Mitarbeiter Employee
PD Dr. med. habil. Thomas Häupl
Arbeitsgruppenleiter
Ausbildung
1990 - 1993
Graduiertenstipendiat an der Universität Erlangen-Nürnberg in der medizinischen Klinik für Rheumatologie und klinische Immunologie im Graduiertenkolleg "Immunologische Mechanismen der Infektion, Inflammation und Autoimmunität"
1984 - 1990
Studium der Humanmedizin an der Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg
Beruflicher Werdegang
Seit 2006
Mitgründer und Geschäftsführer der BioRetis GmbH (Nebentätigkeit)
Seit 2004
Regine von Ramin-Labor - Core-Facility für Transkriptom-Untersuchungen - Gemeinschaftliche Leitung mit Dr. A. Grützkau und Dr. B. Stuhlmüller
2000 - 2007
Beratende Tätigkeit für TransTissue Technologies GmbH als Leiter für klinische Forschung (Nebentätigkeit)
Seit 2000
Wissenschaftlicher Assistent und Forschungskoordinator an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
- Analyse von Microarray Genexpressiondaten aus Affymetrix-basierten Untersuchungen bei rheumatischen Erkrankungen
- Analyse von hochdimensionalen Zytometriedaten aus durchflusszytometrischen und massenspektrometrischen Zelluntersuchungen
- Analyse von Mikrobiom-Sequenzdaten aus Typisierungssequenzierungen (Zusammenhänge zwischen RA und dem Darm-Mikrobiom)
- Entwicklung von Software/Datenbanken zur Erhebung von Daten in klinischen Studien und DNA-Array-Analysen
- Entwicklung von neuen Algorithmen zur Erschließung funktioneller Netzwerke
- Management von Biobanken
- Regulatorische Mechanisms der Gelenk-Homöostase
- Molekulare Wirkungsmechanismen von Immunsuppressiva
- Mesenchymale Stammzellen, Gewebedifferenzierung und regenerative Therapieansätze
- Betreuung von Praktikanten, Bachelor- & Masterarbeiten
1995 - 2000
Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
1993 - 1995
Postdoktorand an der Columbia University, Dept. of Pediatrics, Div. of Autoimmunity and Molecular Diseases, gefördert von der Walter-Marget Vereinigung und der DFG
- Differentielle Genexpression bei Synovitis
Wissenschaftlicher Werdegang
2013
Facharzt für Innere Medizin
2009
Habilitation: "Microarrays zur Erforschung rheumatischer Erkrankungen: Vom Einzelmarker zur systembiologischen Betrachtung"
1994
Dissertation (Dr. med.): "Veränderte Immunantwort oder Evasion: die Lyme Borreliose als Modell für chronisch-persistierende Arthritiden"
Wissenschaftliche Preise/Funktionen
1999
Avrion-Mitchison-Preis für Rheuma-Forschung
1997-1999
Forschungsförderung durch die Sandoz Stiftung für Therapeutische Forschung
1994-1995
Stipendium der Deutschen Forschungsgemeinschaft
1993-1994
Stipendium der "Walter-Marget-Vereinigung zur Förderung der Infektiologie"
1992
Bruno-Schuler-Preis der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie
1991-1993
Stipendium der Deutschen Forschungsgemeinschaft
Mitglied bei
Publikationen 2020
Scherer HU, Häupl T, Burmester GR.
The etiology of rheumatoid arthritis.
J Autoimmun. (2020) PMID: 31980337
Publikationen 2019
Glimm AM, Sprenger LI, Haugen IK, Mansmann U, Hermann S, Häupl T, Hoff P, Burmester GR, Backhaus M, Le L, Ohrndorf S.
Fluorescence optical imaging for treatment monitoring in patients with early and active rheumatoid arthritis in a 1-year follow-up period.
Arthritis Res Ther. (2019) PMID: 31533820
Toldi G, Batel P, Baráth S, Szerémy P, Apjok A, Filkor K, Szántó S, Szűcs G, Szamosi S, Häupl T, Grützkau A, Szekanecz Z.
Peripheral Lymphocyte Multidrug Resistance Activity as a Predictive Tool of Biological Therapeutic Response in Rheumatoid Arthritis.
J Rheumatol. (2019) PMID: 30709954
Publikationen 2018
Schulte-Wrede U, Sörensen T, Grün JR, Häupl T, Hirseland H, Steinbrich-Zöllner M, Wu P, Radbruch A, Poddubnyy D, Sieper J, Syrbe U, Grützkau A.
An explorative study on deep profiling of peripheral leukocytes to identify predictors for responsiveness to anti-tumour necrosis factor alpha therapies in ankylosing spondylitis: natural killer cells in focus.
Arthritis Res Ther. (2018) PMID: 30157966
Ammari M, Presumey J, Ponsolles C, Roussignol G, Roubert C, Escriou V, Toupet K, Mausset-Bonnefont AL, Cren M, Robin M, Georgel P, Nehmar R, Taams L, Grün JR, Grützkau A, Häupl T, Pers YM, Jorgensen C, Duroux-Richard I, Courties G, Apparailly F.
Delivery of miR-146a to Ly6Chigh Monocytes Inhibits Pathogenic Bone Erosion in Inflammatory Arthritis.
Theranostics. (2018) PMID: 30613275
Häupl T, Skapenko A, Hoppe B, Skriner K, Burkhardt H, Poddubnyy D, Ohrndorf S, Sewerin P, Mansmann U, Stuhlmüller B, Schulze-Koops H, Burmester GR.
Biomarkers and imaging for diagnosis and stratification of rheumatoid arthritis and spondylarthritis in the BMBF consortium ArthroMark.
Z Rheumatol. (2018) PMID: 29691690
Popadić D, Heßelbach K, Richter-Brockmann S, Kim GJ, Flemming S, Schmidt-Heck W, Häupl T, Bonin-Andresen M, Dornhof R, Achten C, Günther S, Humar M, Merfort I.
Gene expression profiling of human bronchial epithelial cells exposed to fine particulate matter (PM2.5) from biomass combustion.
Toxicol Appl Pharmacol. (2018) PMID: 29596927
Schwedler C, Häupl T, Kalus U, Blanchard V, Burmester GR, Poddubnyy D, Hoppe B.
Hypogalactosylation of immunoglobulin G in rheumatoid arthritis: relationship to HLA-DRB1 shared epitope, anticitrullinated protein antibodies, rheumatoid factor, and correlation with inflammatory activity.
Arthritis Res Ther. (2018) PMID: 29540200
Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Relevance of big data for molecular diagnostics.
Z Rheumatol. (2018) PMID: 29520680
Burmester GR, Häupl T.
Big data-also relevant in rheumatology?
Z Rheumatol. (2018) PMID: 29619762
Publikationen 2017
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Grün JR, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Schulte-Wrede U, Sörensen T, Kyogoku C, Bruns A, Hermann S, Ohrndorf S, Aupperle K, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Monocyte alterations in rheumatoid arthritis are dominated by preterm release from bone marrow and prominent triggering in the joint.
Ann Rheum Dis. (2017) PMID: 29191820
Smiljanovic B, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Comment on "Single cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes and progenitors."
(2017) Link
Heßelbach K, Kim GJ, Flemming S, Häupl T, Bonin-Andresen M, Dornhof R, Günther S, Merfort I, Humar M.
Disease relevant modifications of the methylome and transcriptome by particulate matter (PM2.5) from biomass combustion.
Epigenetics (2017) PMID: 28742980
Krenn V, Perino G, Rüther W, Krenn VT, Huber M, Hügle T, Najm A, Müller S, Boettner F, Pessler F, Waldstein W, Kriegsmann J, Casadonte R, Häupl T, Wienert S, Krukemeyer MG, Sesselmann S, Sunitsch S, Tikhilov R, Morawietz L.
15 years of the histopathological synovitis score, further development and review: A diagnostic score for rheumatology and orthopaedics.
Pathol Res Pract. (2017) PMID: 28687159
Stich S, Loch A, Park SJ, Häupl T, Ringe J, Sittinger M.
Characterization of single cell derived cultures of periosteal progenitor cells to ensure the cell quality for clinical application.
PLoS One (2017) PMID: 28562645
Krenn V, Perino G, Rüther W, Krenn VT, Huber M, Hügle T, Najm A, Müller S, Boettner F, Pessler F, Waldstein W, Kriegsmann J, Häupl T, Wienert S, Krukemeyer MG, Sesselmann S, Tikhilov R, Morawietz L.
Fifteen years of the histopathological synovitis score: Review and further developments of a diagnostic score.
Z Rheumatol. (2017) PMID: 28470440
Latsoudis H, Mashreghi MF, Grün JR, Chang HD, Stuhlmüller B, Repa A, Gergiannaki I, Kabouraki E, Vlachos GS, Häupl T, Radbruch A, Sidiropoulos P, Doukoumetzidis K, Kardassis D, Niewold TB, Boumpas DT, Goulielmos GN.
Differential Expression of miR-4520a Associated With Pyrin Mutations in Familial Mediterranean Fever (FMF).
J Cell Physiol. (2017) PMID: 27636101
Strauß R, Rose T, Flint SM, Klotsche J, Häupl T, Peck-Radosavljevic M, Yoshida T, Kyogoku C, Flechsig A, Becker AM, Dao KH, Radbruch A, Burmester GR, Lyons PA, Davis LS, Hiepe F, Grützkau A, Biesen R.
Type I interferon as a biomarker in autoimmunity and viral infection: a leukocyte subset-specific analysis unveils hidden diagnostic options.
J Mol Med. (2017) PMID: 28357476
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling.
Ann Rheum Dis. (2017) Link
Publikationen 2016
Duroux-Richard I, Roubert C, Ammari M, Présumey J, Grün JR, Häupl T, Grützkau A, Lecellier CH, Boitez V, Codogno P, Escoubet J, Pers YM, Jorgensen C, Apparailly F.
miR-125b controls monocyte adaptation to inflammation through mitochondrial metabolism and dynamics.
Blood (2016) PMID: 27702798
Latsoudis H, Mashreghi MF, Grün JR, Chang HD, Stuhlmüller B, Repa A, Gergiannaki I, Kabouraki E, Häupl T, Radbruch A, Sidiropoulos P, Kardassis D, Boumpas DT, Goulielmos GN.
Differential Expression of miR-4520a Associated with Pyrin Mutations Suggesting a Role of Autophagy in Familial Mediterranean Fever (FMF).
J Cell Physiol. (2016) PMID: 27636101
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Winchester RJ, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by expression of HLA-DRB4 alleles identifies differential innate and adaptive immune transcriptional patterns - A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
Clin Immunol. (2016) PMID: 27570220
Strehl C, Schellmann S, Maurizi L, Hofmann-Amtenbrink M, Häupl T, Hofmann H, Buttgereit F, Gaber T.
Effects of PVA-coated nanoparticles on human T helper cell activity.
Toxicol Lett. (2016) PMID: 26774940
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus M, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum.
Ann Rheum Dis. (2016) Link
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust based analysis of cytometric profiles reveals immunophenotypic changes in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis.
Ann Rheum Dis. (2016) Link
Publikationen 2015
Stuhlmüller B, Skriner K, Häupl T.
Biomarkers for prognosis of response to anti-TNF therapy of rheumatoid arthritis: Where do we stand?
Z Rheumatol. (2015) PMID: 26347122
Strehl C, Gaber T, Maurizi L, Hahne M, Rauch R, Hoff P, Häupl T, Hofmann-Amtenbrink M, Poole AR, Hofmann H, Buttgereit F.
Effects of PVA coated nanoparticles on human immune cells.
Int J Nanomedicine. (2015) PMID: 26056442
Sörensen T, Baumgart S, Durek P, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust-An automated analysis pipeline for the identification of immunophenotypic signatures in high-dimensional cytometric datasets.
Cytometry A. (2015) PMID: 25850678
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum.
Ann Rheum Dis. (2015) Link
Publikationen 2014
Haftmann C, Stittrich AB, Zimmermann J, Fang Z, Hradilkova K, Bardua M, Westendorf K, Heinz GA, Riedel R, Siede J, Lehmann K, Weinberger EE, Zimmel D, Lauer U, Häupl T, Sieper J, Backhaus M, Neumann C, Hoffmann U, Porstner M, Chen W, Grün JR, Baumgrass R, Matz M, Löhning M, Scheffold A, Wittmann J, Chang HD, Rajewsky N, Jäck HM, Radbruch A, Mashreghi MF.
miR-148a is upregulated by Twist1 and T-bet and promotes Th1-cell survival by regulating the proapoptotic gene Bim.
Eur J Immunol. (2014) PMID: 25486906
Häupl T, Zimmermann M, Kalus U, Yürek S, Koscielny J, Hoppe B.
Angiotensin converting enzyme intron 16 insertion/deletion genotype is associated with plasma C-reactive protein concentration in uteroplacental dysfunction.
J Renin Angiotensin Aldosterone Syst. (2014) PMID: 25155623
Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Bhattarai S, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
Upregulation of Immunoproteasome Subunits in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8 T-Cells and IFNγ.
PLoS One (2014) PMID: 25098831
Kupfer P, Huber R, Weber M, Vlaic S, Häupl T, Koczan D, Guthke R, Kinne RW.
Novel application of multi-stimuli network inference to synovial fibroblasts of rheumatoid arthritis patients.
BMC Med Genomics (2014) PMID: 24989895
Woetzel D, Huber R, Kupfer P, Pohlers D, Pfaff M, Driesch D, Häupl T, Koczan D, Stiehl P, Guthke R, Kinne RW.
Identification of rheumatoid arthritis and osteoarthritis patients by transcriptome-based rule set generation.
Arthritis Res Ther. (2014) PMID: 24690414
Stuhlmüller B, Häupl T, Burmester GR, Kinne RW.
Prerequisites to Define and to Validate Therapy-Predicitive Blood Biomarkers.
(2014) Link
Bonin M, Kokatjuhha J, Mans K, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
Identification of geneexpression networks in different immunological states.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Bonin M, Weidel L, Schendel P, Mans K, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoud arthritis.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Duroux-Richard I, Roubert C, Ammari M, Présumey J, Grün JR, Häupl T, Grützkau A, Lecellier CH, Jorgensen C, Apparailly F.
MIR-125B controls mitochondrial functions and dynamics in monocytes.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Schulte-Wrede U, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A.
T helper lymphocytes and monocytes as biosensors of type I interferon responses in viral infection and autoimmunity.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Publikationen 2013
Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Biesen R, Schulte-Wrede U, Häupl T, Hiepe F, Alexander T, Radbruch A, Grützkau A.
Cell-specific type I IFN signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference?
PLoS One. (2013) PMID: 24391825
Ullah M, Stich S, Häupl T, Eucker J, Sittinger M, Ringe J.
Reverse differentiation as a gene filtering tool in genome expression profiling of adipogenesis for fat marker gene selection and their analysis.
PLoS One. (2013) PMID: 23922792
Cobb JE, Plant D, Flynn E, Tadjeddine M, Dieudé P, Cornélis F, Arlestig L, Dahlqvist SR, Goulielmos G, Boumpas DT, Sidiropoulos P, Krintel SB, Ornbjerg LM, Hetland ML, Klareskog L, Häupl T, Filer A, Buckley CD, Raza K, Witte T, Schmidt RE, Fitzgerald O, Veale D, Eyre S, Worthington J.
Identification of the tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2 as a rheumatoid arthritis susceptibility locus in europeans.
PLoS One. (2013) PMID: 23840476
Stuhlmüller B, Feist E, Häupl T, Burmester GR, Pipitone N.
New aspects on the pathogenesis of myositis.
Z Rheumatol. (2013) PMID: 23515563
Weix J, Häupl T, Raio L, Villiger PM, Förger F.
The physiologic increase in expression of some type I IFN-inducible genes during pregnancy is not associated with improved disease activity in pregnant patients with rheumatoid arthritis.
Transl Res. (2013) PMID: 23507374
Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T.
Combined Analysis of Epigenetic and Transcriptional Profiles in Different Immune Cells Identifies Hot Spots of Gene Regulation by DNA Methylation.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative Transcriptome Analysis of Human and Mouse Synovial Fibroblast Responses to TNF.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Synovial Tissue Transcriptome and Synovial Fluid Proteome have Stronger Discriminatory Power than Serum in Dissecting Inflammation in RA.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated and Standardised Analysis for High Dimensional Cytometric Data Provides New Options for Complex Cell-Associated Biomarker Screening.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A.
Cell-specific type I Interferon signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference?.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Dissecting disease-specific differences in RA and OA by transcriptome analyses of synovial tissue, blood and bone marrow monocytes.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Scherer HU, Burmester GR, Häupl T.
Biomarkers and personalized medicine.
Z Rheumatol. (2013) PMID: 23223890
Publikationen 2012
Hassert R, Pagel M, Ming Z, Häupl T, Abel B, Braun K, Wiessler M, Beck-Sickinger AG.
Biocompatible Silicon Surfaces through Orthogonal Click Chemistries and a High Affinity Silicon Oxide Binding Peptide.
Bioconjug Chem. (2012) PMID: 22989005
Smiljanovic B, Grün JR, Biesen R, Schulte-Wrede U, Baumgrass R, Stuhlmüller B, Maslinski W, Hiepe F, Burmester GR, Radbruch A, Häupl T, Grützkau A.
The multifaceted balance of TNFα and type I/II interferon responses in SLE and RA: how monocytes manage the impact of cytokines.
J Mol Med. (2012) PMID: 22610275
Häupl T, Appel H, Backhaus M, Burkhardt H, Grünke M, Grützkau A, Hoppe B, Listing J, Ostendorf B, Rudwaleit M, Sieper J, Skapenko A, Skriner K, Sörensen T, Stuhlmüller B, Zink A, Schulze-Koops H, Burmester GR.
Biomarkers in rheumatology: Biomarkers and imaging for the diagnosis and stratification of rheumatoid arthritis and spondylarthritis in the ArthroMark network funded by the Federal Ministry of Education and Research.
Z Rheumatol. (2012) PMID: 22546912
Kruger JP, Endres M, Neumann K, Stuhlmuller B, Morawietz L, Häupl T, Kaps C.
Chondrogenic differentiation of human subchondral progenitor cells is affected by synovial fluid from donors with osteoarthritis or rheumatoid arthritis.
J Orthop Surg Res. (2012) PMID: 22414301
Jullien N, Maudinet A, Leloutre B, Ringe J, Häupl T, Marie PJ.
Downregulation of ErbB3 By Wnt3a Contributes to Wnt-induced osteoblast differentiation in mesenchymal cells.
J Cell Biochem. (2012) PMID: 22274864
Hoppe B, Häupl T, Skapenko A, Ziemer S, Tauber R, Salama A, Schulze-Koops H, Burmester GR, Dörner T.
Fibrinogen and factor XIII A-subunit genotypes interactively influence C-reactive protein levels during inflammation.
Ann Rheum Dis. (2012) PMID: 22267327
Weix J, Förger F, Häupl T, Surbek D, Ostensen M, Villiger PM.
Influence of pregnancy on the adipocytokine and PPAR pathways in peripheral blood mononuclear cells of healthy donors and RA patients.
Arthritis Rheum. (2012) PMID: 22231457
Publikationen 2011
Hoppe B, Burmester GR, Häupl T.
Prothrombin 20210G>A genotype and C-reactive protein level.
Blood. (2011) PMID: 22021457
Biesen R, Häupl T.
DNA Microarrays.
Z Rheumatol. (2011) PMID: 21956826
Menssen A, Häupl T, Sittinger M, Delorme B, Charbord P, Ringe J.
Differential gene expression profiling of human bone marrow-derived mesenchymal stem cells during adipogenic development.
BMC Genomics (2011) PMID: 21943323
Bal G, Kamhieh-Milz J, Futschik M, Häupl T, Salama A, Moldenhauer A.
Transcriptional profiling of the hematopoietic support of interleukin-stimulated human umbilical vein endothelial cells (HUVECs).
Cell Transplant. (2011) PMID: 21669038
Scheel T, Gursche A, Zacher J, Häupl T, Berek C.
V-region gene analysis of locally defined synovial B and plasma cells reveals selected B cell expansion and accumulation of plasma cell clones in rheumatoid arthritis.
Arthritis Rheum. (2011) PMID: 20882667
Publikationen 2010
Shahab-Osterloh S, Witte F, Hoffmann A, Winkel A, Laggies S, Neumann B, Seiffart V, Lindenmaier W, Gruber AD, Ringe J, Häupl T, Thorey F, Willbold E, Corbeau P, Gross G.
Mesenchymal stem cell-dependent formation of heterotopic tendon-bone insertions (osteotendinous junctions).
Stem Cells. (2010) PMID: 20882636
Slansky E, Li J, Häupl T, Morawietz L, Krenn V, Pessler F.
Quantitative determination of the diagnostic accuracy of the synovitis score and its components.
Histopathology. (2010) PMID: 20840673
Endres M, Andreas K, Kalwitz G, Freymann U, Neumann K, Ringe J, Sittinger M, Häupl T, Kaps C.
Chemokine profile of synovial fluid from normal, osteoarthritis and rheumatoid arthritis patients: CCL25, CXCL10 and XCL1 recruit human subchondral mesenchymal progenitor cells.
Osteoarthritis Cartilage. (2010) PMID: 20709179
Smiljanovic B, Grün JR, Steinbrich-Zöllner M, Stuhlmüller B, Häupl T, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Baumgrass R.
Defining TNFα- and LPS-induced gene signatures in monocytes to unravel the complexity of peripheral blood transcriptomes in health and disease.
J Mol Med. (2010) PMID: 20640394
Kaltz N, Ringe J, Holzwarth C, Charbord P, Niemeyer M, Jacobs VR, Peschel C, Häupl T, Oostendorp RA.
Novel markers of mesenchymal stem cells defined by genome-wide gene expression analysis of stromal cells from different sources.
Exp Cell Res. (2010) PMID: 20599957
Hamidouche Z, Fromigué O, Ringe J, Häupl T, Marie PJ.
Crosstalks between integrin alpha 5 and IGF2/IGFBP2 signalling trigger human bone marrow-derived mesenchymal stromal osteogenic differentiation.
BMC Cell Biol. (2010) PMID: 20573191
Göhring AR, Lübke C, Andreas K, Kaps C, Häupl T, Pruss A, Perka C, Sittinger M, Ringe J.
Tissue-engineered cartilage of porcine and human origin as in vitro test system in arthritis research.
Biotechnol Prog. (2010) PMID: 20306542
Charbord P, Livne E, Gross G, Häupl T, Neves NM, Marie P, Bianco P, Jorgensen C.
Human Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells: A Systematic Reappraisal Via the Genostem Experience.
Stem Cell Rev. (2010) PMID: 20198518
Scherer HU, van der Woude D, Ioan-Facsinay A, El Bannoudi H, Trouw LA, Koeleman CA, Wang J, Häupl T, Burmester GR, Deelder AM, Huizinga TW, Wuhrer M, Toes RE.
Glycan profiling of anti-citrullinated protein antibodies (ACPA) isolated from human serum and synovial fluid.
Arthritis Rheum. (2010) PMID: 20178128
Miraoui H, Ringe J, Häupl T, Marie PJ.
Increased EFG- and PDGFalpha-receptor signaling by mutant FGF-receptor 2 contributes to osteoblast dysfunction in Apert craniosynostosis.
Hum Mol Genet. (2010) PMID: 20124286
Häupl T, Stuhlmüller B, Grützkau A, Radbruch A, Burmester GR.
Does gene expression analysis inform us in rheumatoid arthritis?
Ann Rheum Dis. (2010) PMID: 19995742
Stuhlmüller B, Häupl T, Hernandez MM, Grützkau A, Kuban RJ, Tandon N, Voss JW, Salfeld J, Kinne RW, Burmester GR.
CD11c as a transcriptional biomarker to predict response to anti-TNF monotherapy with adalimumab in patients with rheumatoid arthritis.
Clin Pharmacol Ther. (2010) PMID: 20032971
Publikationen 2009
Krüger JP, Endres M, Neumann K, Häupl T, Erggelet C, Kaps C.
Chondrogenic differentiation of human subchondral progenitor cells is impaired by rheumatoid arthritis synovial fluid.
J Orthop Res. (2009) PMID: 20041492
Feron F, Delorme B, Nivet E, Gaillard J, Häupl T, Ringe J, Deveze A, Magnan J, Sohier J, Khrestchatisky M, Roman F, Charbord P, Sensebé L, Layrolle P.
The human nose harbours a niche of olfactory ecto-mesenchymal stem cells displaying neurogenic and osteogenic properties.
Stem Cells Dev. (2009) PMID: 19905894
Gaber T, Häupl T, Sandig G, Tykwinska K, Fangradt M, Tschirschmann M, Hahne M, Dziurla R, Erekul K, Lautenbach M, Kolar P, Burmester GR, Buttgereit F.
Adaptation of human CD4+ T cells to pathophysiological hypoxia: a transcriptome analysis.
J Rheumatol. (2009) PMID: 19884271
Hamidouche Z, Fromigué O, Ringe J, Häupl T, Vaudin P, Pagès JC, Srouji S, Livne E, Marie PJ.
Priming integrin alpha5 promotes human mesenchymal stromal cell osteoblast differentiation and osteogenesis.
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Chakraborty T, Ruocco I, Hossain H, Adler H, Autenrieth I, Bohn E, Burmester GR, Dingel S, Ehlers S, Häupl T, Hoffmann WH, Horstmann R, Jacobsen M, Keller C, Lang R, Meyer CG, Radbruch A, Schubert U, Seeger W, Wagner H.
Springende Erreger und Entzündungen ohne Infektion - Das Infektions- und Entzündungsnetzwerk im Nationalen Genomforschungsnetz (NGFN) / übertragbare Krankheiten mit dramatischen Folgen/Analyse von Entzündungsreaktionen für neue Heilungsstrategien.
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Abstract/Poster 2019 Abstract/Poster 2019
18. Deutscher Kongress für Versorgungsforschung 2019
Das Konzept „Monument“ für Patienten mit Rheumatoider Arthritis: ePatienten-Empowerment für verbessertes klinisches und Patienten-Outcome in digitalen Gesundheitsnetzwerken.
Sinha M, Bonin-Andresen M, Sörensen T, Feist E, Michalsen A, Kinnen S, Reichenbach F, Häupl T.
(Abstract)
EULAR 2019
TNF inhibition in rheumatoid arthritis responders to Certolizumab-Pegol reduces lymphocyte recruitment from blood while monocyte turnover remains increased.
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schendel P, Johannes S, Skriner K, Backhaus M, Pade S, Schmittat G, Hermann S, Ohrndorf S, Stuhlmüller B, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T.
(Abstract)
CYTO 2019
Sörensen T, Schendel P, Baumgart S, Grützkau A, Mei HE, Glatzel V, Worm M, Heine G, Häupl T.
A Statistical Approach of Estimating the Number of Clusters in SOM-clustering for CyTOF Data.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2018 Abstract/Poster 2018
17. Deutscher Kongress für Versorgungsforschung 2018
Häupl T, Sinha M, Bonin-Andresen M, Sörensen T, Smiljanovic B, Steckhan N, Burmester GR, Stuhlmüller B, Grützkau A, Michalsen A.
Patienten-Empowerment durch MoNuMENT.
(Abstract /
Poster)
EULAR 2018
Häupl T, Sörensen T, Boyer M, Scheder-Bieschin J, Smiljanovic B, Steckhan N, Burmester GR, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grützkau A, Michalsen A.
Reduction of monocyte activation by bowel cleanse and one week fasting suggests permanent pathogenetic triggering from the gut in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Jahrestreffen des BMBF-Forschungsnetzes „Muskuloskelettale Erkrankungen“ 2018
Bonin-Andresen M, Sörensen T, Smiljanovic B, Johannes S, Schendel P, Stuhlmüller B, Häupl T.
SP 6 - Bioinformatics and data integration.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Radbruch A, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T.
SP 2 - Protein based biomarkers in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Glimm AM, Sprenger LI, Mansmann U, Hermann S, Häupl T, Burmester GR, Backhaus M, Le L, Ohrndorf S.
SP 7 - Fluorescence optical imaging for treatment monitoring in patients with early and active rheumatoid arthritis in 1-year follow up.
(Abstract /
Poster)
CYTO 2018
Baumgart S, Glatzel V, Sörensen T, Häupl T, Mei HE, Worm M, Grützkau A, Heine G.
High-dimensional immune cell profiling in atopic dermatitis: more than a Th2 response?
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2017 Abstract/Poster 2017
37th European Workshop for Rheumatology Research 2017
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2016 Abstracts/Posters 2016
31th German Conference on Bioinformatics 2016
Bonin-Andresen M, Johannes S, Schendel P, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T.
BioRetis - An online tool to analyse geneexpression profiles, miRNA data, DNA methylation and NGS data.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Burmester GR, Grützkau A, Häupl T.
Gene expression profiling and cytometry analysis from bone marrow monocytes, blood and synovial fluid from rheumatoid and osteoarthritis patients.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust - An automated pipeline to analyse cytometric profiles in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression - A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
44 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2016
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Radbruch A, Burmester GR, Maslinskim W, Grützkau A, Häupl T.
Bone marrow and blood monocytes from rheumatoid arthritis patients show premature transcriptomes and reveal incremental inflammatory activation from bone marrow to blood and joint.
(Abstract /
Poster)
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies differential innate and adaptive immune patterns – A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
ESCI 2016
Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Maslinski W, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Patterns of prematurity and stepwise increasing inflammation from bone marrow via blood to synovial fluid indicate enhanced production and peripheral triggering of monocytes in rheumatoid arthritis.
(Abstract)
Jahrestreffen des BMBF-Forschungsnetzes „Muskuloskelettale Erkrankungen“ 2016
Bonin-Andresen M, Heyl F, Kokatjuhha J, Stuhlmüller B, Häupl T.
SP 8 & SP 6 - Biobanking & Bioinformatics and data integration.
(Poster)
EULAR 2016
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies innate and adaptive immune patterns as differential predictors of response to methotrexate in rheumatoid arthritis – A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
36th European Workshop for Rheumatology Research 2016
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust based analysis of cytometric profiles reveals immunophenotypic changes in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2015 Abstracts/Posters 2015
43 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2015
Häupl T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A.
Neue Methoden zur Identifizierung und Analyse von Biomarkern.
(Abstract)
30th Congress of the International Society for Advancement of Cytometry 2015
Sörensen T, Baumgart S, Durek P, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust - an Automated Pipeline for Population Detection in Flow Cytometry
(Abstract)
35th European Workshop for Rheumatology Research 2015
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2014 Abstracts/Posters 2014
29th German Conference on Bioinformatics 2014
Bonin M, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes S, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Häupl T.
Identification of co-expression networks of inflammatory response in immune cells.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Kokatjuhha J, Johannes S, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
A generic online database for clinical data collection.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Ziska I, Kokatjuhha J, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T.
Comparative analysis between rheumatoid arthritis and arthritis model: study of the functional components in expression profiles of synovitis.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Schendel P, Mans K, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes J, Ziska I, Smiljanovic B, Sörensen T, B. Stuhlmüller, Häupl T.
Prediction for successful treatment of methotrexate in rheumatoid arthritis with mrna and mirna microarraydata.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Johannes S, Flemming S, Grützkau A, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
Development of a database for combined analysis of dna methylation and transcriptional profiles in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
42 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2014
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Grützkau A, Häupl T.
Biomarker strategies based on cytometric profiling advance towards new standards of automated analysis.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Kokatjuhha J, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
HumanResearchDB - a generic online database to design individual electronic case report forms.
(Abstract /
Poster)
Mans K, Bonin M, Häupl T, Smiljanovic B, Tandon N, Detert J, Listing J, Naumann T, Burmester GR, Stuhlmüller B.
Prediction of Response to methotrexate Treatment in RA using mRNA and miRNA biomarkers.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin M, Maslinski W, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The role of cell- and tissue-specific transcriptomes in biomarker discovery; from synovial tissue through blood up to bone marrow in revealing the systemic nature of rheumatoid arthritis.
(Abstract)
EULAR 2014
Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
Upregulation of immunoproteasome subunits PSMB8 and PSMB99 in Myositis indicates active inflammation with involvement of antigen presenting cells, CD8+ T-Cells and IFN gamma.
(Abstract)
34th European Workshop for Rheumatology Research 2014
Bonin M, Kokatjuhha J, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
Identification of geneexpression networks in different immunological states.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Weidel L, Schendel P, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Ghannam KM, Martinez Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma.
(Abstract)
Duroux-Richard I, Roubert C, Ammari M, Présumey J, Grün JR, Häupl T, Grützkau A, Lecellier CH, Jorgensen C, Apparailly F.
MIR-125B controls mitochondrial functions and dynamics in monocytes.
(Abstract)
Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Schulte-Wrede U, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A.
T helper lymphocytes and monocytes as biosensors of type I interferon responses in viral infection and autoimmunity.
(Abstract)
Abstracts/Poster 2013 Abstracts/Posters 2013
41 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2013
Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T.
Combined analysis of DNA-methylation and transcription profiles in different immune cells identifies hot spots of gene regulation by DNA methylation.
(Abstract /
Poster)
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated analysis for multiparameter flow cytometry provides new options for biomarker screenin.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood.
(Abstract /
Poster)
BeTheCure 2013
Bonin M, Sörensen T, Smiljanovic B, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A, Häupl T.
Transcriptome comparison between human and mouse in arthritis.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated analysis of cytometric profiles of synovial fluid and peripheral blood in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
28th German Conference on Bioinformatics 2013
Bonin M, Heyl F, Ziska I, Ickler L, Sinning D, Kokatjuhha J, Häupl T.
BAM - A tool for basic analysis of microarray data.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Kokatjuhha J, Flemming S, Smiljanovic B, Grützkau A, Sörensen T, Häupl T.
Identification of gene co-expression networks associated with different cellular and immunological states.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Weidel L, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
Automated combined analysis of DNA methylation and transcription profiles in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Peter S, Mans K, Sohnrey C, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B.
Prediction of Methotrexate Treatment Response in Rheumatoid Arthritis via Affymetrix miRNA Microarray Profiling.
(Abstract /
Poster)
Flemming S, Bohleber S, Häupl T, Günther S.
Network Of Silence.
(Poster)
33th European Workshop for Rheumatology Research 2013
Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T.
Combined analysis of epigenetic and transcriptional profiles in different immune cells identifies hot spots of gene regulation by DNA methylation.
(Abstract /
Poster)
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF.
(Abstract /
Poster)
Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A.
Cell-specific type I Interferon signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference?
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmueller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Synovial tissue transcriptome and synovial fluid proteome have stronger discriminatory power than serum in dissecting inflammation in Rheumatoid Arthritis.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Dissecting disease-specific differences in RA and OA by transcriptome analyses of synovial tissue, blood and bone marrow monocytes.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated and standardized analysis for high dimensional cytometric data provides new options for complex cell-associated biomarker screening!
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2011 Abstracts/Posters 2011
26th German Conference on Bioinformatics 2011
Haase U, Bonin M, Flemming S, Buttgereit F, Sörensen T, Häupl T.
A clinical database for networking in multicenter studies.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Automated and Standardized Clustering of Flow Cytometry Data.
(Abstract /
Poster)
Flemming S, Grüning BA, Häupl T, Günther S.
A framework for analysis of DNA methylation data.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2010 Abstract/Poster 2010
25th German Conference on Bioinformatics 2010
Bonin M, Flemming S, Haase U, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Identification of co-expression networks by comparison of a multitude of different functional states of genome activity.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2005 Abstracts/Posters 2005
19th NGFN Meeting 2005
Häupl T, Grützkau A, Grün JR, Bonin M, Stuhlmüller B, Rohrlach T, Kaps C, Rudwaleit M, Morawietz L, Gursche A, Zacher J, Krenn V, Burmester GR, Radbruch A.
Dissection of expression profiles into functional components: a strategy to identify the pieces in the puzzle of systems biology.
(Abstract)
Skriner K, Konthur Z, Häupl T, Adolph K, Burguera G, Sternjak A, Förster A, Lehrach H, Hollidt JM, Burmester GR.
Immunomics in inflammatory rheumatic diseases.
(Abstract)
Grützkau A, Grün JR, Stuhlmüller B, Rudwaleit M, Sieper J, Gerstmayer B, Baumgrass R, Mahr S, Müller-Hilke B, Janitz M, Burmester GR, Häupl T, Radbruch A.
The transcriptome of monocytes reveals disease-specific alterations in chronic inflammatory rheumatic diseases.
(Abstract)
Podtschaske M, Hoefer T, Lamottke B, Niesner U, Grün JR, Häupl T, Burmester GR, Radbruch A, Baumgrass R.
Immediate early gene expression of Il-2 producing and nonproducing cells reflects the cell fate decision of stimulated human T cells.
(Abstract)
Abstracts/Poster Sonstiges Abstracts/Posters Sonstiges
Sonstiges
Weidel L, Bonin M, Schrader T, Häupl T.
Kombinierte Analyse von DNA-Methylierung und Transkriptions-Profilen in verschiedenen Immunzellen.
(Abstract /
Poster)
Flemming S, Häupl T, Günther S.
Epigenetics and Cell Differentiation - From Naive to Antigen-Experienced Immune Cells.
(Poster)
Mans K, Tandon N, Sohnrey C, Pade S, Bolle SL, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B.
Microarray Gene Expression Profiling of Rheumatoid Arthritis Patients for Prediction of Response to Methotrexate Treatment.
(Poster)
Sohnrey C, Tandon N, Mans K, Pade S, Bolle SL, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B.
Prediction of Methotrexate Treatment Response in Rheumatoid Arthritis via miRNA Microarray Profiling.
(Poster)
Flemming S, Grützkau A, Bonin M, Häupl T, Günther S.
The Code Of Silence - Epigenetics And Development Of Immune Cells.
(Poster)
Flemming S, Grüning BA, Bohleber S, Häupl T, Günther S.
Rhythm of Epigenetics Dancing to the Bead of DNA Methylation
(Poster)
Flemming S, Grüning BA, Grützkau A, Häupl T, Günther S.
The Impact of DNA Methylation on Cellular Differentiation of Immune Cells.
(Poster)
Häupl T, Menßen A, Edinger G, Grün JR, Grützkau A, Radbruch A, Burmester GR.
SiPaGene: An integrative database for complex analysis and sharing of Affymetrix gene expression data.
(Poster)
Bonin M, Grützkau A, Kaps C, Häupl T.
Ein mathematisches Modell für Arrayanalysen zur Identifizierung von Genregulationen in Proben mit variabler zellulärer Zusammensetzung.
(Abstract /
Poster)
Einführung in den Unterricht am Krankenbett (UaK)
Modul M17 (MSM2) - Systemische Störungen als Krankheitsmodell - Modellstudiengang Medizin der Charité - Universitätsmedizin Berlin
(SommerSemester 2017)
Zeit
- Montag, 24.04.2017 von 10:00 bis 13:00
Pathogenese und Klinik von Autoimmunerkrankungen
Modul M17 (MSM2) - Systemische Störungen als Krankheitsmodell - Modellstudiengang Medizin der Charité - Universitätsmedizin Berlin
(SommerSemester 2017)
Zeit
- Mittwoch, 21.06.2017 von 12:15 bis 13:45
- Mittwoch, 21.06.2017 von 14:15 bis 15:45
Strukturelle Veränderungen der Lunge
Modul M25 (MSM) - Erkrankungen des Thorax - Modellstudiengang Medizin der Charité - Universitätsmedizin Berlin
(SommerSemester 2017)
Zeit
- Montag, 24.04.2017 von 08:15 bis 09:45
- Dienstag, 25.04.2017 von 12:15 bis 13:45
- Freitag, 19.05.2017 von 12:00 bis 13:30
- Dienstag, 23.05.2017 von 08:15 bis 09:45
Patient/in mit übergreifender immunologischer Erkrankung
Modul M27 (MSM) - Erkrankungen der Extremitäten - Modellstudiengang Medizin der Charité - Universitätsmedizin Berlin
(SommerSemester 2017)
Zeit
- Mittwoch, 05.07.2017 von 08:15 bis 09:45
Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen Development of a web application for the analysis of gene expression profiles
Projektmanagement im Softwarebereich (Softwarepraktikum) - Freie Universität Berlin
(5. Semester B. Sc. Bioinformatik - SommerSemester 2018)
Project management in software engineering (software internship) - Free University of Berlin
(5th Semester B. Sc. Bioinformatics - SummerSemester 2018)
- Einarbeitung in die theoretischen Grundlagen über DNA-Microarrays (Herstellung, Hybridisierung & Auswertung) Introduction into the theoretical fundamentals of DNA microarray experiments (preparation, hybridization & evaluation)
- Einführung in das Software-Paket "R" zur Analyse von Microarraydaten (Affymetrix & Illumina) Introduction to the software package "R" for analysis of microarray experiments (Affymetrix & Illumina)
- Entwicklung / Optimierung eines "R"-Skripts zur automatischen Qualitätsanalyse von Microarraydaten Development / Optimization of "R" -scripts for automatic quality analysis of microarray experiments
- Entwicklung einer Webapplikation zur Qualitätsanalyse von Microarraydaten (PHP, JavaScript) Development of a web application for quality analysis of microarray experiments (PHP, JavaScript)
- GitHub, SVN (Eclipse)
Quantitative Aufteilung
Quantitative Split
Praktische Programmierarbeit practical programming
PHP, R, JavaScript
Soft Skills
Schwierigkeitsgrad
Difficulty
Programmieren programming
PHP, R, JavaScript
Biologie/Chemie biology/chemistry
Genexpression, Zellbiologie gene expression, cell biology
Projektmanagement Projectmanagement
GitHub, SVN (Eclipse)
Unbedingt erforderliche Vorkenntnisse
Absolutely necessary
Kenntnisse in PHP & R
Knowledge in PHP & R
Zeit Time
- 19.03.2018 bis 25.05.2018 19.03.2018 to 25.05.2018
Dokumente Documents
- CEL-Files (ND_Group1_133Plus_2) CEL-Files (ND_Group1_133Plus_2)
- CEL-Files (ND_Group2_133Plus_2) CEL-Files (ND_Group2_133Plus_2)
SommerSemester 2017
Softwarepraktikum - Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)
SommerSemester 2016
Softwarepraktikum - Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)
SommerSemester 2015
Softwarepraktikum - Einführung in Analyse von Genexpressionsdaten (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)
SommerSemester 2014
Softwarepraktikum - Einführung in Analyse von Genexpressionsdaten (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)
Gutachtertätigkeiten
- Arthritis and Rheumatism
- Annals of the Rheumatic Diseases
- Rheumatology
- Arthritis Research and Therapy
- The Journal of Rheumatology
- Zeitschrift für Rheumatologie
- BMC Medical Genomics
- Osteoarthritis and Cartilage
- PLoS Biology
- Tissue Engineering
Patente
Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T, Burmester GR:
Prädiktive mRNA Biomarker zur Vorhersage der Behandlung mit Methotrexat (MTX):
submission no.: PCT/EP2015/053095, Charité AZ: CH669/2013/WO,
submission date: 13.02.2015,
publication date: 20.08.2015.
Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T:
A composition of nucleic acid sequences, specific for in inflammatory disease, in particular rheumatoid arthritis:
submission no.: EP05026588,
submission date: 18.12.2005.
Inventor: Häupl T, Grün JR, Radbruch A, Burmester GR, Kaps C, Grützkau A:
Verfahren zur Erkennung von Signaturen in komplexen Genexpressionsprofilen:
submission no.: DE102004016437A1,
submission date: 04.04.2004,
publication date: 20.10.2005.
Inventor: Häupl T, Grün JR, Radbruch A, Burmester GR, Kaps C, Grützkau A:
Methods for recoginzing signatures in complex profiling:
submission no.: EP000001733050A2,
submission date: 04.04.2005,
publication date: 20.10.2005.
Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T, Kiesslich O, Burmester GR:
Nucleic acid microarray for diagnosis of rheumatoid arthritis and prognosis of anti-TNF alpha therapy:
submission no.: PCT/WO03/01822,
publication date: 05.07.2005.
Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T:
Nucleic acid array:
submission no.: US20050037344A1, US 10/278,698, DE10155600A1, DE10155600B4, EP1310567A2, EP1310567A3
submission date: 23.10.2002,
publication date: 17.02.2005.
Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T:
Nucleic acid array comprising selective monocytic/macrophagic genes:
submission no.: EP000001523575A1M,
publication date: 20.04.2004.
Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T, Kiesslich O, Burmester GR:
Nukleinsäurearray zur Diagnose der Rheumatoiden Arthritis und Prognose der anti-TNF-alpha Therapie:
submission no: DE10243524,
publication date: 12.02.2004.
Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T:
Nucleic acid microarray for diagnosis of rheumatoid arthritis and prognosis of anti-TNF-alpha therapy:
submission no. / PCT no.: (WO)PCT/DE03/01822,
submission date: 21.07.2003.
Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T, Kiesslich O, Burmester GR:
Nucleic acid array comprising selective monocytic macrophagic genes:
submission no.: AU002003285285A1,
publication date: 28.05.2003.
Inventor: Stuhlmüller B, Häupl T, Kiesslich O, Burmester GR:
Nukleinsäurearray zur Diagnose der Rheumatoiden Arthritis und Prognose der anti-TNF-alpha Therapie:
submission no.: DE10243524,
submission date: 24.07.2002.
Stem cell-dependent therapies
Gerhard Gross, Thomas Häupl (Eds.)
Mesenchymal Stem Cells in Chronic Inflammatory Disorders
With contrib. by Graca Almeida-Porada, Leo Bühler, Niels Olsen Saraiva Camara, Pierre Charbord, Yves
A. DeClerck, James E. Dennis, Carmen Gonelle-Gispert, Jens Kastrup, Andreas Kurtz, Antonello Pileggi,
Mauricio Rojas, Olle Ringdén, Alan Tyndall, Antonio Uccelli, Daniel Weiss, David Wraith, Jian Wu.
- An important contribution to the exciting field of regenerative medicine
- Unique focus on aspects of inflammation / anti-inflammation and their implication for regeneration
- Treats bone-, tendon, cartilage and heart regeneration
- Full color illustrations
Multipotent mesenchymal stem cells (MSCs) are a heterogeneous population of cells which reside in a variety of tissues. They differentiate into several mesodermal lineages, secrete a multitude of trophic factors and contribute to tissue homeostasis. MSCs are able to exert immunosuppressive activities by interfering with inflammatory cytokine production and with T- and B-cell proliferation. These immunomodulating properties make MSCs promising candidates for the treatment of chronic inflammatory and autoimmune dis- orders. There are, however, certain caveats involved including inappropriate migration of cells in the body, immune rejection, tumor formation, or graft versus host disease (GvHD). This book investigates the current state of the MSC-dependent therapy of chronic inflammatory disorders and autoimmune diseases. Among the covered topics are GvHD, chronic kidney, liver and lung disease, ischemic heart and inflammatory bowel disease, diabetes, osteoarthritis, various rheumatic and neurological disorders and, lastly, tumors and solid organ transplantations. This book also questions the immunoprivileged status of MSCs, discusses the therapeutic role of MSCs in experimental animal disease models and their translation to the corresponding human disorders, envisions a role for MSCs in tumor interventions and, lastly, describes a systems biology approach for stem cells and inflammation.
Dipl. Math. Till-Antoni Sörensen
Wissenschaftlicher Mitarbeiter
Ausbildung
1989 - 1992
Studium der Mathematik an der Freien Universität Berlin (Schwerpunkt: Algebra, Statistik, Physik)
1987 - 1989
Studium der Bildenden Künste an der Hochschule für Bildende Künste in Hamburg
1986 - 1989
Studium der Mathematik an der Universität Hamburg
1985 - 1986
Grafik Design Studium an der Fachhochschule für Gestaltung in Hamburg
Beruflicher Werdegang
Seit 2010
Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
- Analyse von hochdimensionalen Zytometriedaten aus durchflusszytometrischen und massenspektrometrischen Zelluntersuchungen
- Entwicklung von Software/Datenbanken zur Erhebung von Daten in klinischen Studien
Seit 2006
Freiberuflicher Programmierer in Berlin
- Internet / WEB-Applikationen, Server- und Clientseitig
1995 - 2005
Programmierer / Mathematiker bei der raytest Isotopenmessgeräte GmbH
- Entwicklung von Softwarepaketen zur Bildauswertung in der Molekularbiologie unter Windows in C/C++. Maßgebliche Mitarbeit an der Software- Architektur, Implementation und Dokumentation, sowie der Erstellung von Test-Verfahren (GLP/GMP Anforderungen in der Pharmazie)
1993 - 1995
Programmierer bei der Firma Cybertech
- Entwicklung am Bildbearbeitungs-Programm WinCAM unter Windows in C/C++
1992 - 1993
Freiberuflicher Programmierer in Berlin
- kleinere Windows Applikationen in Visual Basic
Wissenschaftlicher Werdegang
1992
Diplom Mathematiker: "Zahme Homotopietheorie einfacher Kan-Mengen und p-Torus-Operationen"
Publikationen 2018
Schulte-Wrede U, Sörensen T, Grün JR, Häupl T, Hirseland H, Steinbrich-Zöllner M, Wu P, Radbruch A, Poddubnyy D, Sieper J, Syrbe U, Grützkau A.
An explorative study on deep profiling of peripheral leukocytes to identify predictors for responsiveness to anti-tumour necrosis factor alpha therapies in ankylosing spondylitis: natural killer cells in focus.
Arthritis Res Ther. (2018) PMID: 30157966
Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Relevance of big data for molecular diagnostics.
Z Rheumatol. (2018) PMID: 29520680
Publikation 2017
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Grün JR, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Schulte-Wrede U, Sörensen T, Kyogoku C, Bruns A, Hermann S, Ohrndorf S, Aupperle K, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Monocyte alterations in rheumatoid arthritis are dominated by preterm release from bone marrow and prominent triggering in the joint.
Ann Rheum Dis. (2017) PMID: 29191820
Smiljanovic B, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Comment on "Single cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes and progenitors."
(2017) Link
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling.
Ann Rheum Dis. (2017) Link
Publikationen 2016
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Winchester RJ, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by expression of HLA-DRB4 alleles identifies differential innate and adaptive immune transcriptional patterns - A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
Clin Immunol. (2016) PMID: 27570220
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus M, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum.
Ann Rheum Dis. (2016) Link
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust based analysis of cytometric profiles reveals immunophenotypic changes in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis.
Ann Rheum Dis. (2016) Link
Publikation 2015
Sörensen T, Baumgart S, Durek P, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust-An automated analysis pipeline for the identification of immunophenotypic signatures in high-dimensional cytometric datasets.
Cytometry A. (2015) PMID: 25850678
Publikationen 2014
Bonin M, Kokatjuhha J, Mans K, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
Identification of geneexpression networks in different immunological states.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Bonin M, Weidel L, Schendel P, Mans K, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Publikationen 2013
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative Transcriptome Analysis of Human and Mouse Synovial Fibroblast Responses to TNF.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated and Standardised Analysis for High Dimensional Cytometric Data Provides New Options for Complex Cell-Associated Biomarker Screening.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Publikation 2012
Häupl T, Appel H, Backhaus M, Burkhardt H, Grünke M, Grützkau A, Hoppe B, Listing J, Ostendorf B, Rudwaleit M, Sieper J, Skapenko A, Skriner K, Sörensen T, Stuhlmüller B, Zink A, Schulze-Koops H, Burmester GR.
Biomarkers in rheumatology: Biomarkers and imaging for the diagnosis and stratification of rheumatoid arthritis and spondylarthritis in the ArthroMark network funded by the Federal Ministry of Education and Research.
Z Rheumatol. (2012) PMID: 22546912
Publikation 2004
Sopov I, Sörensen T, Magbagbeolu M, Jansen L, Beer K, Kühne-Heid R, Kirchmayr R, Schneider A, Dürst M.
Detection of cancer-related gene expression profiles in severe cervical neoplasia.
Int J Cancer. (2004) PMID: 15305373
Abstract/Poster 2019 Abstract/Poster 2019
18. Deutscher Kongress für Versorgungsforschung 2019
Das Konzept „Monument“ für Patienten mit Rheumatoider Arthritis: ePatienten-Empowerment für verbessertes klinisches und Patienten-Outcome in digitalen Gesundheitsnetzwerken.
Sinha M, Bonin-Andresen M, Sörensen T, Feist E, Michalsen A, Kinnen S, Reichenbach F, Häupl T.
(Abstract)
EULAR 2019
TNF inhibition in rheumatoid arthritis responders to Certolizumab-Pegol reduces lymphocyte recruitment from blood while monocyte turnover remains increased.
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schendel P, Johannes S, Skriner K, Backhaus M, Pade S, Schmittat G, Hermann S, Ohrndorf S, Stuhlmüller B, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T.
(Abstract)
CYTO 2019
Sörensen T, Schendel P, Baumgart S, Grützkau A, Mei HE, Glatzel V, Worm M, Heine G, Häupl T.
A Statistical Approach of Estimating the Number of Clusters in SOM-clustering for CyTOF Data.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2018 Abstract/Poster 2018
17. Deutscher Kongress für Versorgungsforschung 2018
Häupl T, Sinha M, Bonin-Andresen M, Sörensen T, Smiljanovic B, Steckhan N, Burmester GR, Stuhlmüller B, Grützkau A, Michalsen A.
Patienten-Empowerment durch MoNuMENT.
(Abstract /
Poster)
EULAR 2018
Häupl T, Sörensen T, Boyer M, Scheder-Bieschin J, Smiljanovic B, Steckhan N, Burmester GR, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grützkau A, Michalsen A.
Reduction of monocyte activation by bowel cleanse and one week fasting suggests permanent pathogenetic triggering from the gut in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Jahrestreffen des BMBF-Forschungsnetzes „Muskuloskelettale Erkrankungen“ 2018
Bonin-Andresen M, Sörensen T, Smiljanovic B, Johannes S, Schendel P, Stuhlmüller B, Häupl T.
SP 6 - Bioinformatics and data integration.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Radbruch A, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T.
SP 2 - Protein based biomarkers in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
CYTO 2018
Baumgart S, Glatzel V, Sörensen T, Häupl T, Mei HE, Worm M, Grützkau A, Heine G.
High-dimensional immune cell profiling in atopic dermatitis: more than a Th2 response?
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2017 Abstract/Poster 2017
37th European Workshop for Rheumatology Research 2017
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2016 Abstracts/Posters 2016
31th German Conference on Bioinformatics 2016
Bonin-Andresen M, Johannes S, Schendel P, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T.
BioRetis - An online tool to analyse geneexpression profiles, miRNA data, DNA methylation and NGS data.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Burmester GR, Grützkau A, Häupl T.
Gene expression profiling and cytometry analysis from bone marrow monocytes, blood and synovial fluid from rheumatoid and osteoarthritis patients.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust - An automated pipeline to analyse cytometric profiles in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression - A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
44 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2016
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Radbruch A, Burmester GR, Maslinskim W, Grützkau A, Häupl T.
Bone marrow and blood monocytes from rheumatoid arthritis patients show premature transcriptomes and reveal incremental inflammatory activation from bone marrow to blood and joint.
(Abstract /
Poster)
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies differential innate and adaptive immune patterns – A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
ESCI 2016
Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Maslinski W, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Patterns of prematurity and stepwise increasing inflammation from bone marrow via blood to synovial fluid indicate enhanced production and peripheral triggering of monocytes in rheumatoid arthritis.
(Abstract)
EULAR 2016
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies innate and adaptive immune patterns as differential predictors of response to methotrexate in rheumatoid arthritis – A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
36th European Workshop for Rheumatology Research 2016
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust based analysis of cytometric profiles reveals immunophenotypic changes in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2015 Abstracts/Posters 2015
43 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2015
Häupl T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A.
Neue Methoden zur Identifizierung und Analyse von Biomarkern.
(Abstract)
30th Congress of the International Society for Advancement of Cytometry 2015
Sörensen T, Baumgart S, Durek P, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust - an Automated Pipeline for Population Detection in Flow Cytometry
(Abstract)
Abstracts/Poster 2014 Abstracts/Posters 2014
29th German Conference on Bioinformatics 2014
Bonin M, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes S, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Häupl T.
Identification of co-expression networks of inflammatory response in immune cells.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Kokatjuhha J, Johannes S, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
A generic online database for clinical data collection.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Ziska I, Kokatjuhha J, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T.
Comparative analysis between rheumatoid arthritis and arthritis model: study of the functional components in expression profiles of synovitis.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Schendel P, Mans K, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes J, Ziska I, Smiljanovic B, Sörensen T, B. Stuhlmüller, Häupl T.
Prediction for successful treatment of methotrexate in rheumatoid arthritis with mrna and mirna microarraydata.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Johannes S, Flemming S, Grützkau A, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
Development of a database for combined analysis of dna methylation and transcriptional profiles in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
42 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2014
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Grützkau A, Häupl T.
Biomarker strategies based on cytometric profiling advance towards new standards of automated analysis.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Kokatjuhha J, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
HumanResearchDB - a generic online database to design individual electronic case report forms.
(Abstract /
Poster)
34th European Workshop for Rheumatology Research 2014
Bonin M, Kokatjuhha J, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
Identification of geneexpression networks in different immunological states.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Weidel L, Schendel P, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2013 Abstracts/Posters 2013
41 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2013
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated analysis for multiparameter flow cytometry provides new options for biomarker screenin.
(Abstract /
Poster)
BeTheCure 2013
Bonin M, Sörensen T, Smiljanovic B, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A, Häupl T.
Transcriptome comparison between human and mouse in arthritis.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated analysis of cytometric profiles of synovial fluid and peripheral blood in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
28th German Conference on Bioinformatics 2013
Bonin M, Kokatjuhha J, Flemming S, Smiljanovic B, Grützkau A, Sörensen T, Häupl T.
Identification of gene co-expression networks associated with different cellular and immunological states.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Weidel L, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
Automated combined analysis of DNA methylation and transcription profiles in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
33th European Workshop for Rheumatology Research 2013
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated and standardized analysis for high dimensional cytometric data provides new options for complex cell-associated biomarker screening!
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2011 Abstracts/Posters 2011
26th German Conference on Bioinformatics 2011
Haase U, Bonin M, Flemming S, Buttgereit F, Sörensen T, Häupl T.
A clinical database for networking in multicenter studies.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Automated and Standardized Clustering of Flow Cytometry Data.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2010 Abstract/Poster 2010
25th German Conference on Bioinformatics 2010
Bonin M, Flemming S, Haase U, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Identification of co-expression networks by comparison of a multitude of different functional states of genome activity.
(Abstract /
Poster)
Charité - Universitätsmedizin Berlin
Dr. rer. nat. Biljana Smiljanovic
Ausbildung
1994 - 2003
Studium der Pharmazie an der Universität Belgrad
Beruflicher Werdegang
Seit 2012
Wissenschaftliche Mitarbeiterin an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
- Analyse von Microarray Genexpressiondaten aus Affymetrix-basierten Untersuchungen bei rheumatischen Erkrankungen
2005 - 2012
Wissenschaftliche Mitarbeiterin im Ramin Labor für Molekulare Rheumatologie am Deutschen Rheuma Forschungszentrum (DRFZ)
2004 - 2005
Außendienstmitarbeiterin bei Bio-Rad in Belgrad
Wissenschaftlicher Werdegang
2012
Dissertation (Dr. rer. nat.): "Genexpressionsprofile von peripheren Blut-Monozyten bei den rheumatischen Erkrankungen SLE, RA und AS"
2003
Diplom Biochemikerin: "Biochemische und klinische Auswirkungen der ErbB/HER-Tyrosinkinase-Rezeptoren bei Brustkrebs"
Publikationen 2018
Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Relevance of big data for molecular diagnostics.
Z Rheumatol. (2018) PMID: 29520680
Publikation 2017
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Grün JR, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Schulte-Wrede U, Sörensen T, Kyogoku C, Bruns A, Hermann S, Ohrndorf S, Aupperle K, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Monocyte alterations in rheumatoid arthritis are dominated by preterm release from bone marrow and prominent triggering in the joint.
Ann Rheum Dis. (2017) PMID: 29191820
Smiljanovic B, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Comment on "Single cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes and progenitors."
(2017) Link
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling.
Ann Rheum Dis. (2017) Link
Publikationen 2016
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Winchester RJ, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by expression of HLA-DRB4 alleles identifies differential innate and adaptive immune transcriptional patterns - A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
Clin Immunol. (2016) PMID: 27570220
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus M, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum.
Ann Rheum Dis. (2016) Link
Publikation 2015
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum.
Ann Rheum Dis. (2015) Link
Publikationen 2014
Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Bhattarai S, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
Upregulation of Immunoproteasome Subunits in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8 T-Cells and IFNγ.
PLoS One (2014) PMID: 25098831
Bonin M, Kokatjuhha J, Mans K, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
Identification of geneexpression networks in different immunological states.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Bonin M, Weidel L, Schendel P, Mans K, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoud arthritis.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Schulte-Wrede U, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A.
T helper lymphocytes and monocytes as biosensors of type I interferon responses in viral infection and autoimmunity.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Publikationen 2013
Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Biesen R, Schulte-Wrede U, Häupl T, Hiepe F, Alexander T, Radbruch A, Grützkau A.
Cell-specific type I IFN signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference?
PLoS One. (2013) PMID: 24391825
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative Transcriptome Analysis of Human and Mouse Synovial Fibroblast Responses to TNF.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Synovial Tissue Transcriptome and Synovial Fluid Proteome have Stronger Discriminatory Power than Serum in Dissecting Inflammation in RA.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A.
Cell-specific type I Interferon signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference?.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Dissecting disease-specific differences in RA and OA by transcriptome analyses of synovial tissue, blood and bone marrow monocytes.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Publikation 2012
Smiljanovic B, Grün JR, Biesen R, Schulte-Wrede U, Baumgrass R, Stuhlmüller B, Maslinski W, Hiepe F, Burmester GR, Radbruch A, Häupl T, Grützkau A.
The multifaceted balance of TNFα and type I/II interferon responses in SLE and RA: how monocytes manage the impact of cytokines.
J Mol Med. (2012) PMID: 22610275
Publikation 2010
Smiljanovic B, Grün JR, Steinbrich-Zöllner M, Stuhlmüller B, Häupl T, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Baumgrass R.
Defining TNFα- and LPS-induced gene signatures in monocytes to unravel the complexity of peripheral blood transcriptomes in health and disease.
J Mol Med. (2010) PMID: 20640394
Abstract/Poster 2019 Abstract/Poster 2019
EULAR 2019
TNF inhibition in rheumatoid arthritis responders to Certolizumab-Pegol reduces lymphocyte recruitment from blood while monocyte turnover remains increased.
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schendel P, Johannes S, Skriner K, Backhaus M, Pade S, Schmittat G, Hermann S, Ohrndorf S, Stuhlmüller B, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T.
(Abstract)
Abstract/Poster 2018 Abstract/Poster 2018
17. Deutscher Kongress für Versorgungsforschung 2018
Häupl T, Sinha M, Bonin-Andresen M, Sörensen T, Smiljanovic B, Steckhan N, Burmester GR, Stuhlmüller B, Grützkau A, Michalsen A.
Patienten-Empowerment durch MoNuMENT.
(Abstract /
Poster)
EULAR 2018
Häupl T, Sörensen T, Boyer M, Scheder-Bieschin J, Smiljanovic B, Steckhan N, Burmester GR, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grützkau A, Michalsen A.
Reduction of monocyte activation by bowel cleanse and one week fasting suggests permanent pathogenetic triggering from the gut in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Jahrestreffen des BMBF-Forschungsnetzes „Muskuloskelettale Erkrankungen“ 2018
Bonin-Andresen M, Sörensen T, Smiljanovic B, Johannes S, Schendel P, Stuhlmüller B, Häupl T.
SP 6 - Bioinformatics and data integration.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Radbruch A, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T.
SP 2 - Protein based biomarkers in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2017 Abstract/Poster 2017
37th European Workshop for Rheumatology Research 2017
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2016 Abstracts/Posters 2016
31th German Conference on Bioinformatics 2016
Bonin-Andresen M, Johannes S, Schendel P, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T.
BioRetis - An online tool to analyse geneexpression profiles, miRNA data, DNA methylation and NGS data.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Burmester GR, Grützkau A, Häupl T.
Gene expression profiling and cytometry analysis from bone marrow monocytes, blood and synovial fluid from rheumatoid and osteoarthritis patients.
(Abstract /
Poster)
Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression - A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
44 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2016
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Radbruch A, Burmester GR, Maslinskim W, Grützkau A, Häupl T.
Bone marrow and blood monocytes from rheumatoid arthritis patients show premature transcriptomes and reveal incremental inflammatory activation from bone marrow to blood and joint.
(Abstract /
Poster)
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies differential innate and adaptive immune patterns – A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
ESCI 2016
Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Maslinski W, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Patterns of prematurity and stepwise increasing inflammation from bone marrow via blood to synovial fluid indicate enhanced production and peripheral triggering of monocytes in rheumatoid arthritis.
(Abstract)
EULAR 2016
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies innate and adaptive immune patterns as differential predictors of response to methotrexate in rheumatoid arthritis – A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
36th European Workshop for Rheumatology Research 2016
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2015 Abstracts/Posters 2015
43 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2015
Häupl T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A.
Neue Methoden zur Identifizierung und Analyse von Biomarkern.
(Abstract)
35th European Workshop for Rheumatology Research 2015
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2014 Abstracts/Posters 2014
29th German Conference on Bioinformatics 2014
Bonin M, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes S, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Häupl T.
Identification of co-expression networks of inflammatory response in immune cells.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Kokatjuhha J, Johannes S, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
A generic online database for clinical data collection.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Ziska I, Kokatjuhha J, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T.
Comparative analysis between rheumatoid arthritis and arthritis model: study of the functional components in expression profiles of synovitis.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Schendel P, Mans K, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes J, Ziska I, Smiljanovic B, Sörensen T, B. Stuhlmüller, Häupl T.
Prediction for successful treatment of methotrexate in rheumatoid arthritis with mrna and mirna microarraydata.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Johannes S, Flemming S, Grützkau A, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
Development of a database for combined analysis of dna methylation and transcriptional profiles in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
42 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2014
Bonin M, Kokatjuhha J, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
HumanResearchDB - a generic online database to design individual electronic case report forms.
(Abstract /
Poster)
Mans K, Bonin M, Häupl T, Smiljanovic B, Tandon N, Detert J, Listing J, Naumann T, Burmester GR, Stuhlmüller B.
Prediction of Response to methotrexate Treatment in RA using mRNA and miRNA biomarkers.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin M, Maslinski W, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The role of cell- and tissue-specific transcriptomes in biomarker discovery; from synovial tissue through blood up to bone marrow in revealing the systemic nature of rheumatoid arthritis.
(Abstract)
EULAR 2014
Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
Upregulation of immunoproteasome subunits PSMB8 and PSMB99 in Myositis indicates active inflammation with involvement of antigen presenting cells, CD8+ T-Cells and IFN gamma.
(Abstract)
34th European Workshop for Rheumatology Research 2014
Bonin M, Kokatjuhha J, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
Identification of geneexpression networks in different immunological states.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Weidel L, Schendel P, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Ghannam KM, Martinez Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma.
(Abstract)
Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Schulte-Wrede U, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A.
T helper lymphocytes and monocytes as biosensors of type I interferon responses in viral infection and autoimmunity.
(Abstract)
Abstracts/Poster 2013 Abstracts/Posters 2013
41 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2013
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood.
(Abstract /
Poster)
BeTheCure 2013
Bonin M, Sörensen T, Smiljanovic B, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A, Häupl T.
Transcriptome comparison between human and mouse in arthritis.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood.
(Abstract /
Poster)
28th German Conference on Bioinformatics 2013
Bonin M, Kokatjuhha J, Flemming S, Smiljanovic B, Grützkau A, Sörensen T, Häupl T.
Identification of gene co-expression networks associated with different cellular and immunological states.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Weidel L, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
Automated combined analysis of DNA methylation and transcription profiles in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
33th European Workshop for Rheumatology Research 2013
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF.
(Abstract /
Poster)
Kyogoku C, Smiljanovic B, Grün JR, Alexander T, Biesen R, Hiepe F, Häupl T, Radbruch A, Grützkau A.
Cell-specific type I Interferon signatures in autoimmunity and viral infection: what makes the difference?
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmueller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Synovial tissue transcriptome and synovial fluid proteome have stronger discriminatory power than serum in dissecting inflammation in Rheumatoid Arthritis.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Dissecting disease-specific differences in RA and OA by transcriptome analyses of synovial tissue, blood and bone marrow monocytes.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2010 Abstract/Poster 2010
25th German Conference on Bioinformatics 2010
Bonin M, Flemming S, Haase U, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Identification of co-expression networks by comparison of a multitude of different functional states of genome activity.
(Abstract /
Poster)
Dr. rer. nat. Annette Rother
Wissenschaftliche Mitarbeiterin
Ausbildung
1991 - 1997
Studium der Biologie an der Freien Universität Berlin
Beruflicher Werdegang
Seit 2007
Wissenschaftliche Mitarbeiterin und Projektkoordination an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
2004 - 2006
Wissenschaftliche Mitarbeiterin am Institut für Biologiean der Freien Universität Berlin
2000 - 2003
Wissenschaftliche Mitarbeiterin am Institut für Gewässerökologie und Binnenfischerei in Berlin
1998 - 1999
Wissenschaftliche Mitarbeiterin am Institut für Biologie an der Humboldt Universität Berlin
Wissenschaftlicher Werdegang
2003
Dissertation (Dr. rer. nat.): "Untersuchungen zu Aggregaten in einem Fluss-See-System der Spree"
Pascal Schendel,
B. Sc. Bioinformatik
Doktorrand
Sascha Johannes,
B. Sc. Biosystemtechnik/
Bioinformatik
Doktorrand
Marc Oliver Bonin-Andresen,
M. Sc. Bioinformatik,
B. Sc. Biosystemtechnik/
Bioinformatik
Doktorrand
Ausbildung
Seit 2010
Wissenschaftlicher Mitarbeiter (Doktorrand) an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
2005 - 2009
Studium der Bioinformatik an der Freien Universität Berlin (Master)
2004 - 2005
Studium der Bioinformatik / Biosystemtechnik an der Technischen Fachhochschule Wildau (Master)
2001 - 2004
Studium der Bioinformatik / Biosystemtechnik an der Technischen Fachhochschule Wildau (Bachelor)
Beruflicher Werdegang
Seit 2010
Wissenschaftlicher Mitarbeiter (Doktorrand) an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
- Analyse von Microarray Genexpressiondaten aus Affymetrix-basierten Untersuchungen bei rheumatischen Erkrankungen
- Analyse von hochdimensionalen Zytometriedaten aus durchflusszytometrischen und massenspektrometrischen Zelluntersuchungen
- Analyse von Mikrobiom-Sequenzdaten aus Typisierungssequenzierungen (Zusammenhänge zwischen RA und dem Darm-Mikrobiom)
- Entwicklung von Software/Datenbanken zur Erhebung von Daten in klinischen Studien und DNA-Array-Analysen
- Entwicklung von neuen Algorithmen zur Erschließung funktioneller Netzwerke
- Betreuung von Praktikanten, Bachelor- & Masterarbeiten
2010 - 2011
Bayer Schering Pharma AG - AG Dr. Bertram Weiss, Principlal Scientist Bioinformatics - GDD/TD/Global Technologies (studentischer Mitarbeiter/selbständige Tätigkeit)
- Verarbeitung von klinisch relevanten Daten im Zusammenhang mit dem Projekt PhenomicDB
- Überarbeiten von öffentlich verfügbaren Microarraydaten und Implementierung in ein Datenbanksystem
Seit 2008
BioRetis GmbH (selbständige Tätigkeit)
- Auswertung von Microarray Genexpressiondaten aus Affymetrix-basierten Untersuchungen
- Auswertung von hochdimensionalen Zytometriedaten aus durchflusszytometrischen und massenspektrometrischen Zelluntersuchungen
- Auswertung von Mikrobiom-Sequenzdaten aus Typisierungssequenzierungen der 16S, 18S und ITS Region
- Aufbau von klinischen Datenbanken und Entwicklung von Software zur Erhebung von Daten in klinischen Studien und Untersuchung des Zusammenhangs zwischen Ernährung und Krankheitssymptomen
2008 - 2009
Biotronik© (Health Service) (studentischer Mitarbeiter)
- Evaluierung des Pentaho Business Integrations-Frameworks
- Einbindung bestehender Datenbanken in das Pentaho-Framework
- Erzeugen von Beispielreports
- Sichten, Bewerten der vorhandenen Dokumentation und interne Weitergabe in komprimierter Form
- Untersuchung der Möglichkeit der Steuerung des Pentaho-Framework über externe Schnittstellen
Seit 2003
Firmengründung Protegene GbR (selbständige Tätigkeit)
- Anwendungsorientiertes Datenbankdesign (Apache, MySQL, MongoDB, PostgreSQL)
- Webanbindung mittels JavaScript, PHP, JQuery, Java (Servlets, JSF, .jsp)
- Webdesign
- Windows Server Administration
- MacOSX Server Administration
- Apache und Tomcat Admisitration
- Auswertung und Aufarbeitung klinisch relevanter Daten mit Hilfe der Programme Excel, R und Matlab
- User Interface Konzeption
- Optimieren von Projektabläufen von der Anforderung bis zum Regelbetrieb
- Verbesserung der Arbeitsatmosphäre
- Beschleunigung von Produktionsprozessen
- agiles Projekt Setup
- Erarbeitung von Plänen zur Mitarbeiterentwicklung
Praktika
07.2007 - 10.2007
Forschungspraktikum (Freie Universität Berlin)
- Durchführung einer mathematische Validierung und Entwicklung eines Konzeptes sowie deren Umsetzung einer datenbankgestützten Automatisierungs- und Visualisierungstechnik zur vereinfachenden und ergänzenden Auswertung eines Systems zur Erkennung von Signaturen in komplexen Genexpressionsprofilen
04.2005 - 08.2005
Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
- Durchführung von Arrayanalysen, mit Hilfe des während meiner Bachelorarbeit neu entwickelten Algorithmus, für die Analyse von Blut und Gewebe, sowie die Identifizierung von relevanten Funktionskomponenten die mit den Krankheiten (Rheumatoide Arthritis, Riesenzelltumoren, Nierenerkrankungen) assoziiert sind.
- Programmierung in C++ und Java für die Implementierung des Algorithmus in eine Oracle Datenbank als Bestandteil der SIPAGE NGFN Forschungstätigkeiten.
03.2004 - 05.2004
Max Planck Institute für molekulare Genetik
- Bearbeitung eines komplexen biologischen Sachverhaltes unter Zuhilfenahme molekularbiologischer Methoden
- Vergleich von Genexpressionsprofilen von Geweben sowie von verschiedenen Zelltypen mit Hilfe der Software MAS 5.0, RMA und dChip
- Erlernte Verfahren: PCR Primerdesign, Restriktionsverdau, Klonierung, Herstellung kompetenter Zellen, Genexpression, ELISA, Western Plot, Protein-Array, DNA-Microarray
02.2004 - 03.2004
Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
- Komplexe Analysen von Genexpressionsdaten basierend auf MAS 5.0 und RMA
- Entwicklung von Excel und Visual Basic Skripts für den Transfer der Daten zwischen MAS 5.0 und Filemaker 6 Pro
- Entwicklung von Konzepten zur automatisierten Auswertung von DNA-Microarrayexperimenten
- EWeiterverarbeitung und Aufarbeitung von Daten (Excel, Java, C++) sowie deren datenbankbasierende Speicherung (Filemaker)
08.2003 - 09.2003
Max Planck Institute für molekulare Genetik
- In vitro ligand screening
- Erstellen von Datenbankmodellen (Perl-DBI und SQL) für eine internetbasierte Speicherung von Arraydaten
01.2003 - 02.2003
Deutsches Rheuma Forschungszentrum (DRFZ)
- Praktikum mit Bioinformatiktools für Genexpressionsanalysen (Genes@Work, GenMapp / MappFinder)
07.2002 - 08.2002
Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
- Praktikum im Bereich der DNA-Array hybridisation und Genexpressionsanalyse
Wissenschaftlicher Werdegang
2009
Master of Science (M. Sc. Bioinformatik): "Nachweis und Quantifizierung von Funktionskomponenten in Expressionsprofilen von Gewebebiopsien"
2004
Bachelor of Science (B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik): "Ein mathematisches Modell für Arrayanalysen zur Identifizierung von Genregulationen in Proben mit variabler zellulärer Zusammensetzung"
Mitglied bei
Publikationen 2018
Popadić D, Heßelbach K, Richter-Brockmann S, Kim GJ, Flemming S, Schmidt-Heck W, Häupl T, Bonin-Andresen M, Dornhof R, Achten C, Günther S, Humar M, Merfort I.
Gene expression profiling of human bronchial epithelial cells exposed to fine particulate matter (PM2.5) from biomass combustion.
Toxicol Appl Pharmacol. (2018) PMID: 29596927
Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Relevance of big data for molecular diagnostics.
Z Rheumatol. (2018) PMID: 29520680
Publikation 2017
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Grün JR, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Schulte-Wrede U, Sörensen T, Kyogoku C, Bruns A, Hermann S, Ohrndorf S, Aupperle K, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Monocyte alterations in rheumatoid arthritis are dominated by preterm release from bone marrow and prominent triggering in the joint.
Ann Rheum Dis. (2017) PMID: 29191820
Smiljanovic B, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Comment on "Single cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes and progenitors."
(2017) Link
Heßelbach K, Kim GJ, Flemming S, Häupl T, Bonin-Andresen M, Dornhof R, Günther S, Merfort I, Humar M.
Disease relevant modifications of the methylome and transcriptome by particulate matter (PM2.5) from biomass combustion.
Epigenetics (2017) PMID: 28742980
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling.
Ann Rheum Dis. (2017) Link
Publikationen 2016
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Winchester RJ, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by expression of HLA-DRB4 alleles identifies differential innate and adaptive immune transcriptional patterns - A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
Clin Immunol. (2016) PMID: 27570220
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus M, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum.
Ann Rheum Dis. (2016) Link
Publikation 2015
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum.
Ann Rheum Dis. (2015) Link
Publikationen 2014
Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Bhattarai S, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
Upregulation of Immunoproteasome Subunits in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8 T-Cells and IFNγ.
PLoS One (2014) PMID: 25098831
Bonin M, Kokatjuhha J, Mans K, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
Identification of geneexpression networks in different immunological states.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Bonin M, Weidel L, Schendel P, Mans K, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Publikationen 2013
Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T.
Combined Analysis of Epigenetic and Transcriptional Profiles in Different Immune Cells Identifies Hot Spots of Gene Regulation by DNA Methylation.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative Transcriptome Analysis of Human and Mouse Synovial Fibroblast Responses to TNF.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Publikation 2005
Häupl T, Grützkau A, Grün JR, Bonin M, Stuhlmüller B, Rohrlach T, Kaps C, Rudwaleit M, Morawietz L, Gursche A, Zacher J, Krenn V, Burmester GR, Radbruch A.
Dissection of expression profiles into functional components: a strategy to identify the pieces in the puzzle of systems biology.
19th NGFN Meeting (2005) Link
Abstract/Poster 2019 Abstract/Poster 2019
18. Deutscher Kongress für Versorgungsforschung 2019
Das Konzept „Monument“ für Patienten mit Rheumatoider Arthritis: ePatienten-Empowerment für verbessertes klinisches und Patienten-Outcome in digitalen Gesundheitsnetzwerken.
Sinha M, Bonin-Andresen M, Sörensen T, Feist E, Michalsen A, Kinnen S, Reichenbach F, Häupl T.
(Abstract)
EULAR 2019
TNF inhibition in rheumatoid arthritis responders to Certolizumab-Pegol reduces lymphocyte recruitment from blood while monocyte turnover remains increased.
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schendel P, Johannes S, Skriner K, Backhaus M, Pade S, Schmittat G, Hermann S, Ohrndorf S, Stuhlmüller B, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T.
(Abstract)
Abstract/Poster 2018 Abstract/Poster 2018
17. Deutscher Kongress für Versorgungsforschung 2018
Häupl T, Sinha M, Bonin-Andresen M, Sörensen T, Smiljanovic B, Steckhan N, Burmester GR, Stuhlmüller B, Grützkau A, Michalsen A.
Patienten-Empowerment durch MoNuMENT.
(Abstract /
Poster)
EULAR 2018
Häupl T, Sörensen T, Boyer M, Scheder-Bieschin J, Smiljanovic B, Steckhan N, Burmester GR, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grützkau A, Michalsen A.
Reduction of monocyte activation by bowel cleanse and one week fasting suggests permanent pathogenetic triggering from the gut in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Jahrestreffen des BMBF-Forschungsnetzes „Muskuloskelettale Erkrankungen“ 2018
Bonin-Andresen M, Sörensen T, Smiljanovic B, Johannes S, Schendel P, Stuhlmüller B, Häupl T.
SP 6 - Bioinformatics and data integration.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Radbruch A, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T.
SP 2 - Protein based biomarkers in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2017 Abstract/Poster 2017
37th European Workshop for Rheumatology Research 2017
Smiljanovic B, Radzikowska A, Kuca-Warnawin E, Kurowska W, Sörensen T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Maslinski W, Häupl T.
Increased Turnover of Monocytes in Patients with Rheumatoid Arthritis Identified by Transcriptome and Cytometric Profiling.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2016 Abstracts/Posters 2016
31th German Conference on Bioinformatics 2016
Bonin-Andresen M, Johannes S, Schendel P, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T.
BioRetis - An online tool to analyse geneexpression profiles, miRNA data, DNA methylation and NGS data.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Burmester GR, Grützkau A, Häupl T.
Gene expression profiling and cytometry analysis from bone marrow monocytes, blood and synovial fluid from rheumatoid and osteoarthritis patients.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schulte-Wrede U, Hermann S, Grützkau A, Häupl T.
immunoClust - An automated pipeline to analyse cytometric profiles in synovial fluid compared to peripheral blood cells in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression - A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
44 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2016
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Stuhlmüller B, Radbruch A, Burmester GR, Maslinskim W, Grützkau A, Häupl T.
Bone marrow and blood monocytes from rheumatoid arthritis patients show premature transcriptomes and reveal incremental inflammatory activation from bone marrow to blood and joint.
(Abstract /
Poster)
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies differential innate and adaptive immune patterns – A strategy to identify predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Jahrestreffen des BMBF-Forschungsnetzes „Muskuloskelettale Erkrankungen“ 2016
Bonin-Andresen M, Heyl F, Kokatjuhha J, Stuhlmüller B, Häupl T.
SP 8 & SP 6 - Biobanking & Bioinformatics and data integration.
(Poster)
EULAR 2016
Stuhlmüller B, Mans K, Tandon N, Bonin-Andresen M, Smiljanovic B, Sörensen T, Schendel P, Martus P, Listing J, Detert J, Backhaus M, Neumann T, Burmester GR, Häupl T.
Genomic stratification by HLA-DRB4 expression identifies innate and adaptive immune patterns as differential predictors of response to methotrexate in rheumatoid arthritis – A strategy to detect predictors of methotrexate response in early rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
36th European Workshop for Rheumatology Research 2016
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2015 Abstracts/Posters 2015
43 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2015
Häupl T, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Grün JR, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A.
Neue Methoden zur Identifizierung und Analyse von Biomarkern.
(Abstract)
35th European Workshop for Rheumatology Research 2015
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2014 Abstracts/Posters 2014
29th German Conference on Bioinformatics 2014
Bonin M, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes S, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Häupl T.
Identification of co-expression networks of inflammatory response in immune cells.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Kokatjuhha J, Johannes S, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
A generic online database for clinical data collection.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Ziska I, Kokatjuhha J, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Stuhlmüller B, Häupl T.
Comparative analysis between rheumatoid arthritis and arthritis model: study of the functional components in expression profiles of synovitis.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Schendel P, Mans K, Heyl F, Kokatjuhha J, Johannes J, Ziska I, Smiljanovic B, Sörensen T, B. Stuhlmüller, Häupl T.
Prediction for successful treatment of methotrexate in rheumatoid arthritis with mrna and mirna microarraydata.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Johannes S, Flemming S, Grützkau A, Heyl F, Ziska I, Schendel P, Mans K, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
Development of a database for combined analysis of dna methylation and transcriptional profiles in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
42 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2014
Bonin M, Kokatjuhha J, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
HumanResearchDB - a generic online database to design individual electronic case report forms.
(Abstract /
Poster)
Mans K, Bonin M, Häupl T, Smiljanovic B, Tandon N, Detert J, Listing J, Naumann T, Burmester GR, Stuhlmüller B.
Prediction of Response to methotrexate Treatment in RA using mRNA and miRNA biomarkers.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin M, Maslinski W, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The role of cell- and tissue-specific transcriptomes in biomarker discovery; from synovial tissue through blood up to bone marrow in revealing the systemic nature of rheumatoid arthritis.
(Abstract)
EULAR 2014
Ghannam K, Martinez-Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
Upregulation of immunoproteasome subunits PSMB8 and PSMB99 in Myositis indicates active inflammation with involvement of antigen presenting cells, CD8+ T-Cells and IFN gamma.
(Abstract)
34th European Workshop for Rheumatology Research 2014
Bonin M, Kokatjuhha J, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Häupl T.
Identification of geneexpression networks in different immunological states.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Weidel L, Schendel P, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
BioConPages - Comparison of DNA methylation and gene expression in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
Ghannam KM, Martinez Gamboa L, Spengler L, Krause S, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Feist E.
OP0131 Upregulation of Immunoproteasome Subunits PSMB8 and PSMB9 in Myositis Indicates Active Inflammation with Involvement of Antigen Presenting Cells, CD8+ T-Cells and IFN Gamma.
(Abstract)
Abstracts/Poster 2013 Abstracts/Posters 2013
41 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2013
Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T.
Combined analysis of DNA-methylation and transcription profiles in different immune cells identifies hot spots of gene regulation by DNA methylation.
(Abstract /
Poster)
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF.
(Abstract /
Poster)
BeTheCure 2013
Bonin M, Sörensen T, Smiljanovic B, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A, Häupl T.
Transcriptome comparison between human and mouse in arthritis.
(Abstract /
Poster)
28th German Conference on Bioinformatics 2013
Bonin M, Heyl F, Ziska I, Ickler L, Sinning D, Kokatjuhha J, Häupl T.
BAM - A tool for basic analysis of microarray data.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Kokatjuhha J, Flemming S, Smiljanovic B, Grützkau A, Sörensen T, Häupl T.
Identification of gene co-expression networks associated with different cellular and immunological states.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Weidel L, Flemming S, Grützkau A, Smiljanovic B, Sörensen T, Günther S, Häupl T.
Automated combined analysis of DNA methylation and transcription profiles in different immune cells.
(Abstract /
Poster)
Bonin M, Peter S, Mans K, Sohnrey C, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B.
Prediction of Methotrexate Treatment Response in Rheumatoid Arthritis via Affymetrix miRNA Microarray Profiling.
(Abstract /
Poster)
33th European Workshop for Rheumatology Research 2013
Bonin M, Flemming S, Günther S, Grützkau A, Häupl T.
Combined analysis of epigenetic and transcriptional profiles in different immune cells identifies hot spots of gene regulation by DNA methylation.
(Abstract /
Poster)
Häupl T, Sörensen T, Smiljanovic B, Bonin M, Grützkau A, Nikolaou C, Pandis I, Kollias G, Rowe A.
Comparative transcriptome analysis of human and mouse synovial fibroblast responses to TNF.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2011 Abstract/Poster 2011
26th German Conference on Bioinformatics 2011
Haase U, Bonin M, Flemming S, Buttgereit F, Sörensen T, Häupl T.
A clinical database for networking in multicenter studies.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2010 Abstract/Poster 2010
25th German Conference on Bioinformatics 2010
Bonin M, Flemming S, Haase U, Smiljanovic B, Sörensen T, Grützkau A, Häupl T.
Identification of co-expression networks by comparison of a multitude of different functional states of genome activity.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2005 Abstract/Poster 2005
19th NGFN Meeting 2005
Häupl T, Grützkau A, Grün JR, Bonin M, Stuhlmüller B, Rohrlach T, Kaps C, Rudwaleit M, Morawietz L, Gursche A, Zacher J, Krenn V, Burmester GR, Radbruch A.
Dissection of expression profiles into functional components: a strategy to identify the pieces in the puzzle of systems biology.
(Abstract)
Abstracts/Poster Sonstiges Abstracts/Posters Sonstiges
Sonstiges
Weidel L, Bonin M, Schrader T, Häupl T.
Kombinierte Analyse von DNA-Methylierung und Transkriptions-Profilen in verschiedenen Immunzellen.
(Abstract /
Poster)
Flemming S, Grützkau A, Bonin M, Häupl T, Günther S.
The Code Of Silence - Epigenetics And Development Of Immune Cells.
(Poster)
Bonin M, Grützkau A, Kaps C, Häupl T.
Ein mathematisches Modell für Arrayanalysen zur Identifizierung von Genregulationen in Proben mit variabler zellulärer Zusammensetzung.
(Abstract /
Poster)
Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen Development of a web application for the analysis of gene expression profiles
Projektmanagement im Softwarebereich (Softwarepraktikum) - Freie Universität Berlin
(5. Semester B. Sc. Bioinformatik - SommerSemester 2018)
Project management in software engineering (software internship) - Free University of Berlin
(5th Semester B. Sc. Bioinformatics - SummerSemester 2018)
- Einarbeitung in die theoretischen Grundlagen über DNA-Microarrays (Herstellung, Hybridisierung & Auswertung) Introduction into the theoretical fundamentals of DNA microarray experiments (preparation, hybridization & evaluation)
- Einführung in das Software-Paket "R" zur Analyse von Microarraydaten (Affymetrix & Illumina) Introduction to the software package "R" for analysis of microarray experiments (Affymetrix & Illumina)
- Entwicklung / Optimierung eines "R"-Skripts zur automatischen Qualitätsanalyse von Microarraydaten Development / Optimization of "R" -scripts for automatic quality analysis of microarray experiments
- Entwicklung einer Webapplikation zur Qualitätsanalyse von Microarraydaten (PHP, JavaScript) Development of a web application for quality analysis of microarray experiments (PHP, JavaScript)
- GitHub, SVN (Eclipse)
Quantitative Aufteilung
Quantitative Split
Praktische Programmierarbeit practical programming
PHP, R, JavaScript
Soft Skills
Schwierigkeitsgrad
Difficulty
Programmieren programming
PHP, R, JavaScript
Biologie/Chemie biology/chemistry
Genexpression, Zellbiologie gene expression, cell biology
Projektmanagement Projectmanagement
GitHub, SVN (Eclipse)
Unbedingt erforderliche Vorkenntnisse
Absolutely necessary
Kenntnisse in PHP & R
Knowledge in PHP & R
Zeit Time
- 19.03.2018 bis 25.05.2018 19.03.2018 to 25.05.2018
Dokumente Documents
SommerSemester 2017
Softwarepraktikum - Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)
SommerSemester 2016
Softwarepraktikum - Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)
SommerSemester 2015
Softwarepraktikum - Einführung in Analyse von Genexpressionsdaten (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)
SommerSemester 2014
Softwarepraktikum - Einführung in Analyse von Genexpressionsdaten (Bachelorstudium Bioinformatik Fu Berlin)
Praktikumsbetreuung
- Mareike Leja (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Fabian Kopp (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Nilufar Akbari (21.08.2017 - 27.10.2017)
- Nathaly Reimert (01.08.2017 - 10.10.2017)
- Hee-Yeong Kim (01.08.2017 - 10.10.2017)
- Julius Tembrockhaus (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Colin Gundlach (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Jakob Hertzberg (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Eva Romanovsky (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Willie Ekaputra (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Marc Horlacher (17.05.2016 - 22.07.2016)
- Anja Seidel (16.03.2016 - 04.05.2016)
- Sevcan Gündüz (16.03.2016 - 04.05.2016)
- Rascha Basaleh (16.03.2016 - 04.05.2016)
- Yannic Lapawczyk (16.03.2016 - 04.05.2016 & 20.02.2017 - 02.06.2017)
- Michael Krivab (16.03.2016 - 04.05.2016)
- Silver Wolf (16.03.2016 - 04.05.2016)
- Dipl. Biochem. Daniela Corinne Spohr (14.03.2016 - 02.06.2016)
- Dipl. Biol. Susanne Eckert-Gruneberg (14.03.2016 - 02.06.2016)
- Felix Hartkopf (19.03.2015 - 04.06.2015 & 03.08.2015 - 09.10.2015)
- Alexander Lüttringhaus (19.03.2015 - 04.06.2015)
- Philipp Borchert (19.03.2015 - 04.06.2015)
- Lennard Epping (19.03.2015 - 04.06.2015)
- Jan-Niklas Rössler (19.03.2015 - 04.06.2015)
- Nadine Warnstädt (19.03.2015 - 04.06.2015)
- Simon Bohleber, B. Sc. Pharmazeutische Wissenschaften (30.06.2014 - 08.08.2014)
- Johanna Lechner (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Sonja Rothkugel (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Svetlana Leng (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Eren Altun (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Jens Hagemeister (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Mona Rams (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Maximilian Pfeiffer (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Sascha Johannes, B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik (27.01.2014 - 07.03.2014)
- Pascal Schendel, B. Sc. Bioinformatik (16.09.2013 - 08.11.2013)
- Irene Ziska, B. Sc. Bioinformatik (22.07.2013 - 27.09.2013)
- Florian Heyl, B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik (15.07.2013 - 20.09.2013 & 27.01.2014 - 07.03.2014)
- Lydia Ickler (04.03.2013 - 19.04.2013)
- Sabrina Schüngel (14.11.2012 - 28.02.2013)
- Misbah Hussain (01.10.2012 - 07.12.2012)
- Stephan Peter (17.09.2012 - 02.11.2012)
- Timo Ebeling (13.08.2012 - 28.09.2012)
- Ria Xenia Peschutter (13.08.2012 - 28.09.2012)
- Denise Sinning (02.07.2012 - 10.08.2012)
- Khadija El Amrani (01.04.2012 - 30.06.2012)
- Christin Schewe (31.01.2011 - 25.03.2011)
Betreuung der Masterarbeit
Interactive visualisation of different genomic information (Sascha Johannes)
Betreuung der Masterarbeit
Entwicklung einer Pipeline zur Gruppierung und Identifikation von DNA-Sequenzen aus Typisierungssequenzierungen von Mikrobiomen (Pascal Schendel)
Betreuung der Bachelorarbeit
Optimierung der Identifikation von Typisierungssequenzen von Mikrobiomen (Yannic Lapawczyk)
Betreuung der Bachelorarbeit
Vergleichsanalyse zwischen Rheumatoider Arthritis und Arthritismodell: Untersuchung der funktionellen Komponenten in Expressionsprofilen der Synovitis (Irene Ziska)
Betreuung der Bachelorarbeit
Entwicklung einer Datenbank für eine kombinierte Analyse von DNA-Methylierung und Transkriptions-Profilen in verschiedenen Immunzellen (Sascha Johannes)
Betreuung der Bachelorarbeit
Identifizierung von Genexpressions-Netzwerken der Entzündungsreaktion in Immunzellen (Florian Heyl)
Betreuung der Bachelorarbeit
Prädiktionsanalyse zum Behandlungserfolg von Methotrexat bei rheumatoider Arthritis mit Hilfe von mRNA und miRNA Daten (Pascal Schendel)
Betreuung der Masterarbeit
Kombinierte Analyse von DNA-Methylierung und Transkriptions-Profilen in verschiedenen Immunzellen (Lorette Weidel)
Betreuung der Bachelorarbeit
Vorhersage des Therapieerfolgs mit Methotrexat bei Patienten mit rheumatoider Arthritis (Stephan Peter)
Betreuung der Bachelorarbeit
Identifizierung von Genexpressions-Netzwerken in unterschiedlichen immunologischen Zuständen (Jekaterina Kokatjuhha)
Sonstige Aktivitäten
2002 - 2003
Mitglied des akademischen Senats an der Technischen Fachhochschule Wildau
2002 – 2004
Mitglied des Fachbereichsrates Ingenieurwesen/Wirtschaftsingenieurwesen an der Technischen Fachhochschule Wildau
Silvia Pade
Studienschwester
Ausbildung
2009
Weiterbildung: Fachassistentin Rheumatologie
2001
Weiterbildung: Studienschwester
1980
Fortbildung: Mentor/Praxisanleiter
1978-1979
Ausbildung zur Fachkrankenschwester für Inne Medizin an der Betriebsakademie Treuenbritzen
1977-1978
Ausbildung zur Stationsleitung an der Betriebsakademie Treuenbritzen
1972 - 1976
Ausbildung zur Krankenschwester im Evangelischen Krankenhaus Paul Gerhardt Stift in Lutherstadt Wittenberg
Beruflicher Werdegang
Seit 2001
Studienschwester an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
1980 – 2001
Krankenschwester an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
1976 – 1980
Krankenschwester/Stationsleitung in der Abteilung für Rheumatologie im Kreiskrankenhaus Treuenbrietzen
Publikation 2016
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus M, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum.
Ann Rheum Dis. (2016) Link
Publikation 2015
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum.
Ann Rheum Dis. (2015) Link
Publikation 2014
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoud arthritis.
Ann Rheum Dis. (2014) Link
Publikationen 2013
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Synovial Tissue Transcriptome and Synovial Fluid Proteome have Stronger Discriminatory Power than Serum in Dissecting Inflammation in RA.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated and Standardised Analysis for High Dimensional Cytometric Data Provides New Options for Complex Cell-Associated Biomarker Screening.
Ann Rheum Dis. (2013) Link
Abstract/Poster 2019 Abstract/Poster 2019
EULAR 2019
TNF inhibition in rheumatoid arthritis responders to Certolizumab-Pegol reduces lymphocyte recruitment from blood while monocyte turnover remains increased.
Smiljanovic B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Schendel P, Johannes S, Skriner K, Backhaus M, Pade S, Schmittat G, Hermann S, Ohrndorf S, Stuhlmüller B, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T.
(Abstract)
Abstracts/Poster 2016 Abstracts/Posters 2016
ESCI 2016
Smiljanovic B, Sörensen T, Stuhlmüller B, Maslinski W, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Patterns of prematurity and stepwise increasing inflammation from bone marrow via blood to synovial fluid indicate enhanced production and peripheral triggering of monocytes in rheumatoid arthritis.
(Abstract)
36th European Workshop for Rheumatology Research 2016
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Sörensen T, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Maslinski W, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Tissue- and Cell-Specific Transcriptomes Indicate Systemic Nature of RA and Revealed Combinations of Protein Biomarkers Relevant for Disease Characterisation in Serum.
(Abstract /
Poster)
Abstract/Poster 2015 Abstract/Poster 2015
35th European Workshop for Rheumatology Research 2015
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin-Andresen M, Pade S, Backhaus B, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The synovial tissue transcriptome reveals combinations of protein biomarkers for unambiguous identification of RA patients from synovial fluid and for quantification of disease activity in serum.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2014 Abstracts/Posters 2014
42 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2014
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Bonin M, Maslinski W, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
The role of cell- and tissue-specific transcriptomes in biomarker discovery; from synovial tissue through blood up to bone marrow in revealing the systemic nature of rheumatoid arthritis.
(Abstract)
34th European Workshop for Rheumatology Research 2014
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Vogl T, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From tissue- and cell-specific transcriptomes to candidate markers in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster 2013 Abstracts/Posters 2013
41 Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie 2013
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated analysis for multiparameter flow cytometry provides new options for biomarker screenin.
(Abstract /
Poster)
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood.
(Abstract /
Poster)
BeTheCure 2013
Smiljanovic B, Stuhlmüller B, Maslinski W, Grün JR, Backhaus M, Pade S, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
From transcriptome to protein biomarkers in RA: joint compartment and monocytes outperform serum and whole blood.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated analysis of cytometric profiles of synovial fluid and peripheral blood in rheumatoid arthritis.
(Abstract /
Poster)
33th European Workshop for Rheumatology Research 2013
Smiljanovic B, Stuhlmueller B, Pade S, Backhaus M, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Synovial tissue transcriptome and synovial fluid proteome have stronger discriminatory power than serum in dissecting inflammation in Rheumatoid Arthritis.
(Abstract /
Poster)
Sörensen T, Schulte-Wrede U, Pade S, Hirseland H, Burmester GR, Radbruch A, Grützkau A, Häupl T.
Automated and standardized analysis for high dimensional cytometric data provides new options for complex cell-associated biomarker screening!
(Abstract /
Poster)
Abstracts/Poster Sonstiges Abstracts/Posters Sonstiges
Sonstiges
Mans K, Tandon N, Sohnrey C, Pade S, Bolle SL, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B.
Microarray Gene Expression Profiling of Rheumatoid Arthritis Patients for Prediction of Response to Methotrexate Treatment.
(Poster)
Sohnrey C, Tandon N, Mans K, Pade S, Bolle SL, Grützkau A, Burmester GR, Häupl T, Stuhlmüller B.
Prediction of Methotrexate Treatment Response in Rheumatoid Arthritis via miRNA Microarray Profiling.
(Poster)
Dipl. Ing. Barbara-Maria Walewska
Technische Assistentin (TA)
Ausbildung
1999 - 2000
Weiterbildung: Biotechnologie "LABOR 2000", Seminarzentrum Göttingen GmbH & Co. KG Berlin
1976 - 1982
Studium der Lebensmitteltechnologie an der Landwirtschafts Akademie in Posen (Schwerpunkt: Getreidetechnologie)
Beruflicher Werdegang
Seit 2014
Technische Assistentin an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
- Hybridisierung von Microarrays
- Primäre Zellisolierung und Kultivierung von humanen Zellen
- Zellkulturtechnik
- PCR/Real-Time PCR
- Extraktion von DNA & RNA
- In vitro Zelldifferenzierunsexperimente mit Zellen zur Chondrogenese, Adipogenese & Osteogenese
- Histologische Schnitte, chemisch basierte Färbungen, immunhistologische Zell-Färbetechniken & Durchführung von MTT/-MTS Wachstumskinetiken, Chemotaxisassays, ELISA-Arrays, Klonierungen & mikrobiologischen Sterilisationstests
- Archivierung von Blutproben (Biobanking)
- Eingabe von Daten für klinische Studien
- FACS & MACS
- Reinigung von mRNA/miRNA & DNA aus humanen Zellen (vorwiegend Blutzellen), Serum, Plasma, Urin, & partiell anderen verfügbaren Körperflüssigkeiten
- Betreuung von Praktikanten
2009 - 2014
Technische Assistentin im Labor für Tissue Engineering, Charité Universitätsmedizin Berlin
2000 – 2008
Technische Assistentin am Institut für Biotechnologie an der Technische Universität Berlin (Fachgebiet: Mikrobiologie & Genetik)
Wissenschaftlicher Werdegang
1992
Diplom Ingenieur der Lebensmitteltechnologie: "Chemische Eigenschaften von Weizen Korn nach mechanischer Abtrennung der Schale"
Peggy Thiele
Medizinisch-technische Laborassistentin (MTLA)
Ausbildung
1992 - 1996
Ausbildung zur Medizinisch-technischen Laborassistentin (MTLA) an der Fachschule in Dresden
Beruflicher Werdegang
Seit 2014
Medizinisch-technische Laborassistentin (MTLA) an der Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Rheumatologie und klinische Immunologie, Charité Universitätsmedizin Berlin
- Versuchsplanung
- Eigenständige Durchführung und Dokumentation wissenschaftlicher Versuchsreihen
- Projektarbeit und lösungsorientierte Diskussionen im Team
- Ergebnispräsentation
- Labororganisation
- Warenbestellung
- Erstellen von Arbeitsanleitungen
- Betreuung von Praktikanten
2013 - 2014
Medizinisch-technische Laborassistentin (MTLA) am Zentrallabor für Laboratoriumsmedizin und Pathobiochemie CCM im Fachbereich Genetik und am Max Planck Institut für Infektionsbiologie im Fachbereich für Molekulare Immunologie
2012 – 2013
Medizinisch-technische Laborassistentin (MTLA) in der Facharztpraxis für Mikrobiologie und Infektionsepidemiologie Berlin im Fachbereich für genotypische Resistenzanalyse bei HIV-Patienten
2008 – 2011
Medizinisch-technische Laborassistentin (MTLA) am Institut für Zell- und Neurobiologie der Charité Berlin im Fachbereich für Neurobiologie
2006 – 2008
Medizinisch-technische Laborassistentin (MTLA) der Minerva Biolabs GmbH Berlin im Fachbereich für Service und Produktion
2001 – 2006
Medizinisch-technische Laborassistentin (MTLA) am Institut für Zell- und Neurobiologie der Charité Berlin im Fachbereich für Neurowissenschaften
2000 – 2001
Medizinisch-technische Laborassistentin (MTLA) am Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt im Fachbereich für Krebsforschung
1999 – 2000
Medizinisch-technische Laborassistentin (MTLA) am Krankenhaus Köln Merheim im Fachbereich für Transfusionsmedizin und Hämatologie
1996 – 1998
Medizinisch-technische Laborassistentin (MTLA) am Kreiskrankenhaus Garmisch-Partenkirchen im Fachbereich für Transfusionsmedizin und Verwaltung von Eigenblutspend
Publikation 2013
Ebner F, Brandt C, Thiele P, Richter D, Schliesser U, Siffrin V, Schueler J, Stubbe T, Ellinghaus A, Meisel C, Sawitzki B, Nitsch R.
Microglial activation milieu controls regulatory T cell responses.
J Immunol. (2013) PMID: 24146044
Charité - Universitätsmedizin Berlin
Marc Oliver Bonin-Andresen,
M. Sc. Bioinformatik,
B. Sc. Biosystemtechnik/
Bioinformatik
Charité - Universitätsmedizin Berlin
Marc Oliver Bonin-Andresen,
M. Sc. Bioinformatik,
B. Sc. Biosystemtechnik/
Bioinformatik
Praktikanten
- Elena Kulinicheva (05.11.2018 - 01.02.2019)
- Mareike Leja (15.03.2018 - 31.05.2018 & 08.04.2019 - 17.05.2019)
- Fabian Kopp (15.03.2018 - 31.05.2018 & 13.08.2018 - 21.09.2018)
- Nilufar Akbari (21.08.2017 - 27.10.2017)
- Nathaly Reimert (01.08.2017 - 10.10.2017)
- Hee-Yeong Kim (01.08.2017 - 10.10.2017)
- Julius Tembrockhaus (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Colin Gundlach (15.03.2017 - 31.05.2017 & 01.08.2017 - 10.10.2017)
- Jakob Hertzberg (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Eva Romanovsky (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Willie Ekaputra (15.03.2017 - 31.05.2017)
- Marc Horlacher (17.05.2016 - 22.07.2016)
- Anja Seidel (16.03.2016 - 04.05.2016)
- Sevcan Gündüz (16.03.2016 - 04.05.2016)
- Rascha Basaleh (16.03.2016 - 04.05.2016)
- Yannic Lapawczyk (16.03.2016 - 04.05.2016 & 20.02.2017 - 02.06.2017)
- Michael Krivab (16.03.2016 - 04.05.2016)
- Silver Wolf (16.03.2016 - 04.05.2016)
- Dipl. Biochem. Daniela Corinne Spohr (14.03.2016 - 02.06.2016)
- Dipl. Biol. Susanne Eckert-Gruneberg (14.03.2016 - 02.06.2016)
- Felix Hartkopf (19.03.2015 - 04.06.2015 & 03.08.2015 - 09.10.2015)
- Alexander Lüttringhaus (19.03.2015 - 04.06.2015)
- Philipp Borchert (19.03.2015 - 04.06.2015)
- Lennard Epping (19.03.2015 - 04.06.2015)
- Jan-Niklas Rössler (19.03.2015 - 04.06.2015)
- Nadine Warnstädt (19.03.2015 - 04.06.2015)
- Simon Bohleber, B. Sc. Pharmazeutische Wissenschaften (30.06.2014 - 08.08.2014)
- Johanna Lechner (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Sonja Rothkugel (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Svetlana Leng (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Eren Altun (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Jens Hagemeister (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Mona Rams (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Maximilian Pfeiffer (06.03.2014 - 24.04.2014)
- Sascha Johannes, B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik (27.01.2014 - 07.03.2014)
- Pascal Schendel, B. Sc. Bioinformatik (16.09.2013 - 08.11.2013)
- Irene Ziska, B. Sc. Bioinformatik (22.07.2013 - 27.09.2013)
- Florian Heyl, B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik (15.07.2013 - 20.09.2013 & 27.01.2014 - 07.03.2014)
- Lydia Ickler (04.03.2013 - 19.04.2013)
- Sabrina Schüngel (14.11.2012 - 28.02.2013)
- Misbah Hussain (01.10.2012 - 07.12.2012)
- Stephan Peter (17.09.2012 - 02.11.2012)
- Timo Ebeling (13.08.2012 - 28.09.2012)
- Ria Xenia Peschutter (13.08.2012 - 28.09.2012)
- Denise Sinning (02.07.2012 - 10.08.2012)
- Khadija El Amrani (01.04.2012 - 30.06.2012)
- Christin Schewe (31.01.2011 - 25.03.2011)
Ehemalige Mitarbeiter
- Patrizia Batel (Studentische Mitarbeiterin: 03.2017 - 03.2018)
- Bettina Johannes (Studentische Mitarbeiterin: 11.2015 - 05.2017)
- Florian Heyl, B. Sc. Biosystemtechnik/Bioinformatik (Praktikant: 27.01.2014 - 07.03.2014 & 15.07.2013 - 20.09.2013, Bachelorarbeit: 17.03.2014 - 02.06.2014, Studentischer Mitarbeiter: 11.2015 - 04.2016)
- Jekaterina Kokatjuhha, B. Sc. Bioinformatik (Studentische Mitarbeiterin: 10.2012 - 08.2015, Bachelorarbeit: 19.06.2013 - 28.08.2013)
- Khadija El Amrani, B. Sc. Bioinformatik (Studentische Mitarbeiterin: 04.2012 - 08.2012)