bonin M, Weidel L, Schendel P, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)

Ghannam KM, Martinez Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma. (Abstract)

Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Schulte-Wrede U, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A. T helper lymphocytes and monocytes as biosensors of type I interferon responses in viral infection and autoimmunity. (Abstract)


Abstracts/Poster 2013 Abstracts/Posters 2013

41 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2013

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood. (Abstract / Poster)


BeTheCure 2013

Bonin M, Sörensen T, Smiljanovic B, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A, Häupl T. Transcriptome comparison between human and mouse in arthritis. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood. (Abstract / Poster)


28th German Conference on Bioinformatics 2013

Bonin M, Kokatjuhha J, Flemming S, Smiljanovic B, Grützkau A, Sörensen T, Häupl T. Identification of gene co-expression networks associated with different cellular and immunological states. (Abstract / Poster)

Bonin M, Weidel L, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. Automated combined analysis of DNA methylation and transcription profiles in different immune cells. (Abstract / Poster)


33th European Workshop for Rheumatology Research 2013

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF. (Abstract / Poster)

Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A. Cell-specific type I Interferon signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference? (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmueller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Synovial tissue transcriptome and synovial fluid proteome have stronger discriminatory power than serum in dissecting inflammation in Rheumatoid Arthritis. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Dissecting disease-specific differences in RA and OA by transcriptome analyses of synovial tissue, blood and bone marrow monocytes. (Abstract / Poster)


Abstract/Poster 2010 Abstract/Poster 2010

25th German Conference on Bioinformatics 2010

Bonin M, Flemming S, Haase U, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T. Identification of co-expression networks by comparison of a multitude of different functional states of genome activity. (Abstract / Poster)

Annette Rother

Dr. rer. nat. Annette Rother

Wissenschaftliche Mitarbeiterin
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    Forschungslabor - AG Häupl / AG Bioinformatik
    Gebäude: Virchowweg 11 (6. Ebene - Raum 016)
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    Research Laboratory WG Häupl / WG Bioinformatics
    Building: Virchowweg 11 (6th floor - Room 016)
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 368
  • +49(0) 30 450 7 513 368
  • annette.rother@charite.de

Ausbildung

1991 - 1997

Studium der Biologie an der Freien Universität Berlin


Beruflicher Werdegang

Seit 2007

Wissenschaftliche Mitarbeiterin und Projektkoordination an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

2004 - 2006

Wissenschaftliche Mitarbeiterin am Institut für Biologiean der Freien Universität Berlin

2000 - 2003

Wissenschaftliche Mitarbeiterin am Institut für Gewässerökologie und Binnenfischerei in Berlin

1998 - 1999

Wissenschaftliche Mitarbeiterin am Institut für Biologie an der Humboldt Universität Berlin


Wissenschaftlicher Werdegang

2003

Dissertation (Dr. rer. nat.): "Untersuchungen zu Aggregaten in einem Fluss-See-System der Spree"


Shade


Marc Oliver Bonin-Andresen

Marc Oliver Bonin-Andresen,
M. Sc. Bioinformatik,
B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik

Doktorand
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    Forschungslabor - AG Häupl / AG Bioinformatik
    Gebäude: Virchowweg 11 (5. Ebene - Raum 005a)
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    Research Laboratory WG Häupl / WG Bioinformatics
    Building: Virchowweg 11 (5th floor - Room 005a)
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 296
  • +49(0) 30 450 513 968
  • marc.bonin@charite.de
  • Webseite

Ausbildung

Seit 2010

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (Doktorrand) an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

2005 - 2009

Studium der Bioinformatik an der Freien Universität Berlin (Master)

2004 - 2005

Studium der Bioinformatik / Biosystemtechnik an der Technischen Fachhochschule Wildau (Master)

2001 - 2004

Studium der Bioinformatik / Biosystemtechnik an der Technischen Fachhochschule Wildau (Bachelor)


Beruflicher Werdegang

Seit 2010

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (Doktorrand) an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

  • Analyse von Microarray Genexpressiondaten aus Affymetrix-basierten Untersuchungen bei rheumatischen Erkrankungen
  • Analyse von hochdimensionalen Zytometriedaten aus durchflusszytometrischen und massenspektrometrischen Zelluntersuchungen
  • Analyse von Mikrobiom-Sequenzdaten aus Typisierungssequenzierungen (Zusammenhänge zwischen RA und dem Darm-Mikrobiom)
  • Entwicklung von Software/Datenbanken zur Erhebung von Daten in klinischen Studien und DNA-Array-Analysen
  • Entwicklung von neuen Algorithmen zur Erschließung funktioneller Netzwerke
  • Betreuung von Praktikanten, Bachelor- & Masterarbeiten

2010 - 2011

Bayer Schering Pharma AG - AG Dr. Bertram Weiss, Principlal Scientist Bioinformatics - GDD/TD/Global Technologies (studentischer Mitarbeiter/selbständige Tätigkeit)

  • Verarbeitung von klinisch relevanten Daten im Zusammenhang mit dem Projekt PhenomicDB
  • Überarbeiten von öffentlich verfügbaren Microarraydaten und Implementierung in ein Datenbanksystem

Seit 2008

BioRetis GmbH (selbständige Tätigkeit)

  • Auswertung von Microarray Genexpressiondaten aus Affymetrix-basierten Untersuchungen
  • Auswertung von hochdimensionalen Zytometriedaten aus durchflusszytometrischen und massenspektrometrischen Zelluntersuchungen
  • Auswertung von Mikrobiom-Sequenzdaten aus Typisierungssequenzierungen der 16S, 18S und ITS Region
  • Aufbau von klinischen Datenbanken und Entwicklung von Software zur Erhebung von Daten in klinischen Studien und Untersuchung des Zusammenhangs zwischen Ernährung und Krankheitssymptomen

2008 - 2009

Biotronik© (Health Service) (studentischer Mitarbeiter)

  • Evaluierung des Pentaho Business Integrations-Frameworks
  • Einbindung bestehender Datenbanken in das Pentaho-Framework
  • Erzeugen von Beispielreports
  • Sichten, Bewerten der vorhandenen Dokumentation und interne Weitergabe in komprimierter Form
  • Untersuchung der Möglichkeit der Steuerung des Pentaho-Framework über externe Schnittstellen

Seit 2003

Firmengründung Protegene GbR (selbständige Tätigkeit)

  • Anwendungsorientiertes Datenbankdesign (Apache, MySQL, MongoDB, PostgreSQL)
  • Webanbindung mittels JavaScript, PHP, JQuery, Java (Servlets, JSF, .jsp)
  • Webdesign
  • Windows Server Administration
  • MacOSX Server Administration
  • Apache und Tomcat Admisitration
  • Auswertung und Aufarbeitung klinisch relevanter Daten mit Hilfe der Programme Excel, R und Matlab
  • User Interface Konzeption
  • Optimieren von Projektabläufen von der Anforderung bis zum Regelbetrieb
  • Verbesserung der Arbeitsatmosphäre
  • Beschleunigung von Produktionsprozessen
  • agiles Projekt Setup
  • Erarbeitung von Plänen zur Mitarbeiterentwicklung

Praktika

07.2007 - 10.2007

Forschungspraktikum (Freie Universität Berlin)

  • Durchführung einer mathematische Validierung und Entwicklung eines Konzeptes sowie deren Umsetzung einer datenbankgestützten Automatisierungs- und Visualisierungstechnik zur vereinfachenden und ergänzenden Auswertung eines Systems zur Erkennung von Signaturen in komplexen Genexpressionsprofilen

04.2005 - 08.2005

Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

  • Durchführung von Arrayanalysen, mit Hilfe des während meiner Bachelorarbeit neu entwickelten Algorithmus, für die Analyse von Blut und Gewebe, sowie die Identifizierung von relevanten Funktionskomponenten die mit den Krankheiten (Rheumatoide Arthritis, Riesenzelltumoren, Nierenerkrankungen) assoziiert sind.
  • Programmierung in C++ und Java für die Implementierung des Algorithmus in eine Oracle Datenbank als Bestandteil der SIPAGE NGFN Forschungstätigkeiten.

03.2004 - 05.2004

Max Planck Institute für molekulare Genetik

  • Bearbeitung eines komplexen biologischen Sachverhaltes unter Zuhilfenahme molekularbiologischer Methoden
  • Vergleich von Genexpressionsprofilen von Geweben sowie von verschiedenen Zelltypen mit Hilfe der Software MAS 5.0, RMA und dChip
  • Erlernte Verfahren: PCR Primerdesign, Restriktionsverdau, Klonierung, Herstellung kompetenter Zellen, Genexpression, ELISA, Western Plot, Protein-Array, DNA-Microarray

02.2004 - 03.2004

Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

  • Komplexe Analysen von Genexpressionsdaten basierend auf MAS 5.0 und RMA
  • Entwicklung von Excel und Visual Basic Skripts für den Transfer der Daten zwischen MAS 5.0 und Filemaker 6 Pro
  • Entwicklung von Konzepten zur automatisierten Auswertung von DNA-Microarrayexperimenten
  • EWeiterverarbeitung und Aufarbeitung von Daten (Excel, Java, C++) sowie deren datenbankbasierende Speicherung (Filemaker)

08.2003 - 09.2003

Max Planck Institute für molekulare Genetik

  • In vitro ligand screening
  • Erstellen von Datenbankmodellen (Perl-DBI und SQL) für eine internetbasierte Speicherung von Arraydaten

01.2003 - 02.2003

Deutsches Rheuma Forschungszentrum (DRFZ)

  • Praktikum mit Bioinformatiktools für Genexpressionsanalysen (Genes@Work, GenMapp / MappFinder)

07.2002 - 08.2002

Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

  • Praktikum im Bereich der DNA-Array hybridisation und Genexpressionsanalyse

Wissenschaftlicher Werdegang

2009

Master of Science (M. Sc. Bioinformatik): "Nachweis und Quantifizierung von Funktionskomponenten in Expressionsprofilen von Gewebebiopsien"

2004

Bachelor of Science (B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik): "Ein mathematisches Modell für Arrayanalysen zur Identifizierung von Genregulationen in Proben mit variabler zellulärer Zusammensetzung"


Mitglied bei


Publikationen


Publikation 2017

Comment on "Single cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes and progenitors." Smiljanovic B, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T. (2017) Link

Heßelbach K, Kim GJ, Flemming S, Häupl T, Bonin-Andresen M, Dornhof R, Günther S, Merfort I, Humar M. Disease relevant modifications of the methylome and transcriptome by particulate matter (PM2.5) from biomass combustion. Epigenetics (2017) PMID: 28742980

Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T. Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling. Ann Rheum Dis. (2017) Link


Publikationen 2016

Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Winchester RJ, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by expression of HLA-DRB4 alleles identifies differential innate and adaptive immune transcriptional patterns - A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. Clin Immunol. (2016) PMID: 27570220

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus M, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum. Ann Rheum Dis. (2016) Link


Publikation 2015

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum. Ann Rheum Dis. (2015) Link


Publikationen 2014

Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Bhattarai S, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. Upregulation of Immunoproteasome Subunits in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8 T-Cells and IFNγ. PLoS One (2014) PMID: 25098831

Bonin M, Kokatjuhha J, Mans K, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. Identification of geneexpression networks in different immunological states. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Bonin M, Weidel L, Schendel P, Mans K, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells. Ann Rheum Dis. (2014) Link

Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma. Ann Rheum Dis. (2014) Link


Publikationen 2013

Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T. Combined Analysis of Epigenetic and Transcriptional Profiles in Different Immune Cells Identifies Hot Spots of Gene Regulation by DNA Methylation. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative Transcriptome Analysis of Human and Mouse Synovial Fibroblast Responses to TNF. Ann Rheum Dis. (2013) Link


Publikation 2005

Häupl T, Grützkau A, Grün J, Bonin M, Stuhlmüller B, Rohrlach T, Kaps C, Rudwaleit M, Morawietz L, Gursche A, Zacher J, Krenn V, Burmester GR, Radbruch A. Dissection of expression profiles into functional components: a strategy to identify the pieces in the puzzle of systems biology. 19th NGFN Meeting (2005) Link


Abstracts/Posters


Abstract/Poster 2017 Abstract/Poster 2017

37th European Workshop for Rheumatology Research 2017

Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T. Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2016 Abstracts/Posters 2016

31th German Conference on Bioinformatics 2016

Bonin-Andresen M, Johannes S, Schendel P, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T. BioRetis - An online tool to analyse geneexpression profiles, miRNA data, DNA methylation and NGS data. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Burmester GR, Grützkau A, Häupl T. Gene expression profiling and cytometry analysis from bone marrow monocytes, blood and synovial fluid from rheumatoid and osteoarthritis patients. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T. immunoClust - An automated pipeline to analyse cytometric profiles in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)

Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by HLA-DRB4 expression - A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


44 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2016

Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Radbruch A, Burmester GR, Maslinskim W, Grützkau A, Häupl T. Bone marrow and blood monocytes from rheumatoid arthritis patients show premature transcriptomes and reveal incremental inflammatory activation from bone marrow to blood and joint. (Abstract / Poster)

Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T. Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies differential innate and adaptive immune patterns – A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


MSK Symposium 2016

Bonin-Andresen M, Heyl F, Kokatjuhha J, Stuhlmüller B, Häupl T. SP 8 & SP 6 - Biobanking & Bioinformatics and data integration. (Poster)


36th European Workshop for Rheumatology Research 2016

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2015 Abstracts/Posters 2015

43 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2015

Häupl T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A. Neue Methoden zur Identifizierung und Analyse von Biomarkern. (Abstract)


35th European Workshop for Rheumatology Research 2015

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2014 Abstracts/Posters 2014

29th German Conference on Bioinformatics 2014

Bonin M, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes S, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Häupl T. Identification of co-expression networks of inflammatory response in immune cells. (Abstract / Poster)

Bonin M, Kokatjuhha J, Johannes S, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. A generic online database for clinical data collection. (Abstract / Poster)

Bonin M, Ziska I, Kokatjuhha J, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T. Comparative analysis between rheumatoid arthritis and arthritis model: study of the functional components in expression profiles of synovitis. (Abstract / Poster)

Bonin M, Schendel P, Mans K, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes J, Ziska I, Smiljanovic B, Sörensen T, B. Stuhlmüller, Häupl T. Prediction for successful treatment of methotrexate in rheumatoid arthritis with mrna and mirna microarraydata. (Abstract / Poster)

Bonin M, Johannes S, Flemming S, Grützkau A, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. Development of a database for combined analysis of dna methylation and transcriptional profiles in different immune cells. (Abstract / Poster)


42 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2014

Bonin M, Kokatjuhha J, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. HumanResearchDB - a generic online database to design individual electronic case report forms. (Abstract / Poster)

Mans K, Bonin M, Häupl T, Smiljanovic B, Tandon N, Detert J, Listing J, Naumann T, Burmester GR, Stuhlmüller B. Prediction of Response to methotrexate Treatment in RA using mRNA and miRNA biomarkers. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin M, Maslinski W, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The role of cell- and tissue-specific transcriptomes in biomarker discovery; from synovial tissue through blood up to bone marrow in revealing the systemic nature of rheumatoid arthritis. (Abstract)


EULAR 2014

Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. Upregulation of immunoproteasome subunits PSMB8 and PSMB99 in Myositis indicates active inflammation with involvement of antigen presenting cells, CD8+ T-Cells and IFN gamma. (Abstract)


34th European Workshop for Rheumatology Research 2014

Bonin M, Kokatjuhha J, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T. Identification of geneexpression networks in different immunological states. (Abstract / Poster)

Bonin M, Weidel L, Schendel P, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells. (Abstract / Poster)

Ghannam KM, Martinez Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E. OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma. (Abstract)


Abstracts/Poster 2013 Abstracts/Posters 2013

41 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2013

Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T. Combined analysis of DNA-methylation and transcription profiles in different immune cells identifies hot spots of gene regulation by DNA methylation. (Abstract / Poster)

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF. (Abstract / Poster)


BeTheCure 2013

Bonin M, Sörensen T, Smiljanovic B, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A, Häupl T. Transcriptome comparison between human and mouse in arthritis. (Abstract / Poster)


28th German Conference on Bioinformatics 2013

Bonin M, Heyl F, Ziska I, Ickler L, Sinning D, Kokatjuhha J, Häupl T. BAM - A tool for basic analysis of microarray data. (Abstract / Poster)

Bonin M, Kokatjuhha J, Flemming S, Smiljanovic B, Grützkau A, Sörensen T, Häupl T. Identification of gene co-expression networks associated with different cellular and immunological states. (Abstract / Poster)

Bonin M, Weidel L, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T. Automated combined analysis of DNA methylation and transcription profiles in different immune cells. (Abstract / Poster)

Bonin M, Peter S, Mans K, Sohnrey C, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B. Prediction of Methotrexate Treatment Response in Rheumatoid Arthritis via Affymetrix miRNA Microarray Profiling. (Abstract / Poster)


33th European Workshop for Rheumatology Research 2013

Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T. Combined analysis of epigenetic and transcriptional profiles in different immune cells identifies hot spots of gene regulation by DNA methylation. (Abstract / Poster)

Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A. Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF. (Abstract / Poster)


Abstract/Poster 2011 Abstract/Poster 2011

26th German Conference on Bioinformatics 2011

Haase U, Bonin M, Flemming S, Buttgereit F, Sörensen T, Häupl T. A clinical database for networking in multicenter studies. (Abstract / Poster)


Abstract/Poster 2010 Abstract/Poster 2010

25th German Conference on Bioinformatics 2010

Bonin M, Flemming S, Haase U, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T. Identification of co-expression networks by comparison of a multitude of different functional states of genome activity. (Abstract / Poster)


Abstract/Poster 2005 Abstract/Poster 2005

19th NGFN Meeting 2005

Häupl T, Grützkau A, Grün JR, Bonin M, Stuhlmüller B, Rohrlach T, Kaps C, Rudwaleit M, Morawietz L, Gursche A, Zacher J, Krenn V, Burmester GR, Radbruch A. Dissection of expression profiles into functional components: a strategy to identify the pieces in the puzzle of systems biology. (Abstract)


Abstracts/Poster Sonstiges Abstracts/Posters Sonstiges

Sonstiges

Weidel L, Bonin M, Schrader T, Häupl T. Kombinierte Analyse von DNA-Methylierung und Transkriptions-Profilen in verschiedenen Immunzellen. (Abstract / Poster)

Flemming S, Grützkau A, Bonin M, Häupl T, Günther S. The Code Of Silence - Epigenetics And Development Of Immune Cells. (Poster)

Bonin M, Grützkau A, Kaps C, Häupl T. Ein mathematisches Modell für Arrayanalysen zur Identifizierung von Genregulationen in Proben mit variabler zellulärer Zusammensetzung. (Abstract / Poster)

Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen

Projektmanagement im Softwarebereich (Softwarepraktikum) - Freie Universität Berlin
(5. Semester B. Sc. Bioinformatik - SommerSemester 2017)
  • Einarbeitung in die theoretischen Grundlagen über DNA-Microarrays (Herstellung, Hybridisierung & Auswertung)
  • Einführung in das Software-Paket "R" zur Analyse von Microarraydaten (Affymetrix & Illumina)
  • Entwicklung / Optimierung eines "R"-Skripts zur automatischen Qualitätsanalyse von Microarraydaten
  • Entwicklung einer Webapplikation zur Qualitätsanalyse von Microarraydaten (PHP, JavaScript)
  • GitHub, SVN (Eclipse)

Quantitative Aufteilung

%


Praktische Programmierarbeit

PHP, R, JavaScript

%


Soft Skills

Schwierigkeitsgrad

%


Programmieren

PHP, R, JavaScript

%


Biologie/Chemie

Genexpression, Zellbiologie

%


Projektmanagement

GitHub, SVN (Eclipse)

Unbedingt erforderliche Vorkenntnisse
Kenntnisse in PHP & R

Zeit

  • 15.03.2017 bis 24.05.2017

SommerSemester 2016

Softwarepraktikum - Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)

SommerSemester 2015

Softwarepraktikum - Einführung in Analyse von Genexpressionsdaten (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)

SommerSemester 2014

Softwarepraktikum - Einführung in Analyse von Genexpressionsdaten (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)


Praktikumsbetreuung
  • Julius Tembrockhaus (15.03.2017 - 31.05.2017)
  • Colin Gundlach (15.03.2017 - 31.05.2017)
  • Jakob Hertzberg (15.03.2017 - 31.05.2017)
  • Eva Romanovsky (15.03.2017 - 31.05.2017)
  • Willie Ekaputra (15.03.2017 - 31.05.2017)
  • Marc Horlacher (17.05.2016 - 22.07.2016)
  • Anja Seidel (16.03.2016 - 04.05.2016)
  • Sevcan Gündüz (16.03.2016 - 04.05.2016)
  • Rascha Basaleh (16.03.2016 - 04.05.2016)
  • Yannic Lapawczyk (16.03.2016 - 04.05.2016 & 20.02.2017 - 02.06.2017)
  • Michael Krivab (16.03.2016 - 04.05.2016)
  • Silver Wolf (16.03.2016 - 04.05.2016)
  • Dipl. Biochem. Daniela Corinne Spohr (14.03.2016 - 02.06.2016)
  • Dipl. Biol. Susanne Eckert-Gruneberg (14.03.2016 - 02.06.2016)
  • Felix Hartkopf (19.03.2015 - 04.06.2015 & 03.08.2015 - 09.10.2015)
  • Alexander Lüttringhaus (19.03.2015 - 04.06.2015)
  • Philipp Borchert (19.03.2015 - 04.06.2015)
  • Lennard Epping (19.03.2015 - 04.06.2015)
  • Jan-Niklas Rössler (19.03.2015 - 04.06.2015)
  • Nadine Warnstädt (19.03.2015 - 04.06.2015)
  • Simon Bohleber, B. Sc. Pharmazeutische Wissenschaften (30.06.2014 - 08.08.2014)
  • Johanna Lechner (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Sonja Rothkugel (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Svetlana Leng (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Eren Altun (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Jens Hagemeister (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Mona Rams (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Maximilian Pfeiffer (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Sascha Johannes, B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik (27.01.2014 - 07.03.2014)
  • Pascal Schendel, B. Sc. Bioinformatik (16.09.2013 - 08.11.2013)
  • Irene Ziska, B. Sc. Bioinformatik (22.07.2013 - 27.09.2013)
  • Florian Heyl, B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik (15.07.2013 - 20.09.2013 & 27.01.2014 - 07.03.2014)
  • Lydia Ickler (04.03.2013 - 19.04.2013)
  • Sabrina Schüngel (14.11.2012 - 28.02.2013)
  • Misbah Hussain (01.10.2012 - 07.12.2012)
  • Stephan Peter (17.09.2012 - 02.11.2012)
  • Timo Ebeling (13.08.2012 - 28.09.2012)
  • Ria Xenia Peschutter (13.08.2012 - 28.09.2012)
  • Denise Sinning (02.07.2012 - 10.08.2012)
  • Khadija El Amrani (01.04.2012 - 30.06.2012)
  • Christin Schewe (31.01.2011 - 25.03.2011)

Betreuung der Masterarbeit

"GenomicView" - Interactive visualisation for genomic information (Sascha Johannes)

Betreuung der Masterarbeit

Entwicklung einer Pipeline zur Gruppierung und Identifikation von DNA-Sequenzen aus Typisierungssequenzierungen von Mikrobiomen (Pascal Schendel)

Betreuung der Bachelorarbeit

Vergleichsanalyse zwischen Rheumatoider Arthritis und Arthritismodell: Untersuchung der funktionellen Komponenten in Expressionsprofilen der Synovitis (Irene Ziska)

Betreuung der Bachelorarbeit

Entwicklung einer Datenbank für eine kombinierte Analyse von DNA-Methylierung und Transkriptions-Profilen in verschiedenen Immunzellen (Sascha Johannes)

Betreuung der Bachelorarbeit

Identifizierung von Genexpressions-Netzwerken der Entzündungsreaktion in Immunzellen (Florian Heyl)

Betreuung der Bachelorarbeit

Prädiktionsanalyse zum Behandlungserfolg von Methotrexat bei rheumatoider Arthritis mit Hilfe von mRNA und miRNA Daten (Pascal Schendel)

Betreuung der Masterarbeit

Kombinierte Analyse von DNA-Methylierung und Transkriptions-Profilen in verschiedenen Immunzellen (Lorette Weidel)

Betreuung der Bachelorarbeit

Vorhersage des Therapieerfolgs mit Methotrexat bei Patienten mit rheumatoider Arthritis (Stephan Peter)

Betreuung der Bachelorarbeit

Identifizierung von Genexpressions-Netzwerken in unterschiedlichen immunologischen Zuständen (Jekaterina Kokatjuhha)

Sonstige Aktivitäten

2002 - 2003

Mitglied des akademischen Senats an der Technischen Fachhochschule Wildau

2002 – 2004

Mitglied des Fachbereichsrates Ingenieurwesen/Wirtschaftsingenieurwesen an der Technischen Fachhochschule Wildau


Shade


Silvia Pade

Silvia Pade

Studienschwester
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    AG Häupl / AG Bioinformatik
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    WG Häupl / WG Bioinformatics
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 427
    +49(0) 30 450 560 137
  • +49(0) 30 450 513 928
    +49(0) 30 450 513 997
  • silvia.pade@charite.de

Ausbildung

2009

Weiterbildung: Fachassistentin Rheumatologie

2001

Weiterbildung: Studienschwester

1980

Fortbildung: Mentor/Praxisanleiter

1978-1979

Ausbildung zur Fachkrankenschwester für Inne Medizin an der Betriebsakademie Treuenbritzen

1977-1978

Ausbildung zur Stationsleitung an der Betriebsakademie Treuenbritzen

1972 - 1976

Ausbildung zur Krankenschwester im Evangelischen Krankenhaus Paul Gerhardt Stift in Lutherstadt Wittenberg


Beruflicher Werdegang

Seit 2001

Studienschwester an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

1980 – 2001

Krankenschwester an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

1976 – 1980

Krankenschwester/Stationsleitung in der Abteilung für Rheumatologie im Kreiskrankenhaus Treuenbrietzen


Publikationen


Publikation 2016

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus M, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum. Ann Rheum Dis. (2016) Link


Publikation 2015

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum. Ann Rheum Dis. (2015) Link


Publikation 2014

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoud arthritis. Ann Rheum Dis. (2014) Link


Publikationen 2013

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Synovial Tissue Transcriptome and Synovial Fluid Proteome have Stronger Discriminatory Power than Serum in Dissecting Inflammation in RA. Ann Rheum Dis. (2013) Link

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated and Standardised Analysis for High Dimensional Cytometric Data Provides New Options for Complex Cell-Associated Biomarker Screening. Ann Rheum Dis. (2013) Link


Abstracts/Posters


Abstracts/Poster 2016 Abstracts/Posters 2016

ESCI 2016

Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Maslinski W, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Patterns of prematurity and stepwise increasing inflammation from bone marrow via blood to synovial fluid indicate enhanced production and peripheral triggering of monocytes in rheumatoid arthritis. (Abstract)


36th European Workshop for Rheumatology Research 2016

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum. (Abstract / Poster)


Abstract/Poster 2015 Abstract/Poster 2015

35th European Workshop for Rheumatology Research 2015

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2014 Abstracts/Posters 2014

42 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2014

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin M, Maslinski W, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. The role of cell- and tissue-specific transcriptomes in biomarker discovery; from synovial tissue through blood up to bone marrow in revealing the systemic nature of rheumatoid arthritis. (Abstract)


34th European Workshop for Rheumatology Research 2014

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster 2013 Abstracts/Posters 2013

41 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2013

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated analysis for multiparameter flow cytometry provides new options for biomarker screenin. (Abstract / Poster)

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood. (Abstract / Poster)


BeTheCure 2013

Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated analysis of cytometric profiles of synovial fluid and peripheral blood in rheumatoid arthritis. (Abstract / Poster)


33th European Workshop for Rheumatology Research 2013

Smiljanovic B, Stuhlmueller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Synovial tissue transcriptome and synovial fluid proteome have stronger discriminatory power than serum in dissecting inflammation in Rheumatoid Arthritis. (Abstract / Poster)

Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T. Automated and standardized analysis for high dimensional cytometric data provides new options for complex cell-associated biomarker screening! (Abstract / Poster)


Abstracts/Poster Sonstiges Abstracts/Posters Sonstiges

Sonstiges

Mans K, Tandon N, Sohnrey C, Pade S, Bolle SL, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B. Microarray Gene Expression Profiling of Rheumatoid Arthritis Patients for Prediction of Response to Methotrexate Treatment. (Poster)

Sohnrey C, Tandon N, Mans K, Pade S, Bolle SL, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B. Prediction of Methotrexate Treatment Response in Rheumatoid Arthritis via miRNA Microarray Profiling. (Poster)


Shade


Barbara-Maria Walewska

Dipl. Ing. Barbara-Maria Walewska

Technische Assistentin (TA)
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    Forschungslabor - AG Häupl / AG Bioinformatik
    Gebäude: Virchowweg 11 (5. Ebene - Raum 008)
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    Research Laboratory WG Häupl / WG Bioinformatics
    Building: Virchowweg 11 (5th floor - Room 008)
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 178
  • +49(0) 30 450 513 288
  • barbara-maria.walewska@charite.de

Ausbildung

1999 - 2000

Weiterbildung: Biotechnologie "LABOR 2000", Seminarzentrum Göttingen GmbH & Co. KG Berlin

1976 - 1982

Studium der Lebensmitteltechnologie an der Landwirtschafts Akademie in Posen (Schwerpunkt: Getreidetechnologie)


Beruflicher Werdegang

Seit 2014

Technische Assistentin an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

  • Hybridisierung von Microarrays
  • Primäre Zellisolierung und Kultivierung von humanen Zellen
  • Zellkulturtechnik
  • PCR/Real-Time PCR
  • Extraktion von DNA & RNA
  • In vitro Zelldifferenzierunsexperimente mit Zellen zur Chondrogenese, Adipogenese & Osteogenese
  • Histologische Schnitte, chemisch basierte Färbungen, immunhistologische Zell-Färbetechniken & Durchführung von MTT/-MTS Wachstumskinetiken, Chemotaxisassays, ELISA-Arrays, Klonierungen & mikrobiologischen Sterilisationstests
  • Archivierung von Blutproben (Biobanking)
  • Eingabe von Daten für klinische Studien
  • FACS & MACS
  • Reinigung von mRNA/miRNA & DNA aus humanen Zellen (vorwiegend Blutzellen), Serum, Plasma, Urin, & partiell anderen verfügbaren Körperflüssigkeiten
  • Betreuung von Praktikanten

2009 - 2014

Technische Assistentin im Labor für Tissue Engineering, Charité Universitätsmedizin Berlin

2000 – 2008

Technische Assistentin am Institut für Biotechnologie an der Technische Universität Berlin (Fachgebiet: Mikrobiologie & Genetik)


Wissenschaftlicher Werdegang

1992

Diplom Ingenieur der Lebensmitteltechnologie: "Chemische Eigenschaften von Weizen Korn nach mechanischer Abtrennung der Schale"

Peggy Thiele

Peggy Thiele

Medizinisch-­technische Laborassistentin (MTLA)
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    Forschungslabor - AG Häupl / AG Bioinformatik
    Gebäude: Virchowweg 11 (5. Ebene - Raum 008)
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    Research Laboratory WG Häupl / WG Bioinformatics
    Building: Virchowweg 11 (5th floor - Room 008)
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 178
  • +49(0) 30 450 513 288
  • peggy.thiele@charite.de

Ausbildung

1992 - 1996

Ausbildung zur Medizinisch-­technischen Laborassistentin (MTLA) an der Fachschule in Dresden


Beruflicher Werdegang

Seit 2014

Medizinisch-­technische Laborassistentin (MTLA) an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin

  • Versuchsplanung
  • Eigenständige Durchführung und Dokumentation wissenschaftlicher Versuchsreihen
  • Projektarbeit und lösungsorientierte Diskussionen im Team
  • Ergebnispräsentation
  • Labororganisation
  • Warenbestellung
  • Erstellen von Arbeitsanleitungen
  • Betreuung von Praktikanten

2013 - 2014

Medizinisch-­technische Laborassistentin (MTLA) am Zentrallabor für Laboratoriumsmedizin und Pathobiochemie CCM im Fachbereich Genetik und am Max-Planck-Institut für Infektionsbiologie im Fachbereich für Molekulare Immunologie

2012 – 2013

Medizinisch-­technische Laborassistentin (MTLA) in der Facharztpraxis für Mikrobiologie und Infektionsepidemiologie Berlin im Fachbereich für genotypische Resistenzanalyse bei HIV-Patienten

2008 – 2011

Medizinisch-­technische Laborassistentin (MTLA) am Institut für Zell­- und Neurobiologie der Charité Berlin im Fachbereich für Neurobiologie

2006 – 2008

Medizinisch-­technische Laborassistentin (MTLA) der Minerva Biolabs GmbH Berlin im Fachbereich für Service und Produktion

2001 – 2006

Medizinisch-­technische Laborassistentin (MTLA) am Institut für Zell­- und Neurobiologie der Charité Berlin im Fachbereich für Neurowissenschaften

2000 – 2001

Medizinisch-­technische Laborassistentin (MTLA) am Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt im Fachbereich für Krebsforschung

1999 – 2000

Medizinisch-­technische Laborassistentin (MTLA) am Krankenhaus Köln Merheim im Fachbereich für Transfusionsmedizin und Hämatologie

1996 – 1998

Medizinisch-­technische Laborassistentin (MTLA) am Kreiskrankenhaus Garmisch-Partenkirchen im Fachbereich für Transfusionsmedizin und Verwaltung von Eigenblutspend


Publikation


Publikation 2013

Ebner F, Brandt C, Thiele P, Richter D, Schliesser U, Siffrin V, Schueler J, Stubbe T, Ellinghaus A, Meisel C, Sawitzki B, Nitsch R. Microglial activation milieu controls regulatory T cell responses. J Immunol. (2013) PMID: 24146044


Shade


Patrizia Batel

Patrizia Batel

Studentische Mitarbeiterin
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    Forschungslabor - AG Häupl / AG Bioinformatik
    Gebäude: Virchowweg 11 (5. Ebene - Raum 008)
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    Research Laboratory WG Häupl / WG Bioinformatics
    Building: Virchowweg 11 (5th floor - Room 008)
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 178
  • +49(0) 30 450 513 288
  • patrizia.batel@charite.de
Sascha Johannes

Sascha Johannes,
B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik

Studentischer Mitarbeiter
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    Forschungslabor - AG Häupl / AG Bioinformatik
    Gebäude: Virchowweg 11 (5. Ebene - Raum 005a)
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    Research Laboratory WG Häupl / WG Bioinformatics
    Building: Virchowweg 11 (5th floor - Room 005a)
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 296
  • +49(0) 30 450 513 968
  • sascha.johannes@charite.de
Pascal Schendel

Pascal Schendel, B. Sc. Bioinformatik

Studentischer Mitarbeiter
  • Charité-Universitätsmedizin Berlin
    Freie Universität und Humboldt Universität Berlin
    CharitéCentrum 12 für Innere Medizin und Dermatologie
    Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie CCM
    Forschungslabor - AG Häupl / AG Bioinformatik
    Gebäude: Virchowweg 11 (5. Ebene - Raum 009)
    Charité - Universitätsmedizin Berlin
    Free University and Humboldt University of Berlin
    CharitéCentrum 12 for Internal Medicine and Dermatology
    Medical Clinic with focus on Rheumatology and clinical Immunology CCM
    Research Laboratory WG Häupl / WG Bioinformatics
    Building: Virchowweg 11 (5th floor - Room 009)
    Charitéplatz 1
    10117 Berlin
  • +49(0) 30 450 513 296
  • +49(0) 30 450 513 968
  • pascal.schendel@charite.de

Shade


Praktikanten

  • Nilufar Akbari (21.08.2017 - 27.10.2017)
  • Nathaly Reimert (01.08.2017 - 10.10.2017)
  • Hee-Yeong Kim (01.08.2017 - 10.10.2017)
  • Julius Tembrockhaus (15.03.2017 - 31.05.2017)
  • Colin Gundlach (15.03.2017 - 31.05.2017 & 01.08.2017 - 10.10.2017)
  • Jakob Hertzberg (15.03.2017 - 31.05.2017)
  • Eva Romanovsky (15.03.2017 - 31.05.2017)
  • Willie Ekaputra (15.03.2017 - 31.05.2017)
  • Marc Horlacher (17.05.2016 - 22.07.2016)
  • Anja Seidel (16.03.2016 - 04.05.2016)
  • Sevcan Gündüz (16.03.2016 - 04.05.2016)
  • Rascha Basaleh (16.03.2016 - 04.05.2016)
  • Yannic Lapawczyk (16.03.2016 - 04.05.2016 & 20.02.2017 - 02.06.2017)
  • Michael Krivab (16.03.2016 - 04.05.2016)
  • Silver Wolf (16.03.2016 - 04.05.2016)
  • Dipl. Biochem. Daniela Corinne Spohr (14.03.2016 - 02.06.2016)
  • Dipl. Biol. Susanne Eckert-Gruneberg (14.03.2016 - 02.06.2016)
  • Felix Hartkopf (19.03.2015 - 04.06.2015 & 03.08.2015 - 09.10.2015)
  • Alexander Lüttringhaus (19.03.2015 - 04.06.2015)
  • Philipp Borchert (19.03.2015 - 04.06.2015)
  • Lennard Epping (19.03.2015 - 04.06.2015)
  • Jan-Niklas Rössler (19.03.2015 - 04.06.2015)
  • Nadine Warnstädt (19.03.2015 - 04.06.2015)
  • Simon Bohleber, B. Sc. Pharmazeutische Wissenschaften (30.06.2014 - 08.08.2014)
  • Johanna Lechner (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Sonja Rothkugel (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Svetlana Leng (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Eren Altun (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Jens Hagemeister (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Mona Rams (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Maximilian Pfeiffer (06.03.2014 - 24.04.2014)
  • Sascha Johannes, B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik (27.01.2014 - 07.03.2014)
  • Pascal Schendel, B. Sc. Bioinformatik (16.09.2013 - 08.11.2013)
  • Irene Ziska, B. Sc. Bioinformatik (22.07.2013 - 27.09.2013)
  • Florian Heyl, B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik (15.07.2013 - 20.09.2013 & 27.01.2014 - 07.03.2014)
  • Lydia Ickler (04.03.2013 - 19.04.2013)
  • Sabrina Schüngel (14.11.2012 - 28.02.2013)
  • Misbah Hussain (01.10.2012 - 07.12.2012)
  • Stephan Peter (17.09.2012 - 02.11.2012)
  • Timo Ebeling (13.08.2012 - 28.09.2012)
  • Ria Xenia Peschutter (13.08.2012 - 28.09.2012)
  • Denise Sinning (02.07.2012 - 10.08.2012)
  • Khadija El Amrani (01.04.2012 - 30.06.2012)
  • Christin Schewe (31.01.2011 - 25.03.2011)



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Ehemalige Mitarbeiter

  • Bettina Johannes (Studentische Mitarbeiterin: 11.2015 - 05.2017)
  • Florian Heyl, B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik (Praktikant: 27.01.2014 - 07.03.2014 & 15.07.2013 - 20.09.2013, Bachelorarbeit: 17.03.2014 - 02.06.2014, Studentischer Mitarbeiter: 11.2015 - 04.2016)
  • Jekaterina Kokatjuhha, B. Sc. Bioinformatik (Studentische Mitarbeiterin: 10.2012 - 08.2015, Bachelorarbeit: 19.06.2013 - 28.08.2013)
  • Khadija El Amrani, B. Sc. Bioinformatik (Studentische Mitarbeiterin: 04.2012 - 08.2012)